LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes
Pour tous les organismes Génétique, épigénétique, génomique et autres études " omiques ", bioinformatique, biologie des systèmes, maladies génétiques, modification de gènes, méthodes et modélisation innovantes, " omiques " pour la médecine personnalisée
A ce jour 116 entités sont référencées dans le sous-domaine LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes
- 3DCellOmics
- ABCdb
- AFMB
- AGROECO
- ARTbio
- ATGC
- ATLASea
- Anexplo
- AniRA
- AuBI
- AuReMe
- B&G
- BAliBASE
- BIII
- BIP
- BiGEst
- BiGR
- Bilille
- Biothérapies
- CATdb
- CAZy
- CBiB
- CNRGV
- CNRS Biologie
- CRISPR-Cas++
- CRIStAL
- CeSGO
- ChemProject
- Cid.curie.fr
- DAC
- ELIXIR
- EMBL
- EPGV
- ESTHER database
- EcogenO
- EvryRNA
- France Génomique
- Fédération de Recherche Louis-Léopold Ollier
- GDEC
- GeT
- GenOuest
- GenoToul
- GenoToul Bioinfo
- GenomeHubs
- Genomicus
- GenomiqueENS
- Gentyane
- GnpIS
- Génomique Métabolique
- I2BC
- IBENS
- IBENS Opendata
- IBPS
- ICBMS
- iCONICS
- IFB
- IGBMC
- IGReD
- IMGT
- INRAE Genomics
- IPS2
- IRCAN
- ISFinder
- Infevers
- Institut du thorax
- LIGAN-PM
- LMGM
- LMGM MLST databases
- LPC
- Laboratoire de Génétique des Maladies Rares et Autoinflammatoires
- LoRDEC
- MBI-DS4H
- MIO
- MMG
- MS4OMICS
- MSAP
- MSAP : Plateforme spectrométrie de masse FT-ICR
- MetaboHUB
- MicroScope
- Migale
- MoleculArXiv
- NSBD
- Norine
- Ocean Barcode Atlas
- Ocean Gene Atlas
- OrganOmics
- P3M
- PACA BioInfo
- PB-IBENS
- PEA²t
- PGTB
- PLATON
- PPanGGOLiN
- PRABI Lyon-Gerland
- PRISM Inserm U1192
- PRISMM
- PTAL Plateforme Analytique (EDYTEM)
- Pasteur HUB
- PlantBioInfoPF
- PlantRNA
- ProFI
- RPBS
- SCIGNE
- SFR Biosciences
- SFR Santé François Bonamy
- SVA
- South Green
- StrInG
- TAGC
- TEFOR Fly Facility
- TEFOR-TACGENE
- TGML
- TRIP
- Transcriptomique et Génomique Appliquée
- W4M
- WheatIS
Vous pouvez filtrer les résultats ou consulter l'ensemble du tableau
Légende : 
Feuille de route nationale des Infrastructures de recherche 
Service 
Structure
Tableau
| Acronyme | Nom développé | Type de service | Thématique/Mots clés | Localisation | |||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
 |
3DCellOmics | Organoid & bioprinting plateform | Plateforme d'acquisition | Modèles 3D Culture cellulaire Oncologie |
Villeneuve-d'Ascq | ||
| |
ABCdb | Archaeal and Bacterial ABC Systems database | Entrepôt de données | Toulouse | |||
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AFMB | Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques, UMR 7257 | Complexes Macromoléculaires Viraux Désordre Structural et Reconnaissance Moléculaire Glycobiologie et Neurobiologie Structurales Glycogénomique Interactions hôte-pathogène Réplicases Virales : Structure Mécanisme et Drug-Design |
Marseille | |||
| |
AGROECO | UMR Agroécologie, UMR 1347 | Dijon | ||||
| |
ARTbio | Bioinformatics analyses platform | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique Génomique Analyse à grande échelle Séquençage Logiciel |
Paris | ||
| |
ATGC | Plateforme de bio-informatique de Montpellier, ATGC BioInformatique | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Montpellier | ||
| |
ATLASea | PEPR ATLASea, Génomes marins | Séquençage Génomes |
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| |
Anexplo | Plateforme d'acquisition | Phénotypage animal | Toulouse | |||
| |
AniRA | plateforme régionale Ani-Rhone-Alpes | Plateforme d'acquisition | Lyon | |||
| |
AuBI | Auvergne BioInformatique | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique Biologie fondamentale Microbiologie Agronomie Environnement Santé Epidémiologie |
Clermont-Ferrand | ||
| |
AuReMe | AUtomated REconstruction of MEtabolic models | Outils de gestion des données | Rennes | |||
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B&G | Bioninformatics&Genetics, MMG-GBIT | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique Génomique Biostatistique Logiciel Séquençage |
Marseille | ||
| |
BAliBASE | Benchmark Alignment dataBASE | Plateforme d'accès | Alignement Séquence transmembranaire Bioinformatique Permutation circulaire |
Strasbourg | ||
| |
BIII | BioImage Informatics Index, BISE | Plateforme d'accès | Bioimagerie Analyse d'images |
Nantes | ||
| |
BIP | Bioénergétique et ingénierie des protéines, UMR 7281 | Bioénergétique Ingénierie des protéines |
Marseille | |||
| |
BiGEst | Bioinformatique et Génomique Est, Plateforme Bioinformatique de Strasbourg, BISTRO | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Illkirch | ||
| |
BiGR | IGR Bioinfo, Plateforme de Bioinformatique de l'institut Gustave Roussy | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Villejuif | ||
| |
Bilille | Service en bio-informatique de Lille, Plateforme de bioinformatique de Lille | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Lille | ||
| |
Biothérapies | PEPR BBTI, PEPR Biothérapies, Biothérapies et Bioproduction de Thérapies Innovantes | Bioproduction Thérapies géniques Thérapies cellulaires Thérapies tissulaires |
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CATdb | Complete Arabidopsis Trancriptome database | Entrepôt de données | Gif-sur-Yvette | |||
| |
CAZy | Carbohydrate-Active enZYmes Database | Entrepôt de données | Base de données Carbohydrate-Active enZYmes Enzymes actives sur les glucides CAZymes Glycoside hydrolases Glycosyltransférases Carbohydrate estérases Polysaccharide lyases Carbohydrate-Binding Modules Catalyse enzymatique Génomique Bioinformatique |
Marseille | ||
| |
CBiB | Centre de Bioinformatique de Bordeaux | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Bordeaux | ||
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CNRGV | Centre National de Ressources Génomiques Végétales, UR 1258 | Plateforme d'acquisition | Génomique végétale | Castanet Tolosan | |
| |
CNRS Biologie | Institut des sciences biologiques du CNRS, CNRS-INSB | Paris | ||||
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CRISPR-Cas++ | CRISPRCas++ | Entrepôt de données | Gif-sur-Yvette | |||
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CRIStAL | Centre de Recherche en Informatique Signal et Automatique de Lille, UMR 9189 | |||||
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CeSGO | Centre e-Science Grand Ouest | Outils de gestion des données | Environnement virtuel de recherche Développements technologiques de l‘Information et de la Communication |
Rennes | ||
| |
ChemProject | Chimiométrie | |||||
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Cid.curie.fr | Curie Image Database,iManage, OpenImadis | Entrepôt de données | Imagerie médicale Algorithme d'analyse Microscopie électronique |
Paris | ||
| |
DAC | The Data Analysis Core, Centre d’analyse des données, Plateforme d’informatique biomédicale Data Analysis Core | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique Biostatistique Génomique Analyse à grande échelle Séquençage Logiciel |
Paris | ||
| |
ELIXIR | A distributed infrastructure for life-science information | Bioinformatique | Hinxton (Royaume Uni) | |||
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EMBL | European Molecular Biology Laboratory, Laboratoire Européen de Biologie Moléculaire | Grenoble Hambourg (Allemagne) Barcelone (Espagne) Monterotondo (Italie) Hinxton (Royaume-Uni) |
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EPGV | Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux, US 1279 | Plateforme d'acquisition | Séquençage Génotypage haut débit Polymorphisme des génomes |
Evry | |
| |
ESTHER database | ESTerases and alpha/beta-Hydrolase Enzymes and Relatives | Entrepôt de données | Hydrolases alpha/beta-Hydrolase fold Esterases Cholinestérases Acétylcholinestérase Bioinformatique Homme Souris Relation structure fonction Résidus site actif Mutation génétique Maladies Résistance insecticide |
Montpellier | ||
| |
EcogenO | Plateforme d'Éco-Génomique Ecogeno | Plateforme d'acquisition | Plateforme de Génomique environnementale | Rennes | ||
| |
EvryRNA | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique Génomique Analyse à grande échelle Séquençage Logiciel |
Evry | |||
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France Génomique | Infrastructure nationale de génomique et bioinformatique associée, FG France Génomique, UAR 3628, US 26 | Évry-Courcouronnes | |||
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Fédération de Recherche Louis-Léopold Ollier | SFR Santé Lyon-Est - Louis Léopold Ollier, UAR 3453, US 7 | |||||
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GDEC | Génétique Diversité et Écophysiologie des Céréales, UMR 1095 | Blé tendre Génomique et génétique des céréales |
Clermont-Ferrand | |||
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GeT | Génome et Transcriptome, Plateforme GeT | Plateforme d'acquisition | Génomique Transcriptomique Cellule unique Séquençage de génome Séquençage ARN et microARN PCR quantitative Microarray Métagénomique Génotypage Épigénétique |
Toulouse | ||
| |
GenOuest | Plateforme GenOuest, Plateforme de bio-informatique de Rennes, GenOuest bioinformatics, UMR 6074 | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique Cloud computing e-infrastructure Environnement Virtuel de Recherche Base de données Bioinformatique Développement logiciel Analyse de données Gestion de données Calcul scientifique Formation |
Rennes | ||
| |
GenoToul | Groupement d'Intérêt Scientifique Génopole Toulouse Midi-Pyrénées, GIS GENOTOUL | Castanet-Tolosan | ||||
| |
GenoToul Bioinfo | GenoToul Bioinformatique, Plateforme Bioinformatique GenoToul, Genotoul Bioinformatics | Plateforme de calcul | Biologie Bioinformatique |
Castanet Tolosan | ||
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GenomeHubs | South Green Genome Hub Genome Hub | Plateforme d'accès | Montpellier | |||
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Genomicus | Genomes in evolution | Outils de gestion des données | Paris | |||
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GenomiqueENS | Plateforme de séquençage Genomic Paris Centre de l'IBENS | Plateforme d'acquisition | Plateforme génomique | Paris | ||
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Gentyane | Plateforme de GENoTYpage et séquençage en AuvergNE | Plateforme d'acquisition | Génomique Transcriptomique Séquençage de génome Séquençage ARN et microARN PCR quantitative Microarray Épigénétique Métagénomique Génotypage |
Clermont-Ferrand | |
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GnpIS | Genetic and Genomic Information System | Entrepôt de données | Analyse de données de séquençage NGS Analyse de séquences Cartographie Génomique comparative |
Versailles | ||
| |
Génomique Métabolique | GM Génomique Métabolique, UMR 8030 | |||||
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I2BC | Institut de Biologie Intégrative de la Cellule, UMR 9198 | |||||
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IBENS | Institut de Biologie de l'École Normale Supérieure ENS, CNRS UMR8197, INSERM U1024 | Paris | ||||
| |
IBENS Opendata | Entrepôt de données | Paris | ||||
| |
IBPS | Institut de biologie Paris-Seine, FR 3631 | Biologie du développement Biologie computationnelle et quantitative Génétique |
Paris | |||
| |
ICBMS | Institut de Chimie et de Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires, UMR 5246 | |||||
| |
iCONICS | Plateforme de calcul | Biostatistique Plateforme de bioinformatique |
Paris | |||
| |
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IFB | Institut Français de Bioinformatique, ELIXIR France, IFB core Institut français de bioinformatique, UAR 3601 | Bioinformatique | Evry | ||
| |
IGBMC | Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire, UMR 7104, U 1258, UM 41 | Biologie moléculaire Biologie cellulaire Biologie structurale Bioinformatique |
Illkirch | |||
| |
IGReD | GReD, Génétique Reproduction et Développement,U 1103, UMR 6293 | Clermont-Ferrand | ||||
| |
IMGT | International ImMunoGeneTics information system, Système d'information international en ImMunoGénéTique | Entrepôt de données | Immunogénétique Immunoinformatique |
Montpellier | ||
| |
|
INRAE Genomics | INRAE Infrastructure de recherche distribuée en Génomique | Plateforme d'acquisition | Séquençage de génomes de novo Polymorphisme génétique Expression Régulation de l’expression Métagénomique. |
Clermont-Ferrand Toulouse Castanet Tolosan Evry Cestas |
|
| |
IPS2 | Institut des Sciences des Plantes de Paris Saclay, UMR 9213 | Orsay | ||||
| |
IRCAN | Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement, Nice, UMR 7284, Institute for Research on Cancer and Aging, Nice, U 1081 | Nice | ||||
| |
ISFinder | Insertion Sequence Finder | Entrepôt de données | Analyse de séquences | Toulouse | ||
| |
Infevers | The registry of Auto-Inflammatory Disease mutations | Entrepôt de données | Recherche médicale Génétique moléculaire Maladies auto-inflammatoires héréditaires MAI héréditaires MAI monogéniques Registre des mutations Fièvre méditerranéenne familiale Familial mediterranean fever Fièvres récurrentes héréditaires |
Montpellier | ||
| |
Institut du thorax | Unité de recherche de l'institut du thorax, UMR 6291, U 1087 | Cardiovasculaire Métabolique Pulmonaire Génétique Bioinformatique |
Nantes | |||
| |
LIGAN-PM | FG LIGAN-PM, Plateforme de séquençage LIGAN, Lille Integrative Genomic Advanced Network Genomic Platform | Plateforme d'acquisition | Plateforme de génomique | Lille | ||
| |
LMGM | Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires, UMR 5100 | Toulouse | ||||
| |
LMGM MLST databases | Multilocus Sequence Typing databases | Entrepôt de données | Toulouse | |||
| |
LPC | Laboratoire de Physique de Clermont, UMR6533 | Aubière | ||||
| |
Laboratoire de Génétique des Maladies Rares et Autoinflammatoires | Unité médicale des maladies auto-inflammatoires (ancien nom) | Génétique moléculaire Maladies autoinflammatoires |
Montpellier | |||
| |
LoRDEC | LoRDEC: hybrid Correction of Long Reads | Outils de gestion des données | Bioinformatique Outil d'analyse Analyse de données de séquençage NGS Méthodologie Alignements de lectures sur des génomes |
Montpellier | ||
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MBI-DS4H | Modelling Bio molecules and their Interactions - Data Science for Health, Plateforme MBI, MBI platform | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique Bioinformatique structurale Modélisation des interactions protéines/protéines protéines/peptides et protéines/acides nucléiques |
Villers-les-Nancy | ||
| |
MIO | Institut Méditerranéen d'Océanologie, UMR 7294, UM 110, UMR D 235 | Marseille | ||||
| |
MMG | Marseille Medical Genetics, Centre de Génétique Médicale de Marseille, UMR 1251 | Marseille | ||||
| |
MS4OMICS | Plateforme de protéomique de la MSAP, Mass spectrometry plateform, Clic Imaging (Ancien nom), Top Omics (Ancien nom) | Plateforme d'acquisition | Spectrométrie de masse Protéomique Paléoprotéomique |
Lille | ||
| |
MSAP | Miniaturisation pour la Synthèse l’Analyse et la Protéomique, UAR 3290 | Protéomique Spectrométrie de masse Synthèse organique |
Villeneuve d’Ascq | |||
| |
MSAP : Plateforme spectrométrie de masse FT-ICR | Plateforme spectrométrie de masse FT-ICR du MSAP | Plateforme d'acquisition | Analyse chimique Spectrométrie de masse FT-ICR Analyse protéomique Paléoprotéomique |
Villeneuve d’Ascq | ||
| |
|
MetaboHUB | Infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l’innovation, à la formation et au transfert de technologie | Villenave d'Ornon | |||
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MicroScope | Microbial Genome Annotation & Analysis Platform, MaGe | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique Génome Métagénome RNA-seq et évolution |
Evry | ||
| |
Migale | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique bioinformatique génomique métagénomique |
Jouy-en-Josas | |||
| |
MoleculArXiv | PEPR MoleculoArXiv | ADN Polymères artificiels |
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NSBD | Networks and Systems Biology for Diseases, Biologie des systèmes et des réseaux pour les maladies | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique Génomique Biostatistique Logiciel Séquençage |
Marseille | ||
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Norine | Nonribosomal peptides | Entrepôt de données | Bioinformatique structurale | Villeneuve d'Ascq | ||
| |
Ocean Barcode Atlas | OBA, Atlas code-barres de l'océan | Plateforme d'accès | Biologie marine Plancton |
Marseille | ||
| |
Ocean Gene Atlas | OGA, Atlas génétique de l'océan | Plateforme d'accès | Biologie marine Plancton |
Marseille | ||
| |
OrganOmics | ORGANOMICS platform | Plateforme d'acquisition | Imagerie par spectrométrie de masse Protéomique Paléoprotéomique |
Villeneuve-d’Ascq | ||
| |
P3M | Plateau de Modélisation Moléculaire Multi-échelle, Plateforme de Modélisation Moléculaire Mutli-échelle | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Reims | ||
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PACA BioInfo | Plateforme de bio-informatique de Marseille | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique Génomique procaryote et virale Transcriptomique Métagénomique Protéomique Biologie Structurale (EM and X-ray crystallography) Biomédical Biotechnologie Environnement |
Marseille | ||
| |
PB-IBENS | La Plateforme Bioinformatique (PB-IBENS) | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique Génomique Biostatistique Logiciel Séquençage |
Paris | ||
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PEA²t | Plateforme technologique d'étude des Environnements Anciens et Actuels | Plateforme d'acquisition | Étude des relations Homme-Environnement | Besançon Montbéliard |
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| |
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PGTB | Plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux | Plateforme d'acquisition | Génomique Séquençage Génotypage Biodiversité Metabarcoding Longs-reads Bioanalyse |
Cestas | |
| |
PLATON | PLATeforme de soutien à la recherche préclinique et translationnelle en ONcologie, US PLATON, Plateforme de soutien aux activités de recherche préclinique et translationnelle en Oncologie | Oncologie Plateformes |
Caen | |||
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PPanGGOLiN | Depicting microbial species diversity via a Partitioned PanGenome Graph Of Linked Neighbors | Outils de gestion des données | Logiciel Pangénomique Génomique comparative |
Evry | ||
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PRABI Lyon-Gerland | Pôle Rhônes-Alpes de Bioinformatique, PRABI Gerland | Plateforme de calcul | Bioinformatique structurale Prédiction de structure Base de données structurales Analyse de séquences Modélisation moléculaire Plateforme de bioinformatique Docking moléculaire |
Lyon | ||
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PRISM Inserm U1192 | Protéomique, Réponse inflammatoire, Spectrométrie de masse, U1192 | Oncologie Protéomique Spectrométrie de masse |
Villeneuve-d'Ascq | |||
| |
PRISMM | Plateforme de recherche et d’innovation en spectrométrie de masse et métabolomique | Plateforme d'acquisition | Oncologie Biomarqueurs Spectrométrie de masse Exposome Métabolomique non ciblée |
Caen | ||
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PTAL Plateforme Analytique (EDYTEM) | Pôle Technique d’Analyses en Laboratoires (PTAL) | Plateforme d'acquisition | Le Bourget-du-Lac | |||
| |
Pasteur HUB | Bioinformatics and Biostatistics HUB, Plateforme de bioinformatique de l'Institut Pasteur | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Paris | ||
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PlantBioInfoPF | Plant Bioinformatics Facility, Plateforme de bioinformatique des plantes | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Versailles | ||
| |
PlantRNA | Entrepôt de données | ARNt | Starsbourg | |||
| |
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ProFI | Infrastructure Française de protéomique. Proteomics French Infrastructure, Fédération de Recherche nationale ProFI, FR 2048 | Grenoble | |||
| |
RPBS | Ressource Parisienne en BioInformatique Structurale, Plateforme RPBS | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Paris | ||
| |
SCIGNE | Scientific Cloud Infrastructure in Grand Est | Plateforme de calcul | Calcul à haut-débit High-Throughput Computing Cloud Computing Calcul parallèle Stockage données massives iRODS Logiciel DIRAC Bioinformatique Physique théorique |
Strasbourg | ||
| |
SFR Biosciences | UAR 3444,US 8, 851 | |||||
| |
SFR Santé François Bonamy | Structure Fédérative de Recherche en Santé François Bonamy, UMS 3556 | |||||
| |
SVA | PEPR SVA, Sélection Végétale Avancée | Édition des génomes Génomique |
||||
| |
South Green | Plateforme South Green de bioinformatique, SGBP | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Montpellier | ||
| |
StrInG | Structure et Instabilité des Génomes, UMR 7196, U 1154 | |||||
| |
TAGC | Theories and Approches of Genomic Complexity, Technologies avancées pour la génomique et la clinique, UMR U 1090 | Génétique Génomique Bioinformatique Pathologies |
Marseille | |||
| |
TEFOR Fly Facility | Plateforme d'acquisition | Drosophile Ingénierie génétique Phénotypage |
Clermont-Ferrand | |||
| |
TEFOR-TACGENE | Plateforme d'acquisition | Paris | ||||
| |
TGML | Transcriptomique et génomique Marseille Luminy, TAGC-BU | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique Génomique Biostatistique Logiciel Séquençage Analyse à grande échelle |
|||
| |
TRIP | Transgenic Rats Immunophenomic Platform, Transgenèse Rat et Immunophénomique | Plateforme d'acquisition | Nantes | |||
| |
Transcriptomique et Génomique Appliquée | TAG | Plateforme d'acquisition | Lille | |||
| |
W4M | Workflow4Metabolomics 3.0 | Outils de gestion des données | Annotation Galaxy Analyse métabolomique Bioinformatique |
Villenave d'Ornon | ||
| |
WheatIS | Wheat@URGI, | Plateforme d'accès | Analyse de données de séquençage NGS Analyse de séquences |
Versailles |
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