PlantBioInfoPF
| Type de service | Plateforme de calcul |
|---|---|
| Statut | En production |
| Autres noms | Plant Bioinformatics Facility, Plateforme de bioinformatique des plantes |
| URL | https://urgi.versailles.inra.fr/Platform/ |
| Contact | urgi-contact@inrae.fr |
| Localisation | Versailles |
| Structure d'appartenance | URGI, IFB |
| Tutelles | INRAE |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
A l’international, PlantBioinfoPF offre un service de portail de recherche aux fédérations de systèmes d’information comme WheatIS. En termes d’analyse des génomes, le service d’annotation des gènes et plus particulièrement des éléments transposables, qui s’appuie sur le pipeline REPET, est également ouvert à l’international. L’ensemble de ces activités sont développées par l’Unité de recherche génomique-info (URGI) à laquelle la plateforme est adossée et s’intègrent dans l’offre de l’Institut français de bioinformatique (IFB), nœud français de l’infrastructure européenne ELIXIR.
Expertises et services de la plateforme :
- Mise à disposition de ressources de calcul et de stockage,
- Publication et intégration de données FAIR (findable, accessible, interoperable, reusable),
- Développement et maintenance de portails de recherche pour des fédérations de systèmes d’information,
- Annotation de génomes (éléments répétés et transposables),
- Formation à l'annotation des éléments transposables, à la standardisation de données…
Domaines scientifiques :Vie & Santé
LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de bioinformatique
Type de données :
Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique de l'INRAE et ses partenaires Usagers et bénéficiaires :Chercheur
Conditions d'usage : Vous pouvez solliciter PlantBioinfoPF par mail à l’adresse urgi-contact@inrae.fr. Des formulaires sont mis à votre disposition sur le site internet de la plateforme pour formaliser less demandes concernant certains services. Les projets sont précisés avec les utilisateurs et arbitrés lors des réunions mensuelles de la plateforme. Les offres de formation de PlantBioinfoPF sont disponibles sur son site internet et diffusées en parallèle par mail sur liste de diffusion.
Conditions tarifaires :
Certification/Label :INRAE CNOC (https://doi.org/10.15454/1.5572414581735654E12)
GIS IBISA (https://www.ibisa.net/plateformes/index.php?sor=0|D&srch=#resultats)
Conditions générales d'utilisation : https://urgi.versailles.inra.fr/Platform/General-Terms-of-Use/Conditions-Generales-d-Utilisation