PlantBioInfoPF

De Cat OPIDoR
PlantBioInfoPF
Type de service Plateforme de calcul
Statut En production
Autres noms Plant Bioinformatics Facility, Plateforme de bioinformatique des plantes
URL https://urgi.versailles.inra.fr/Platform/
Contact urgi-contact@inrae.fr
Localisation Versailles
Structure d'appartenance URGI, IFB
Tutelles INRAE


Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :


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Les activités de la plateforme de bioinformatique des plantes - PlantBioinfoPF sont étroitement liées aux systèmes d’information et à l’étude de l’impact des éléments transposables sur l’évolution des génomes. La plateforme propose à l'INRAE et ses partenaires un support à la publication de données de génétique et génomique des plantes et pathogènes végétaux, ainsi que l’intégration de ces données au système d’information GnpIS.

A l’international, PlantBioinfoPF offre un service de portail de recherche aux fédérations de systèmes d’information comme WheatIS. En termes d’analyse des génomes, le service d’annotation des gènes et plus particulièrement des éléments transposables, qui s’appuie sur le pipeline REPET, est également ouvert à l’international. L’ensemble de ces activités sont développées par l’Unité de recherche génomique-info (URGI) à laquelle la plateforme est adossée et s’intègrent dans l’offre de l’Institut français de bioinformatique (IFB), nœud français de l’infrastructure européenne ELIXIR.

Expertises et services de la plateforme :

  • Mise à disposition de ressources de calcul et de stockage,
  • Publication et intégration de données FAIR (findable, accessible, interoperable, reusable),
  • Développement et maintenance de portails de recherche pour des fédérations de systèmes d’information,
  • Annotation de génomes (éléments répétés et transposables),
  • Formation à l'annotation des éléments transposables, à la standardisation de données…
La plateforme de bioinformatique des plantes (PlantBioinfoPF) a un Plan de Gestion des Données (https://doi.org/10.15454/9HM5UI).


Domaines scientifiques :Vie & Santé


LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes Thématique et/ou mots clés :

  • Plateforme de bioinformatique

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique de l'INRAE et ses partenaires Usagers et bénéficiaires :Chercheur


Conditions d'usage : Vous pouvez solliciter PlantBioinfoPF par mail à l’adresse urgi-contact@inrae.fr. Des formulaires sont mis à votre disposition sur le site internet de la plateforme pour formaliser less demandes concernant certains services. Les projets sont précisés avec les utilisateurs et arbitrés lors des réunions mensuelles de la plateforme. Les offres de formation de PlantBioinfoPF sont disponibles sur son site internet et diffusées en parallèle par mail sur liste de diffusion.

Modèle économique :

Certification/Label :INRAE CNOC (https://doi.org/10.15454/1.5572414581735654E12)

GIS IBISA (https://www.ibisa.net/plateformes/index.php?sor=0|D&srch=#resultats)

Conditions générales d'utilisation : https://urgi.versailles.inra.fr/Platform/General-Terms-of-Use/Conditions-Generales-d-Utilisation



Services proposés par la structure d'appartenance
StructureServices proposés
IFBW4M
GenoToul Bioinfo
Bilille
PACA BioInfo
PRABI Lyon-Gerland
AuBI
CBiB
iCONICS
MicroScope
Pasteur HUB
RPBS
BiGR
P3M
ABiMS
ATGC
MBI-DS4H
GenOuest
BiGEst
South Green
Orphanet
PlantBioInfoPF
Migale
VirHostNet
ARTbio
DAC
FAIR-Checker
URGIPlantBioInfoPF
GnpIS
WheatIS