BiGR

De Cat OPIDoR
BiGR
Type de service Plateforme de calcul
Statut En production
Autres noms IGR Bioinfo, Plateforme de Bioinformatique de l'institut Gustave Roussy
URL https://www.gustaveroussy.fr/fr/plateforme-de-bioinformatique-activites
Contact pf-bioinfo@gustaveroussy.fr
Localisation Villejuif
Structure d'appartenance IFB
Tutelles Institut Gustave Roussy, CNRS, INSERM, Université Paris-Saclay


Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :


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La plateforme de bioinformatique de Gustave Roussy propose différents services, allant de l’analyse de données de génomique au montage de projets en bioinformatique.

La plateforme BiGR est organisée autour de 3 grands domaines : la gestion des données (structuration des données provenant des robots), le développement d'outils (applications web, bases de données, pipelines) et le soutien aux projets de recherche dans un contexte oncogénomique. Elle dispose d'un ensemble de pipelines conventionnels pour analyser les données WES, WGS, ChIP-Seq, RNA-Seq, TGS, microarray oncoscan/cytoscan.

La plateforme a également pour mission d'accompagner la stratégie de développement de l’institut en lien avec les services existants (Service de Biostatistique et d’Epidémiologie, Plate-forme de Biologie Intégrée) et avec les bioinformaticiens travaillant au sein des équipes de recherche de Gustave Roussy. Elle se développe par ailleurs sur le plan national, en s’inscrivant dans le réseau RéNaBi, via la plateforme APLIBIO, et par le biais de partenariats avec l’université Paris-Sud.


Domaines scientifiques :Vie & Santé


LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

  • Plateforme de bioinformatique

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :Biologistes, bioinformaticiens pour des besoins ponctuels ou des projets plus conséquents à long terme


Conditions d'usage : Serveur Galaxy : Demande de compte auprès de la plate-forme. Ouvert à toute équipe exterieure à Gustave Roussy sur demande (adresse IP). Cluster de calcul : accessible exclusivement aux bioinformaticiens du site GR.

Modèle économique :

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

BiGR est en lien avec les services et structures

France Génomique, CNRS Biologie



Services proposés par la structure d'appartenance
StructureServices proposés
IFBW4M
GenoToul Bioinfo
Bilille
PACA BioInfo
PRABI Lyon-Gerland
AuBI
CBiB
iCONICS
MicroScope
Pasteur HUB
RPBS
BiGR
P3M
ABiMS
ATGC
MBI-DS4H
GenOuest
BiGEst
South Green
Orphanet
PlantBioInfoPF
Migale
VirHostNet
ARTbio
DAC
FAIR-Checker