AuBI

De Cat OPIDoR
AuBI
Type de service Plateforme de calcul
Statut En production
Autres noms Auvergne BioInformatique
URL https://mesocentre.uca.fr/projets-associes/plateforme-aubi/plateforme-aubi-70146.kjsp
Contact support.dsi@uca.fr, aubi@uca.fr
Localisation Clermont-Ferrand
Structure d'appartenance IFB, Université Clermont Auvergne
Tutelles Université Clermont Auvergne, CNRS, INRAE
Identifiant dans un autre catalogue https://doi.org/10.18145/AuBI (DOI), https://aurehal.archives-ouvertes.fr/structure/read/id/1076817 (HAL)


Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :


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La plateforme Auvergne BioInformatique, AuBI, rassemble les ressources bioinformatiques du site auvergnat, et s'appuie sur les ressources en calcul et en stockage du Mésocentre Clermont-Auvergne pour promouvoir l'accès aux installations informatiques pour l'analyse des données, le stockage, la formation en bio-informatique et l'hébergement de services web pour la recherche. Des compétences importantes sont développées pour soutenir des projets scientifiques dans le domaine de l'analyse de séquences à grande échelle en génomique (assemblage, annotation, analyse de variantes, DNAseq, ...), transcriptomique (RNAseq, ChiPseq, ...) et variations épigénomiques (BSseq), métagénomique, métatranscriptomique, métabolomique, dynamique moléculaire mais aussi statistique et imagerie. Elle est associée à l'Institut Français de Bioinformatique ainsi qu'à la plateforme France Génomique .

Le Mésocentre Clermont Auvergne fournit un accès à des banques de données biologiques publiques. Leurs mises à jours sont gérées par BioMAJ. Les données brutes proviennent de sites distants (NCBI, flybase, ensembl, ...) et sont indexées automatiquement en local pour être utilisées ensuite par les différents outils sur le cluster de calcul HPC2 ou via le serveur web Galaxy.

La liste des banques de données disponibles et les informations afférentes sont accessibles grâce à l'interface Biomaj Watcher.

Deux services web sont proposés au sein d'AuBI :

  • Galaxy, pour y conduire des analyses de transcriptomique, génomique, métagénomique
  • OMERO, pour le stockage d'images et des métadonnées associées


Domaines scientifiques :Vie & Santé


LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

  • Plateforme de bioinformatique
  • Biologie fondamentale
  • Microbiologie
  • Agronomie
  • Environnement
  • Santé
  • Epidémiologie

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Unités de recherche de l'Université Clermont Auvergne Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Doctorants


Conditions d'usage :

Modèle économique : Gratuit pour les usagers UCA & associés

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

AuBI est en lien avec les services et structures

France Génomique, Mésocentre Clermont Auvergne, CNRS Biologie, CNRS Écologie & Environnement



Services proposés par la structure d'appartenance
StructureServices proposés
IFBW4M
GenoToul Bioinfo
Bilille
PACA BioInfo
PRABI Lyon-Gerland
AuBI
CBiB
iCONICS
MicroScope
Pasteur HUB
RPBS
BiGR
P3M
ABiMS
ATGC
MBI-DS4H
GenOuest
BiGEst
South Green
Orphanet
PlantBioInfoPF
Migale
VirHostNet
ARTbio
DAC
Université Clermont AuvergneMésocentre Clermont Auvergne
AuBI
G.O.T.O.DO UCA
Université Clermont Auvergne : Science ouverte
Université Clermont Auvergne : Formations
CEBA Cloud Environnemental