MicroScope

De Cat OPIDoR
MicroScope
Type de service Plateforme de calcul
Statut En production
Autres noms Microbial Genome Annotation & Analysis Platform, MaGe
URL https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/home/index.php
Contact mage@genoscope.cns.fr
Localisation Evry
Structure d'appartenance Génomique Métabolique, IFB
Tutelles CEA, CNRS, Université Paris-Saclay
Identifiants
re3data 10.17616/R31NJMGW


Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :


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La plateforme MicroScope (MaGe) est une infrastructure informatique dédiée à l’annotation et l’analyse comparative de génomes ou méta-génomes de microorganismes.

Plateforme web d'annotation et d'analyses comparatives de génomes procaryotes développée par l'équipe LABGeM, laboratoire Analyses Bio-informatique pour la Génomique et le Métabolisme du CEA/Genoscope. Cette infrastructure informatique intègre des données (génomes, annotations automatiques et expertes, résultats d'analyses et données expérimentales), et des interfaces graphiques Web permettant d'ex​​plorer ces données et d'utiliser les outils méthodologiques régulièrement intégrés à la plateforme.

MicroScope combine des outils et des interfaces graphiques pour analyser les génomes dans un contexte comparatif et métabolique. Cette plateforme fournit des données provenant de milliers de projets sur le génome ainsi que des expériences post-génomiques permettant aux utilisateurs d'améliorer la compréhension des fonctions des gènes. Des annotations d'experts sont continuellement rassemblées dans la base de données MicroScope, ce qui contribue à l'amélioration de la qualité des annotations du génome microbien. MicroScope peut être utilisé comme une ressource communautaire pour l'analyse comparative et l'annotation des génomes accessibles au public, mais aussi comme une ressource privée avec des droits d'accès limités aux données génomiques.


Domaines scientifiques :Vie & Santé


LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

  • Plateforme de bioinformatique
  • Génome
  • Métagénome
  • RNA-seq et évolution

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Communauté de la recherche scientifique publique et privée, française, européenne et internationale Usagers et bénéficiaires :Chercheur, enseignant-chercheur


Conditions d'usage : Formulaire de demande d'accès sur le site, il est très recommandé de suivre les sessions de formations proposées

Modèle économique : Accès gratuit pour le monde académique, devis disponible sur demande pour les non académiques

Certification/Label :ISO 9001:2015 (http://qualite.ibisa.net/certificats/ERQ LABGeM ISO9001 2015 FR.pdf)

IBiSA (https://www.ibisa.net/plateformes/)

NFX 50-900 (http://qualite.ibisa.net/certificats/ERQ LABGeM NFX50-900 2016 FR.pdf)

ELIXIR Data Resources (https://elixir-europe.org/services/tag/data-resources?page=2)

Conditions générales d'utilisation : https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/about/microscopecharter.php

MicroScope est en lien avec les services et structures

France Génomique, PPanGGOLiN

Portée internationale de MicroScope

ELIXIR (https://elixir-europe.org/)


Services proposés par la structure d'appartenance
StructureServices proposés
Génomique MétaboliqueMicroScope
PPanGGOLiN
IFBW4M
GenoToul Bioinfo
Bilille
PACA BioInfo
PRABI Lyon-Gerland
AuBI
CBiB
iCONICS
MicroScope
Pasteur HUB
RPBS
BiGR
P3M
ABiMS
ATGC
MBI-DS4H
GenOuest
BiGEst
South Green
Orphanet
PlantBioInfoPF
Migale
VirHostNet
ARTbio
DAC
FAIR-Checker