DAC

De Cat OPIDoR
DAC
Type de service Plateforme de calcul
Statut En production
Autres noms The Data Analysis Core, Centre d’analyse des données, Plateforme d’informatique biomédicale Data Analysis Core
URL https://dac.institutducerveau-icm.org/
Contact dac@icm-institute.org
Localisation Paris
Structure d'appartenance ICM, IFB
Tutelles CNRS, AP-HP, INSERM, Sorbonne Université


Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :


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La plateforme d’informatique biomédicale Data Analysis Core (DAC) fournit à l'Institut du Cerveau de Paris un soutien structurel et donne accès à des solutions logicielles et à une expertise méthodologique pour une variété de processus de gestion et d'analyse de données biomédicales. Cela comprend la définition et la mise en œuvre de bonnes pratiques dans les processus de curation, de normalisation, d'annotation et de structuration des données spécifiques au domaine. L'objectif est d'atteindre des normes de qualité élevées en matière de cohérence, de fiabilité, de valeur et d'interopérabilité des données.

Les activités du Data Analysis Core exploitent les équipements de calcul haute performance gérés par le département IT, dont une plateforme Bio-IT Illumina DRAGEN, des serveurs de base de données, un stockage haute performance, un cluster de 800 cœurs et des serveurs d'application.

Elle est organisée en quatre divisions :

  • La division Bioinformatique développe, exécute des pipelines et fournit des interfaces pour traiter et visualiser les données de séquençage de nouvelle génération (NGS), y compris la génomique (panel de gènes, séquençage de l'exome entier et du génome entier), la transcriptomique (analyses de l'ARN-seq en vrac et de l'ARN-seq dans une seule cellule), l'épigénomique (accessibilité de la chromatine ATAC-seq) et la ChIP-seq (liaison des protéines).


  • La division Biostatistique fournit un soutien expert en matière d'analyse statistique pour tout type de données biologiques. Elle fonctionne comme un service d'assistance réactif qui fournit un soutien en matière d'analyse statistique aux chercheurs tout au long de leurs projets de recherche. Elle anticipe et répond aux besoins émergents de l'institut en concevant des méthodes statistiques avancées pour traiter l'analyse intégrée de données multidimensionnelles et multimodales.


  • La division Analyse d'images aide les chercheurs à analyser les images provenant de toutes les technologies d’imagerie en étroite collaboration avec les plateformes QUANT, CENIR et Histomics. La division fournit une assistance dans le cadre de projets de segmentation et de classification basées sur l’IA et développe des outils et des analyses pour les analyses morphologiques et les statistiques descriptives.


  • La division Gestion des données offre un soutien opérationnel aux chercheurs dans la gestion des exigences croissantes en matière de trouvabilité, d'accès, d'interopérabilité et de réutilisation de leurs données (FAIR) en fournissant des bases de données et des interfaces web sécurisées selon des modèles de données partagés.


Les équipes de l'ICM ont, dans cet optique, élaboré un modèle de Plan de gestion de données DMP-ICM proposé dans l’outil DMP OPIDoR.


Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé


PE6 Sciences informatiques et informatique LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS5 Neurosciences et troubles du système nerveux Thématique et/ou mots clés :

  • Plateforme de bioinformatique
  • Biostatistique
  • Génomique
  • Logiciel
  • Analyse à grande échelle
  • Séquençage

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, cliniciens


Conditions d'usage :

Modèle économique :

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

DAC est en lien avec les services et structures

NeurATRIS, ICONICS, France Génomique



Services proposés par la structure d'appartenance
StructureServices proposés
ICMiCONICS
DAC
IFBW4M
GenoToul Bioinfo
Bilille
PACA BioInfo
PRABI Lyon-Gerland
AuBI
CBiB
iCONICS
MicroScope
Pasteur HUB
RPBS
BiGR
P3M
ABiMS
ATGC
MBI-DS4H
GenOuest
BiGEst
South Green
Orphanet
PlantBioInfoPF
Migale
VirHostNet
ARTbio
DAC
FAIR-Checker