South Green

De Cat OPIDoR
South Green
Type de service Plateforme de calcul
Statut En production
Autres noms Plateforme South Green de bioinformatique, SGBP
URL https://www.southgreen.fr/
Contact admin.bioinfo@cirad.fr
Localisation Montpellier
Structure d'appartenance AGAP, IFB
Tutelles Cirad, IRD, Inrae, SupAgro, Alliance Biodiversity international-CIAT


Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :


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La plateforme South Green de bioinformatique est dédiée à la bioinformatique appliquée à la génétique et à la génomique des plantes tropicales et méditerranéennes d'intérêt agronomique. C’est un réseau de bioinformaticiens qui propose des méthodes innovantes et des ressources de calcul et de stockage des données.

La plateforme assure :

  • Le développement de méthodes et outils originaux pour l’analyse des données moléculaires dans les domaines de l’annotation des génomes et des transcriptomes, de la phylogénie, du génotypage par séquençage,…
  • Le développement de hubs par espèce végétale (Banana genome hub, Coffee genome hub,..) où sont regroupées et rendues interopérables les applications utiles pour l’étude des génomes.
  • des formations spécialisées en bioinformatique (analyse des séquences biologiques, Galaxy) et informatique (logiciel R, Perl, Linux) pour les biologistes et les étudiants.


Domaines scientifiques :Vie & Santé


LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

  • Plateforme de bioinformatique

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :


Conditions d'usage : Être partenaire d'un projet en lien avec les plantes méditerranéenes et tropicales.

Modèle économique : Accès gratuit à la puissance de calcul, chaque utilisateur bénéficie de 150 Go de stockage gratuit pour son /home, au-delà, tout espace de stockage ouvert pour un projet est facturé. L’espace /work est gratuit mais avec une contention dans le temps.

Certification/Label :ISO 9001 : 2008 (?)

Conditions générales d'utilisation :



Services proposés par la structure d'appartenance
StructureServices proposés
AGAPSouth Green
IFBW4M
GenoToul Bioinfo
Bilille
PACA BioInfo
PRABI Lyon-Gerland
AuBI
CBiB
iCONICS
MicroScope
Pasteur HUB
RPBS
BiGR
P3M
ABiMS
ATGC
MBI-DS4H
GenOuest
BiGEst
South Green
Orphanet
PlantBioInfoPF
Migale
VirHostNet
ARTbio
DAC
FAIR-Checker