TGML

TGML
Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms	Transcriptomique et génomique Marseille Luminy, TAGC-BU
URL	https://tagc.univ-amu.fr/en/resources/transcriptomic-genomic-platform-marseille-luminy
Contact	denis.puthier@univ-amu.fr, beatrice.loriod@inserm.fr
Localisation
Structure d'appartenance	TAGC, France Génomique
Tutelles	INSERM, Aix-Marseille Université

La plateforme TGML propose son expertise pour l'analyse de différents types de projets liés au séquençage à haut débit. Elle offre une large palette d’outils expérimentaux et bioinformatiques pour l’étude du transcriptome et de la génomique fonctionnelle. Ses ingénieurs assurent le traitement et l’analyse de puces à ADN, la construction de librairies, le séquençage et les analyses de données (primaires et secondaires).

Les services proposés sont :

Biologie moléculaire

Transcriptomique : RNA-seq sur cellule unique (avec ou sans cell hashing), mRNA-seq en masse (polyA, total) et puces à ADN (DGE, miRNA, CGH)
Génomique : Re-séquençage ciblé, exome complet, SNV, petits / grands IndDels
Épigénomique : ChIP-seq, FAIRE-seq / ATAC-seq, MNnase-seq, 3C-seq, 4C-seq

Bioinformatique :

Metaworkflow : Flux de travail de routine pour le traitement des données selon le principe FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) pour la génération de données
OLOGRAM (OverLap Of Genomic Regions Analysis using Monte Carlo) : réalise des statistiques de chevauchement entre des ensembles de régions génomiques décrites dans des BED ou des GTF
PyGTFtk (Python GTF tool kit) : un paquetage Python destiné à faciliter la manipulation des fichiers GTF/GFF2.0 (Gene Transfer Format)

Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé

PE6 Sciences informatiques et informatique LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :