W4M

De Cat OPIDoR
W4M
Type de service Outils de gestion des données
Statut En production
Autres noms Workflow4Metabolomics 3.0
URL https://workflow4metabolomics.org/, https://workflow4metabolomics.usegalaxy.fr/
Contact support * AT * workflow4metabolomics.org
Localisation Villenave d'Ornon
Structure d'appartenance MetaboHUB, IFB
Tutelles CEA, CNRS, INRAE, Sorbonne Université, Université Libre de Bruxelles, University of Birmingham


Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :


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Workflow4Metabolomics, W4M, est un portail collaboratif dédié au traitement, à l’analyse et à l’annotation des données métabolomiques.

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et l’infrastructure MetaboHUB ont développé des pipelines complets de LC / MS, GC / MS et de RMN en utilisant le cadre de Galaxy pour l'analyse des données, y compris le prétraitement, la normalisation, le contrôle de la qualité, l'analyse statistique (univariée, multivariée PLS / OPLS) et les étapes d'annotation.

W4M est une structure d'analyse des données permettant l'accès à des ressources de calcul de haute performance mais n'assure pas le stockage à long terme des données. W4M contribue aux initiatives de la Science ouverte et permet l'attribution de DOI. Les données et les flux de travail peuvent être réutilisés et partagés publiquement, devenant ainsi des références utiles pour la communauté. Enfin, la plateforme propose de nombreux tutoriels et un service d'assistance.


Domaines scientifiques :Vie & Santé


LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

  • Analyse métabolomique
  • Annotation
  • Galaxy
  • Bioinformatique

Type de données :Données métabolomiques

Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique de recherche en métabolomique nationale et internationale, académique et privée Usagers et bénéficiaires :Chercheurs (public et privé), doctorantsbb8883749a4a8b8c85ee7cb2aa4676fd

Politiques : Politique de données

Conditions d'usage : Accès en ligne aux services de MetaboHUB via un formulaire de demande d'accès avec création d'un compte utilisateur

Modèle économique : Gratuit pour l'utilisateur final

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation : https://ifb-elixirfr.gitlab.io/usegalaxy-fr/welcome//common/terms.html



Services proposés par la structure d'appartenance
StructureServices proposés
IFBW4M
GenoToul Bioinfo
Bilille
PACA BioInfo
PRABI Lyon-Gerland
AuBI
CBiB
iCONICS
MicroScope
Pasteur HUB
RPBS
BiGR
P3M
ABiMS
ATGC
MBI-DS4H
GenOuest
BiGEst
South Green
Orphanet
PlantBioInfoPF
Migale
VirHostNet
ARTbio
DAC
FAIR-Checker
MetaboHUBW4M