Ocean Gene Atlas

De Cat OPIDoR
Ocean Gene Atlas
Type de service Plateforme d'accès
Statut En production
Autres noms OGA, Atlas génétique de l'océan
URL https://tara-oceans.mio.osupytheas.fr/ocean-gene-atlas/
Contact oceangeneatlas at mio.osupytheas.fr
Localisation Marseille
Structure d'appartenance MIO
Tutelles Université de Toulon, CNRS, IRD, Université Aix-Marseille


Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :


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Le portail d'accès Ocean Gene Atlas, OGA ou Atlas génétique de l'océan est un service Web qui permet d'explorer la biogéographie des gènes d'organismes planctoniques marins.

Il permet aux utilisateurs d'interroger les séquences de protéines ou de nucléotides par rapport aux catalogues mondiaux de gènes de référence océaniques : les catalogues de séquences de gènes (ENA), le contexte environnemental des échantillons (PANGAEA) et les estimations de l'abondance des gènes dans les échantillons (calculées par la cartographie des séquences brutes lues sur les catalogues de gènes).

En un seul clic, l'abondance et la localisation des séquences cibles sont visualisées sur les cartes du monde ainsi que leur distribution taxonomique. Des panneaux de résultats interactifs permettent d'ajuster les seuils de qualité de l'alignement et d'afficher l'abondance des gènes dans le contexte des caractéristiques environnementales (température, nutriments, etc.) mesurées au moment de l'échantillonnage.


Domaines scientifiques :Vie & Santé


LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution Thématique et/ou mots clés :

  • Biologie marine
  • Plancton

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :


Conditions d'usage : Open accès

Modèle économique : Accès gratuit

Certification/Label :ELIXIR Data Resources (https://elixir-europe.org/services/tag/data-resources)

Conditions générales d'utilisation : https://tara-oceans.mio.osupytheas.fr/ocean-gene-atlas/termsOfUse

Ocean Gene Atlas est en lien avec les services et structures

Tara Océan



Services proposés par la structure d'appartenance
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