ATGC

De Cat OPIDoR
ATGC
Type de service Plateforme de calcul
Statut En production
Autres noms Plateforme de bio-informatique de Montpellier, ATGC BioInformatique
URL http://www.atgc-montpellier.fr/
Contact vincent.lefort@lirmm.fr

atgc-hts@lirmm.fr

Localisation Montpellier
Structure d'appartenance IFB, LIRMM
Tutelles CNRS, IRD


Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :


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ATGC, plateforme de bioinformatique de Montpellier fournit des services de génomique évolutive, comparative et fonctionnelle. Elle met en avant les développements méthodologiques réalisés par l'équipe Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB) du LIRMM. Ces développements sont diffusés à la communauté scientifique sous forme de services en libre accès sur le site web de la plateforme. La plupart des outils peuvent être utilisés directement en ligne, via une interface web dédiée à partir de laquelle chaque utilisateur peut charger ses propres données. Ces interfaces ont été conçues pour faciliter la présentation des outils, l'analyse et l'interprétation des résultats.

Expertise :

  • Analyse qualitative du transcriptome par RNA-seq ou Digital Gene Expression (SAGE)
  • Assemblage de transcriptome de novo (RNA-seq)
  • Correction hybride de reads PacBio (Pacific BioSciences) pour DNA-seq ou RNA-seq
  • Analyse génomique : recherche de mutations, insertion délétions, réarrangements
  • Mapping de reads génomiques ou transcriptomiques
Plateforme CNRS Sciences informatiques qui est un site d'implantation de l'Institut Francais de Bioinformatique


Domaines scientifiques :Vie & Santé


LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

  • Plateforme de bioinformatique

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :


Conditions d'usage : Les outils sont accessibles en ligne gratuitement. Ils peuvent être téléchargés et/ou exécutés sur les clusters du LIRMM.

Modèle économique :

Certification/Label :IBiSA (http://www.ibisa.net/plateformes/)

Conditions générales d'utilisation :

ATGC est en lien avec les services et structures

France Génomique, CNRS Sciences informatiques

Portée internationale de ATGC

ELIXIR (https://elixir-europe.org/)


Services proposés par la structure d'appartenance
StructureServices proposés
IFBW4M
GenoToul Bioinfo
Bilille
PACA BioInfo
PRABI Lyon-Gerland
AuBI
CBiB
iCONICS
MicroScope
Pasteur HUB
RPBS
BiGR
P3M
ABiMS
ATGC
MBI-DS4H
GenOuest
BiGEst
South Green
Orphanet
PlantBioInfoPF
Migale
VirHostNet
ARTbio
DAC
FAIR-Checker
LIRMMATGC
LoRDEC
DORIST