GnpIS

De Cat OPIDoR
GnpIS
Type de service Entrepôt de données
Statut En production
Autres noms Genetic and Genomic Information System
URL https://urgi.versailles.inra.fr/gnpis, https://urgi.versailles.inra.fr/Data
Contact urgi-contact at versailles.inra.fr
Localisation Versailles
Structure d'appartenance URGI, PlantBioInfoPF
Tutelles INRAE
Identifiants
re3data 10.17616/R3RF6C


Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :


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GnpIS est un système d’information modulaire interopérable, multi-espèces (plantes et champignons), permettant le stockage et la mise à disposition de données de génomique et de génétique : annotations de génome, cartographie physiques et génétiques (marqueurs, QTL), polymorphismes de séquence issues de reséquençage et de génotypage, génétique d’association entre marqueurs et caractères phénotypiques (GWAS), phénotypage lié à l’environnement (GxE), ressources génétiques (données patrimoniales INRAE venant pour certaines d’entre elles des centres de ressources biologiques).


Domaines scientifiques :Vie & Santé


LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes Thématique et/ou mots clés :

  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Analyse de séquences
  • Cartographie
  • Génomique comparative

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :


Conditions d'usage : L’accès aux données peut être public (par défaut avec une licence CC-BY 4.0) ou données en accès authentifié dans le cadre de projets en collaboration avec la plateforme avant publication.. La durée de conservation des données est déterminée dans les accords consortium ou dans le formulaire de demande d’intégration de données . Les données considérées comme patrimoniales pour l’Institut (ressources génétiques, données phénotypiques) sont conservées de façon permanente.

Modèle économique :

Certification/Label :ELIXIR Data Resources (https://elixir-europe.org/services/tag/data-resources?page=1)

Conditions générales d'utilisation : https://urgi.versailles.inrae.fr/Platform/General-Terms-of-Use/Conditions-Generales-d-Utilisation

GnpIS est en lien avec les services et structures

PlantBioInfoPF



Services proposés par la structure d'appartenance
StructureServices proposés
PlantBioInfoPFGnpIS
WheatIS
URGIPlantBioInfoPF
GnpIS
WheatIS