LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes
Pour tous les organismes Génétique, épigénétique, génomique et autres études " omiques ", bioinformatique, biologie des systèmes, maladies génétiques, modification de gènes, méthodes et modélisation innovantes, " omiques " pour la médecine personnalisée
A ce jour 84 entités sont référencées dans le sous-domaine LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes
- ABCdb
- AFMB
- AGROECO
- ATGC
- Anexplo
- AniRA
- AuBI
- AuReMe
- BIII
- BiGEst
- BiGR
- Bilille
- CATdb
- CAZy
- CBiB
- CNRS-INSB
- CRISPR-Cas++
- CRIStAL
- CeSGO
- ChemProject
- Cid.curie.fr
- ELIXIR
- EMBL
- ESTHER database
- EcogenO
- France Génomique
- Fédération de Recherche Louis-Léopold Ollier
- GeT
- GenOuest
- GenoToul
- GenoToul Bioinfo
- GenomeHubs
- Genomicus
- GenomiqueENS
- GnpIS
- Génomique Métabolique
- I2BC
- IBENS
- IBENS Opendata
- ICBMS
- iCONICS
- IFB
- IGReD
- IMGT
- IPS2
- ISFinder
- Infevers
- LIGAN-PM
- LMGM
- LMGM MLST databases
- LPC
- Laboratoire de Génétique des Maladies Rares et Autoinflammatoires
- LoRDEC
- MBI-DS4H
- MIO
- MSAP
- MSAP : Plateforme spectrométrie de masse FT-ICR
- MetaboHUB
- MicroScope
- Migale
- Norine
- Ocean Barcode Atlas
- Ocean Gene Atlas
- P3M
- PACA BioInfo
- PEA²t
- PRABI Lyon-Gerland
- PTAL Plateforme Analytique (EDYTEM)
- Pasteur HUB
- PlantBioInfoPF
- PlantRNA
- ProFI
- RPBS
- SCIGNE
- SFR Biosciences
- SFR Santé François Bonamy
- South Green
- StrInG
- TEFOR Fly Facility
- TEFOR-TACGENE
- TRIP
- Transcriptomique et Génomique Appliquée
- W4M
- WheatIS
Vous pouvez filtrer les résultats ou consulter l'ensemble du tableau
Légende : Feuille de route nationale des Infrastructures de recherche
Service
Structure
Acronyme | Nom développé | Type de service | Thématique/Mots clés | Localisation | |||
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ABCdb | Archaeal and Bacterial ABC Systems database | Entrepôt de données | Toulouse | |||
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AFMB | Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques, UMR 7257 | Complexes Macromoléculaires Viraux Désordre Structural et Reconnaissance Moléculaire Glycobiologie et Neurobiologie Structurales Glycogénomique Interactions hôte-pathogène Réplicases Virales : Structure Mécanisme et Drug-Design |
Marseille | |||
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AGROECO | UMR Agroécologie, UMR 1347 | Dijon | ||||
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ATGC | Plateforme de bio-informatique de Montpellier, ATGC BioInformatique | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Montpellier | ||
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Anexplo | Plateforme d'acquisition | Phénotypage animal | Toulouse | |||
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AniRA | plateforme régionale Ani-Rhone-Alpes | Plateforme d'acquisition | Lyon | |||
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AuBI | Auvergne BioInformatique | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Clermont-Ferrand | ||
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AuReMe | AUtomated REconstruction of MEtabolic models | Outils de gestion des données | Rennes | |||
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BIII | BioImage Informatics Index, BISE | Plateforme d'accès | Bioimagerie Analyse d'images |
Nantes | ||
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BiGEst | Bioinformatique et Génomique Est, Plateforme Bioinformatique de Strasbourg, BISTRO | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Illkirch | ||
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BiGR | IGR Bioinfo, Plateforme de Bioinformatique de l'institut Gustave Roussy | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Villejuif | ||
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Bilille | Service en bio-informatique de Lille, Plateforme de bioinformatique de Lille | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Lille | ||
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CATdb | Complete Arabidopsis Trancriptome database | Entrepôt de données | Gif-sur-Yvette | |||
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CAZy | Carbohydrate-Active enZYmes Database | Entrepôt de données | Base de données Carbohydrate-Active enZYmes Enzymes actives sur les glucides CAZymes Glycoside hydrolases Glycosyltransférases Carbohydrate estérases Polysaccharide lyases Carbohydrate-Binding Modules Catalyse enzymatique Génomique Bioinformatique |
Marseille | ||
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CBiB | Centre de Bioinformatique de Bordeaux | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Bordeaux | ||
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CNRS-INSB | Institut des sciences biologiques du CNRS | Paris | ||||
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CRISPR-Cas++ | CRISPRCas++ | Entrepôt de données | Gif-sur-Yvette | |||
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CRIStAL | Centre de Recherche en Informatique Signal et Automatique de Lille, UMR 9189 | |||||
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CeSGO | Centre e-Science Grand Ouest | Outils de gestion des données | Environnement virtuel de recherche Développements technologiques de l‘Information et de la Communication |
Rennes | ||
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ChemProject | Chimiométrie | |||||
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Cid.curie.fr | Curie Image Database,iManage, OpenImadis | Entrepôt de données | Imagerie médicale Algorithme d'analyse Microscopie électronique |
Paris | ||
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ELIXIR | A distributed infrastructure for life-science information | Bioinformatique | Hinxton (Royaume Uni) | |||
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EMBL | European Molecular Biology Laboratory, Laboratoire Européen de Biologie Moléculaire | Grenoble Hambourg (Allemagne) Barcelone (Espagne) Monterotondo (Italie) Hinxton (Royaume-Uni) |
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ESTHER database | ESTerases and alpha/beta-Hydrolase Enzymes and Relatives | Entrepôt de données | Hydrolases alpha/beta-Hydrolase fold Esterases Cholinestérases Acétylcholinestérase Bioinformatique Homme Souris Relation structure fonction Résidus site actif Mutation génétique Maladies Résistance insecticide |
Montpellier | ||
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EcogenO | Plateforme d'Éco-Génomique Ecogeno | Plateforme d'acquisition | Plateforme de Génomique environnementale | Rennes | ||
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France Génomique | Infrastructure nationale de génomique et bioinformatique associée, FG France Génomique, UAR 3628, US 26 | Évry-Courcouronnes | |||
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Fédération de Recherche Louis-Léopold Ollier | SFR Santé Lyon-Est - Louis Léopold Ollier, UAR 3453, US 7 | |||||
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GeT | Génome et Transcriptome, Plateforme GeT | Plateforme d'acquisition | Génomique Transcriptomique Cellule unique Séquençage de génome Séquençage ARN et microARN PCR quantitative Microarray Métagénomique Génotypage Épigénétique |
Toulouse | ||
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GenOuest | Plateforme GenOuest, Plateforme de bio-informatique de Rennes, GenOuest bioinformatics, UMR 6074 | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique Cloud computing e-infrastructure Environnement Virtuel de Recherche Base de données Bioinformatique Développement logiciel Analyse de données Gestion de données Calcul scientifique Formation |
Rennes | ||
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GenoToul | Groupement d'Intérêt Scientifique Génopole Toulouse Midi-Pyrénées, GIS GENOTOUL | Castanet-Tolosan | ||||
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GenoToul Bioinfo | GenoToul Bioinformatique, Plateforme Bioinformatique GenoToul, Genotoul Bioinformatics | Plateforme de calcul | Biologie Bioinformatique |
Castanet Tolosan | ||
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GenomeHubs | South Green Genome Hub Genome Hub | Plateforme d'accès | Montpellier | |||
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Genomicus | Genomes in evolution | Outils de gestion des données | Paris | |||
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GenomiqueENS | Plateforme de séquençage Genomic Paris Centre de l'IBENS | Plateforme d'acquisition | Plateforme génomique | Paris | ||
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GnpIS | Genetic and Genomic Information System | Entrepôt de données | Analyse de données de séquençage NGS Analyse de séquences Cartographie Génomique comparative |
Versailles | ||
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Génomique Métabolique | GM Génomique Métabolique, UMR 8030 | |||||
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I2BC | Institut de Biologie Intégrative de la Cellule, UMR 9198 | |||||
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IBENS | Institut de Biologie de l'École Normale Supérieure ENS, CNRS UMR8197, INSERM U1024 | Paris | ||||
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IBENS Opendata | Entrepôt de données | Paris | ||||
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ICBMS | Institut de Chimie et de Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires, UMR 5246 | |||||
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iCONICS | Plateforme de calcul | Biostatistique Plateforme de bioinformatique |
Paris | |||
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IFB | Institut Français de Bioinformatique, ELIXIR France, IFB core Institut français de bioinformatique, UMS 3601 | Bioinformatique | Evry | ||
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IGReD | GReD, Génétique Reproduction et Développement,U 1103, UMR 6293 | Clermont-Ferrand | ||||
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IMGT | International ImMunoGeneTics information system, Système d'information international en ImMunoGénéTique | Entrepôt de données | Immunogénétique Immunoinformatique |
Montpellier | ||
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IPS2 | Institut des Sciences des Plantes de Paris Saclay, UMR 9213 | Orsay | ||||
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ISFinder | Insertion Sequence Finder | Entrepôt de données | Analyse de séquences | Toulouse | ||
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Infevers | The registry of Auto-Inflammatory Disease mutations | Entrepôt de données | Recherche médicale Génétique moléculaire Maladies auto-inflammatoires héréditaires MAI héréditaires MAI monogéniques Registre des mutations Fièvre méditerranéenne familiale Familial mediterranean fever Fièvres récurrentes héréditaires |
Montpellier | ||
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LIGAN-PM | FG LIGAN-PM, Plateforme de séquençage LIGAN, Lille Integrative Genomic Advanced Network Genomic Platform | Plateforme d'acquisition | Plateforme de génomique | Lille | ||
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LMGM | Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires, UMR 5100 | Toulouse | ||||
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LMGM MLST databases | Multilocus Sequence Typing databases | Entrepôt de données | Toulouse | |||
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LPC | Laboratoire de Physique de Clermont, UMR6533 | Aubière | ||||
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Laboratoire de Génétique des Maladies Rares et Autoinflammatoires | Unité médicale des maladies auto-inflammatoires (ancien nom) | Génétique moléculaire Maladies autoinflammatoires |
Montpellier | |||
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LoRDEC | LoRDEC: hybrid Correction of Long Reads | Outils de gestion des données | Bioinformatique Outil d'analyse Analyse de données de séquençage NGS Méthodologie Alignements de lectures sur des génomes |
Montpellier | ||
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MBI-DS4H | Modelling Bio molecules and their Interactions - Data Science for Health, Plateforme MBI, MBI platform | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique Bioinformatique structurale Modélisation des interactions protéines/protéines protéines/peptides et protéines/acides nucléiques |
Villers-les-Nancy | ||
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MIO | Institut Méditerranéen d'Océanologie, UMR 7294, UM 110, UMR D 235 | Marseille | ||||
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MSAP | Miniaturisation pour la Synthèse l’Analyse et la Protéomique, UAR 3290 | Protéomique Spectrométrie de masse Synthèse organique |
Villeneuve d’Ascq | |||
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MSAP : Plateforme spectrométrie de masse FT-ICR | Plateforme spectrométrie de masse FT-ICR du MSAP | Plateforme d'acquisition | Analyse chimique Spectrométrie de masse FT-ICR Analyse protéomique Paléoprotéomique |
Villeneuve d’Ascq | ||
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MetaboHUB | Infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l’innovation, à la formation et au transfert de technologie | Villenave d'Ornon | |||
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MicroScope | Microbial Genome Annotation & Analysis Platform, MaGe | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique Génome Métagénome RNA-seq et évolution |
Evry | ||
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Migale | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique bioinformatique génomique métagénomique |
Jouy-en-Josas | |||
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Norine | Nonribosomal peptides | Entrepôt de données | Bioinformatique structurale | Villeneuve d'Ascq | ||
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Ocean Barcode Atlas | OBA, Atlas code-barres de l'océan | Plateforme d'accès | Biologie marine Plancton |
Marseille | ||
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Ocean Gene Atlas | OGA, Atlas génétique de l'océan | Plateforme d'accès | Biologie marine Plancton |
Marseille | ||
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P3M | Plateau de Modélisation Moléculaire Multi-échelle, Plateforme de Modélisation Moléculaire Mutli-échelle | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Reims | ||
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PACA BioInfo | Plateforme de bio-informatique de Marseille | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique Génomique procaryote et virale Transcriptomique Métagénomique Protéomique Biologie Structurale (EM and X-ray crystallography) Biomédical Biotechnologie Environnement |
Marseille | ||
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PEA²t | Plateforme technologique d'étude des Environnements Anciens et Actuels | Plateforme d'acquisition | Etude des relations Homme-Environnement | Besançon Montbéliard |
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PRABI Lyon-Gerland | Pôle Rhônes-Alpes de Bioinformatique, PRABI Gerland | Plateforme de calcul | Bioinformatique structurale Prédiction de structure Base de données structurales Analyse de séquences Modélisation moléculaire Plateforme de bioinformatique Docking moléculaire |
Lyon | ||
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PTAL Plateforme Analytique (EDYTEM) | Pôle Technique d’Analyses en Laboratoires (PTAL) | Plateforme d'acquisition | Le Bourget-du-Lac | |||
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Pasteur HUB | Bioinformatics and Biostatistics HUB, Plateforme de bioinformatique de l'Institut Pasteur | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Paris | ||
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PlantBioInfoPF | Plant Bioinformatics Facility, Plateforme de bioinformatique des plantes | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Versailles | ||
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PlantRNA | Entrepôt de données | ARNt | Starsbourg | |||
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ProFI | Infrastructure Française de protéomique. Proteomics French Infrastructure, Fédération de Recherche nationale ProFI, FR 2048 | Grenoble | |||
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RPBS | Ressource Parisienne en BioInformatique Structurale, Plateforme RPBS | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Paris | ||
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SCIGNE | Scientific Cloud Infrastructure in Grand Est | Plateforme de calcul | Calcul à haut-débit High-Throughput Computing Cloud Computing Calcul parallèle Stockage données massives iRODS Logiciel DIRAC Bioinformatique Physique théorique |
Strasbourg | ||
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SFR Biosciences | UAR 3444,US 8, 851 | |||||
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SFR Santé François Bonamy | Structure Fédérative de Recherche en Santé François Bonamy, UMS 3556 | |||||
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South Green | Plateforme South Green de bioinformatique, SGBP | Plateforme de calcul | Plateforme de bioinformatique | Montpellier | ||
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StrInG | Structure et Instabilité des Génomes, UMR 7196, U 1154 | |||||
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TEFOR Fly Facility | Plateforme d'acquisition | Drosophile Ingénierie génétique Phénotypage |
Clermont-Ferrand | |||
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TEFOR-TACGENE | Plateforme d'acquisition | Paris | ||||
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TRIP | Transgenic Rats Immunophenomic Platform, Transgenèse Rat et Immunophénomique | Plateforme d'acquisition | Nantes | |||
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Transcriptomique et Génomique Appliquée | TAG | Plateforme d'acquisition | Lille | |||
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W4M | Workflow4Metabolomics 3.0 | Outils de gestion des données | Annotation Galaxy Analyse métabolomique Bioinformatique |
Villenave d'Ornon | ||
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WheatIS | Wheat@URGI, | Plateforme d'accès | Analyse de données de séquençage NGS Analyse de séquences |
Versailles |
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Exemple: Cirad : Information