Go@l

  Go@l

Type de service	Plateforme d'acquisition
Statut	En production
Autres noms	GenOmique at Lille
URL	https://ums-plbs.univ-lille.fr/les-plateformes-constitutives/genomique
Contact	genomique-plbs@univ-lille.fr
Localisation	Lille
Structure d'appartenance	PLBS
Tutelles	Université de Lille, Inserm, CHU de Lille, CNRS, Institut Pasteur de Lille

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Collecte

Analyse

Documentation

La plateforme Go@l offre son expertise en étude de faisabilité et en montage de projets d’analyse génomique pour des projets à moyen/haut débit.

Elle comprend deux plateaux spécialisés :

• Le plateau Transcriptomics and Applied Genomics (TAG)
• Le plateau de Génomique Fonctionnelle et Structurale (GFS)

La plateforme développe son expertise sur les approches suivantes :

• Génomique « génomes entiers » : WGS, WES, amplicon-seq, Tn-seq, CGH-arrays.
• Transcriptomique : RNA-seq, sRNA-seq, dRNA-seq, NGS-RACE, qRT-PCR, RNA-seq full-length, micro-arrays, DGE, single-cell.
• Métagénomique : amplicon-seq ciblé 16S-ITS.

De la réalisation des expérimentations à l’accompagnement des équipes, la plateforme apporte son expertise sur le traitement des données générées :

• Assemblage, caractérisation et annotation génomiques, détection et annotation des variants, étude de transmission mendélienne.
• Analyse différentielle d’expression, analyse non supervisée.
• Assignation taxonomique, évaluation diversité (α et β), mesure de dysbiose.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de génomique
• Transcriptomique
• Single cell
• RNA-Seq
• Small RNA-Seq
• Biostatistique
• DGE

Type de données :Données de séquençage, Données génomiques

Communauté d'utilisateurs : Communautés scientifiques académiques et médicales et laboratoires privés dans le domaine de la génomique. Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Médecins

Conditions d'usage : La soumission des projets se fait par l’intermédiaire du portail internet de France Génomique

Conditions tarifaires :

Certification/Label :IBiSA (http://www.ibisa.net/plateformes/)

Conditions générales d'utilisation :

Go@l est en lien avec les services et structures

France Génomique

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
PLBS	Transcriptomique et Génomique Appliquée Bilille Go@l

Centre National de la Recherche Scientifique

Le GIS Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie a pour vocation de structurer et de financer les infrastructures de recherche en sciences de la vie, en mutualisant leurs moyens.