URGI

URGI

Nom développé	Unité Ressources Génomique-Info
Autres noms	URGI, US 1164
URL	https://urgi.versailles.inrae.fr
Tutelles	INRAE
Identifiants
RNSR	200217796P
Identifiant dans un autre catalogue	https://www.ifb-elixir.fr/ifb-elixir-fr/nos-plateformes/urgi/ (IFB), https://www.ibisa.net/plateformes/plateforme-bioinformatique-plantes-plantbioinfopf-117.html (IBiSA), https://www.universite-paris-saclay.fr/laboratoires/unite-de-recherche-genomique-info-urgi (Université Paris Saclay), https://www.france-genomique.org/plateformes-et-equipements/plateforme-bio-informatique-urgi-versailles/ (France Génomique)
Localisation	Versailles

Service

Type de service	Plateforme d'accès
Statut	En production
URL	https://urgi.versailles.inrae.fr
Contact	urgi-contact@inrae.fr
Structure d'appartenance	URGI, IFB, France Génomique, Université Paris-Saclay

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Planification

Collecte

Analyse

Documentation

Réutilisation

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L'URGI (Unité Ressources Génomique-Info) est une unité de service spécialisée en bioinformatique des plantes. Elle intègre les données de génétique, phénomique et génomique, principalement de plantes, et analyse la dynamique des éléments transposables dans les génomes et les pangénomes.

L'URGI est certifiée ISO 9001:2015 et fait partie de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB), le noeud français d'ELIXIR, l'infrastructure européenne de bioinformatique pour les sciences de la vie. C'est également l'une des quatre plateformes qui forme BioinfOmics, l'infrastructure de recherche en bioinformatique de l'INRAE.

L’URGI propose une gamme de services pour l'accompagnement de projets, avec des solutions sur mesure et une expertise reconnue :

• Conseils et ressources pour la gestion et l'intégration de données selon les principes FAIR, pour assurer leur accessibilité, interopérabilité et réutilisation
• Développement de portails fédératifs pour faciliter l'accès et l'exploitation de données mondiales (FAIDARE, WheatIS Data Discovery, RARe Data Discovery)
• Analyse avancée des données génomiques avec des outils spécialisés, comme REPET et panREPET.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Biologie
• Informatique
• Plateforme de bioinformatique
• Plantes

Type de données :Données génétiques, données phénomiques, données génomiques, éléments transposables

Périmètre de communauté : thématique, public, privé, national, international

Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique d'INRAE et ses partenaires

Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, bioinformaticiens

Politiques : Politique de données

Conditions d'usage : L'URGI propose différents services dont le contour et les conditions d'accès sont décrits sur son site web :

• gestion et publication de données FAIR : https://urgi.versailles.inrae.fr/Data-Services/Services-offers
• fédérations de données : https://urgi.versailles.inrae.fr/Data-Services/Services-offers
• annotation d'éléments transposables : https://urgi.versailles.inrae.fr/Annotation/Service

Il est également possible de solliciter l'URGI par email à l’adresse urgi-contact@inrae.fr.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :ISO 9001:2025 (https://urgi.versailles.inrae.fr/Quality)

IBiSA ([https://www.ibisa.net/plateformes/plateforme-bioinformatique-plantes-plantbioinfopf-117.html%0ACNOC_INRAE https://www.ibisa.net/plateformes/plateforme-bioinformatique-plantes-plantbioinfopf-117.html CNOC INRAE])

Conditions générales d'utilisation : https://urgi.versailles.inrae.fr/Platform/General-Terms-of-Use

URGI est en lien avec les services et structures

IFB, ELIXIR, France Génomique, BioinfOmics, INRAE, Université Paris-Saclay, RARe, Phenome-Emphasis France, EMPHASIS

Portée internationale de URGI

WheatIS (https://www.wheatinitiative.org/wheatis)

IWGSC (https://www.wheatinitiative.org/wheatis)

TEHub (https://tehub.org/)

MIAPPE (https://www.miappe.org/)

BrAPI (https://brapi.org/)

AgroServ (https://agroserv.eu/)

PheNet (https://www.phenet.eu/en)

Pro-Wild (https://www.pro-wild.eu/fr/index.html)

Offre de services de URGI

• GnpIS (Entrepôt de données)
• URGI (Plateforme d'accès)
• WheatIS (Plateforme d'accès)

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
France Génomique	GeT LIGAN-PM URGI GenomiqueENS Biomics TGML MGX GenomEast GENOMAX UCA Genomix PSI2BC ICGex
IFB	W4M GenoToul Bioinfo Bilille PACA BioInfo PRABI Lyon-Gerland AuBI CBiB MicroScope RPBS BiGR P3M ABiMS ATGC MBI-DS4H GenOuest BiGEst South Green Orphanet URGI Migale DAC FAIR-Checker PRABI-AMSB CUBIC Hub de Bioinformatique et Biostatistique de l'Institut Pasteur InforBio Madbot
URGI	URGI GnpIS WheatIS
Université Paris-Saclay	Université Paris-Saclay : Données de la recherche URGI MesoUPSaclay DatASaclay Université Paris-Saclay : Entrepôt Saclay Lab-IA Paris-Saclay GitLab

Le GIS Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie a pour vocation de structurer et de financer les infrastructures de recherche en sciences de la vie, en mutualisant leurs moyens.

2015 Systèmes de management de la qualité

Findable, Accessible, Interoperable, Reusable : principes appliqués aux données pour les rendre faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables.

Findable, Accessible, Interoperable, Reusable : principes appliqués aux données pour les rendre faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables.