PlantBioInfoPF
| Type de service | Plateforme de calcul |
|---|---|
| Statut | En production |
| Autres noms | Plant Bioinformatics Facility, Plateforme de bioinformatique des plantes |
| URL | https://urgi.versailles.inra.fr/Platform/ |
| Contact | urgi-contact@inrae.fr |
| Localisation | Versailles |
| Structure d'appartenance | URGI, IFB |
| Tutelles | INRAE |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
A l’international, PlantBioinfoPF offre un service de portail de recherche aux fédérations de systèmes d’information comme WheatIS. En termes d’analyse des génomes, le service d’annotation des gènes et plus particulièrement des éléments transposables, qui s’appuie sur le pipeline REPET, est également ouvert à l’international. L’ensemble de ces activités sont développées par l’Unité de recherche génomique-info (URGI) à laquelle la plateforme est adossée et s’intègrent dans l’offre de l’Institut français de bioinformatique (IFB), nœud français de l’infrastructure européenne ELIXIR.
Expertises et services de la plateforme :
- Mise à disposition de ressources de calcul et de stockage,
- Publication et intégration de données FAIR (findable, accessible, interoperable, reusable),
- Développement et maintenance de portails de recherche pour des fédérations de systèmes d’information,
- Annotation de génomes (éléments répétés et transposables),
- Formation à l'annotation des éléments transposables, à la standardisation de données…
Domaines scientifiques :Vie & Santé
Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes« Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes » n’est pas dans la liste (LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes, LS3 Biologie cellulaire, du développement et régénérative, LS4 Physiologie de la santé, de la maladie et du vieillissement, LS5 Neurosciences et troubles du système nerveux, LS6 Immunité, infection et immunothérapie, LS7 Prévention, diagnostic et traitement des maladies humaines, LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution, LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes, LS1 Molécules de la vie : Mécanismes biologiques, structures et fonctions) des valeurs autorisées pour la propriété « Est sous discipline de Vie & Santé ».; Sciences de la vie appliquées, biotechnologie, et ingénierie moléculaire et des biosystèmes« Sciences de la vie appliquées, biotechnologie, et ingénierie moléculaire et des biosystèmes » n’est pas dans la liste (LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes, LS3 Biologie cellulaire, du développement et régénérative, LS4 Physiologie de la santé, de la maladie et du vieillissement, LS5 Neurosciences et troubles du système nerveux, LS6 Immunité, infection et immunothérapie, LS7 Prévention, diagnostic et traitement des maladies humaines, LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution, LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes, LS1 Molécules de la vie : Mécanismes biologiques, structures et fonctions) des valeurs autorisées pour la propriété « Est sous discipline de Vie & Santé ». Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de bioinformatique
Type de données :
Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique de l'INRAE et ses partenaires Usagers et bénéficiaires :Chercheur
Conditions d'usage : Vous pouvez solliciter PlantBioinfoPF par mail à l’adresse urgi-contact@inrae.fr. Des formulaires sont mis à votre disposition sur le site internet de la plateforme pour formaliser less demandes concernant certains services. Les projets sont précisés avec les utilisateurs et arbitrés lors des réunions mensuelles de la plateforme. Les offres de formation de PlantBioinfoPF sont disponibles sur son site internet et diffusées en parallèle par mail sur liste de diffusion.
Conditions tarifaires :
Certification/Label :INRAE CNOC (https://doi.org/10.15454/1.5572414581735654E12)
GIS IBISA (https://www.ibisa.net/plateformes/index.php?sor=0|D&srch=#resultats)
Conditions générales d'utilisation : https://urgi.versailles.inra.fr/Platform/General-Terms-of-Use/Conditions-Generales-d-Utilisation