ARTbio
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| Type de service | Plateforme de calcul |
| Statut | En production |
| Autres noms | Bioinformatics analyses platform |
| URL | https://www.artbio.fr/ |
| Contact | artbio@listes.upmc.fr |
| Localisation | Paris |
| Structure d'appartenance | IBPS |
| Tutelles | INSERM, CNRS, Sorbonne Université |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
Page en construction
ARTbio s’appuie sur l’outil Galaxy, une plateforme ouverte et collaborative qui intègre un ensemble de logiciels d’analyses de données. Galaxy a été créé pour décrire et reproduire précisément les chaînes de traitements informatiques. Il permet aux chercheurs qui ont peu de connaissances en bioinformatique de les acquérir et de mener ainsi eux-mêmes leurs analyses. Une interface web permet de suivre pas à pas les étapes de l’analyse à réaliser et de tester facilement ses différents paramètres. Une communauté s’est formée autour du projet Galaxy, et ses membres enrichissent en permanence la plateforme des logiciels qu’ils ont développés ou qui ont été rendus publics.
Pour l’équipe de la plateforme, l’objectif est d’amener les chercheurs à réaliser leurs propres analyses, en rendant accessibles les outils dont ils ont besoin, en les aidant à choisir la meilleure stratégie et à identifier les paramètres les plus adaptés à leurs analyses.
Mais ARTbio souhaite être plus qu’une simple plateforme de service et continuer à développer de nouveaux logiciels et à participer à l’enrichissement du système Galaxy. L’équipe d’ARTbio développe ainsi actuellement un logiciel visant à analyser la présence de nouveaux virus à partir des expériences de séquençages d’ARN. Elle développe également un outil de virtualisation, qui permet à tout utilisateur d’exécuter ses propres codes sans quitter l’environnement Galaxy, ainsi que le logiciel "Galaxy-Kick-Start", qui permet de déployer rapidement des serveurs Galaxy personnalisés et adaptés à chaque projet d'analyse
Domaines scientifiques :Vie & Santé
LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de bioinformatique
- Génomique
Type de données :
Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :
Conditions d'usage :
Conditions tarifaires :
Certification/Label :
Conditions générales d'utilisation :
ARTbio est en lien avec les services et structures