PlantBioInfoPF

  PlantBioInfoPF

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Nom développé	Plant Bioinformatics Facility
Autres noms	Plateforme de bioinformatique des plantes
URL	https://urgi.versailles.inra.fr/Platform/
Contact	urgi-contact@inrae.fr
Localisation	Versailles
Structure d'appartenance	URGI, IFB
Tutelles	INRAE

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Stockage

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Les activités de la plateforme de bioinformatique des plantes - PlantBioinfoPF sont étroitement liées aux systèmes d’information et à l’étude de l’impact des éléments transposables sur l’évolution des génomes. La plateforme propose à l'INRAE et ses partenaires un support à la publication de données de génétique et génomique des plantes et pathogènes végétaux, ainsi que l’intégration de ces données au système d’information GnpIS.

A l’international, PlantBioinfoPF offre un service de portail de recherche aux fédérations de systèmes d’information comme WheatIS. En termes d’analyse des génomes, le service d’annotation des gènes et plus particulièrement des éléments transposables, qui s’appuie sur le pipeline REPET, est également ouvert à l’international. L’ensemble de ces activités sont développées par l’Unité de recherche génomique-info (URGI) à laquelle la plateforme est adossée et s’intègrent dans l’offre de l’Institut français de bioinformatique (IFB), nœud français de l’infrastructure européenne ELIXIR.

Expertises et services de la plateforme :

• Mise à disposition de ressources de calcul et de stockage,
• Publication et intégration de données FAIR (findable, accessible, interoperable, reusable),
• Développement et maintenance de portails de recherche pour des fédérations de systèmes d’information,
• Annotation de génomes (éléments répétés et transposables),
• Formation à l'annotation des éléments transposables, à la standardisation de données…

La plateforme de bioinformatique des plantes (PlantBioinfoPF) a un Plan de Gestion des Données (https://doi.org/10.15454/9HM5UI).

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique

Type de données :Données génomiques

Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique de l'INRAE et ses partenaires Usagers et bénéficiaires :Chercheurs

Conditions d'usage : Il est possible de solliciter PlantBioinfoPF par mail à l’adresse urgi-contact@inrae.fr. Des formulaires sont mis à disposition sur le site internet de la plateforme pour formaliser les demandes concernant certains services. Les projets sont précisés avec les utilisateurs et arbitrés lors des réunions mensuelles de la plateforme. Les offres de formation de PlantBioinfoPF sont disponibles sur son site internet et diffusées en parallèle par mail sur liste de diffusion.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :CNOC INRAE (https://urgi.versailles.inrae.fr/Platform)

IBiSA (https://www.ibisa.net/trouver-plateforme/)

ISO 9001:2015 (https://urgi.versailles.inrae.fr/Quality)

Conditions générales d'utilisation : https://urgi.versailles.inra.fr/Platform/General-Terms-of-Use/Conditions-Generales-d-Utilisation

PlantBioInfoPF est en lien avec les services et structures

France Génomique

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
IFB	W4M GenoToul Bioinfo Bilille PACA BioInfo PRABI Lyon-Gerland AuBI CBiB iCONICS MicroScope RPBS BiGR P3M ABiMS ATGC MBI-DS4H GenOuest BiGEst South Green Orphanet PlantBioInfoPF Migale DAC FAIR-Checker PRABI-AMSB CUBIC Hub de Bioinformatique et Biostatistique de l'Institut Pasteur InforBio
URGI	PlantBioInfoPF GnpIS WheatIS

Findable, Accessible, Interoperable, Reusable : principes appliqués aux données pour les rendre faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables.

Le GIS Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie a pour vocation de structurer et de financer les infrastructures de recherche en sciences de la vie, en mutualisant leurs moyens.

2015 Systèmes de management de la qualité