MicroScope
| Type de service | Plateforme de calcul |
|---|---|
| Statut | En production |
| Autres noms | Microbial Genome Annotation & Analysis Platform, MaGe |
| URL | https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/home/index.php |
| Contact | mage@genoscope.cns.fr |
| Localisation | Evry |
| Structure d'appartenance | IFB |
| Tutelles | CEA, CNRS-INSB, Université Paris-Saclay |
| Identifiants | |
| re3data | R31NJMGW |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
Plateforme web d'annotation et d'analyses comparatives de génomes procaryotes développée par l'équipe LABGeM, laboratoire Analyses Bio-informatique pour la Génomique et le Métabolisme du CEA/Genoscope. Cette infrastructure informatique intègre des données (génomes, annotations automatiques et expertes, résultats d'analyses et données expérimentales), et des interfaces graphiques Web permettant d'explorer ces données et d'utiliser les outils méthodologiques régulièrement intégrés à la plateforme.
MicroScope combine des outils et des interfaces graphiques pour analyser les génomes dans un contexte comparatif et métabolique. Cette plateforme fournit des données provenant de milliers de projets sur le génome ainsi que des expériences post-génomiques permettant aux utilisateurs d'améliorer la compréhension des fonctions des gènes. Des annotations d'experts sont continuellement rassemblées dans la base de données MicroScope, ce qui contribue à l'amélioration de la qualité des annotations du génome microbien. MicroScope peut être utilisé comme une ressource communautaire pour l'analyse comparative et l'annotation des génomes accessibles au public, mais aussi comme une ressource privée avec des droits d'accès limités aux données génomiques.
Domaines scientifiques :Vie & Santé
Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes« Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes » n’est pas dans la liste (LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes, LS3 Biologie cellulaire, du développement et régénérative, LS4 Physiologie de la santé, de la maladie et du vieillissement, LS5 Neurosciences et troubles du système nerveux, LS6 Immunité, infection et immunothérapie, LS7 Prévention, diagnostic et traitement des maladies humaines, LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution, LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes, LS1 Molécules de la vie : Mécanismes biologiques, structures et fonctions) des valeurs autorisées pour la propriété « Est sous discipline de Vie & Santé ». Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de bioinformatique
- Génome
- Métagénome
- RNA-seq et évolution
Type de données :
Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :
Conditions d'usage :
Conditions tarifaires :
Certification/Label :ISO 9001:2015 (http://qualite.ibisa.net/certificats/ERQ LABGeM ISO9001 2015 FR.pdf)
IBiSA (https://www.ibisa.net/plateformes/)
NFX 50-900 (http://qualite.ibisa.net/certificats/ERQ LABGeM NFX50-900 2016 FR.pdf)
Conditions générales d'utilisation :
MicroScope est en lien avec les services et structures
Portée internationale de MicroScope
ELIXIR (https://elixir-europe.org/)