« DAC » : différence entre les versions

DAC
Type de service	Plateforme d'accès
Statut	En production
Autres noms	The Data Analysis Core
URL	https://dac.institutducerveau-icm.org/
Contact	dac@icm-institute.org
Localisation	Paris
Structure d'appartenance	ICM
Tutelles	CNRS, AP-HP, INSERM, Sorbonne Université

Version du 10 novembre 2023 à 17:03

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The Data Analysis Core (DAC) fournit à l'Institut du Cerveau de Paris un soutien structurel et une expertise dans le traitement, l'intégration et l'analyse de données de la recherche fondamentale et clinique en neurosciences.

Les activités du Data Analysis Core exploitent les équipements de calcul haute performance gérés par le département IT, dont une plateforme Bio-IT Illumina DRAGEN, des serveurs de base de données, un stockage haute performance, un cluster de 800 cœurs et des serveurs d'application. En collaboration avec les chercheurs, les plateformes et les services de soutien à la recherche de l'institut, le Data Analysis Core facility optimise l'institut pour le cloud computing à haut débit, le stockage, le traitement et le partage des données, afin de permettre à ses chercheurs de répondre à leurs questions.

Elle est organisé en quatre divisions :

La division bioinformatique développe, exécute des pipelines et fournit des interfaces pour traiter et visualiser les données de séquençage de nouvelle génération (NGS), y compris la génomique (panel de gènes, séquençage de l'exome entier et du génome entier), la transcriptomique (analyses de l'ARN-seq en vrac et de l'ARN-seq dans une seule cellule), l'épigénomique (accessibilité de la chromatine ATAC-seq) et la ChIP-seq (liaison des protéines).

La division biostatistique fournit un soutien expert en matière d'analyse statistique pour tout type de données biologiques. Elle fonctionne comme un service d'assistance réactif qui fournit un soutien en matière d'analyse statistique aux chercheurs tout au long de leurs projets de recherche. Elle anticipe et répond aux besoins émergents de l'institut en concevant des méthodes statistiques avancées pour traiter l'analyse intégrée de données multidimensionnelles et multimodales, y compris les données omiques, électrophysiologiques, d'imagerie cellulaire, de neuro-imagerie et cliniques.t des analyses pour les analyses morphologiques et les statistiques descriptives.

La division de gestion des données offre un soutien opérationnel aux chercheurs dans la gestion des exigences croissantes en matière de trouvabilité, d'accès, d'interopérabilité et de réutilisation de leurs données (FAIR) en fournissant des bases de données et des interfaces web sécurisées selon des modèles de données partagés. La division met en œuvre la vision de l'institut qui consiste à maximiser l'impact de sa recherche en exploitant le potentiel transversal de son entrepôt de données. La division joue également un rôle central dans la mise en œuvre de la politique de gestion des données de l'institut, en développant des plans de gestion des données en collaboration avec les responsables juridiques, de la protection des données et de l'intégrité, ainsi qu'avec le bureau de l'innovation.

Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé

PE6 Sciences informatiques et informatique LS5 Neurosciences et troubles du système nerveux Thématique et/ou mots clés :

Plateforme de bioinformatique

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique dans le domaine des neurosciences Usagers et bénéficiaires :Chercheurs et cliniciens

Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

DAC est en lien avec les services et structures

IFB, NeurATRIS

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
ICM	iCONICS DAC
IFB	W4M GenoToul Bioinfo Bilille PACA BioInfo PRABI Lyon-Gerland AuBI CBiB iCONICS MicroScope Pasteur HUB RPBS BiGR P3M ABiMS ATGC MBI-DS4H GenOuest BiGEst South Green Orphanet PlantBioInfoPF Migale VirHostNet ARTbio DAC FAIR-Checker

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 {{Service
 |Description='''The Data Analysis Core (DAC)''' fournit à l'Institut du Cerveau de Paris un soutien structurel et une expertise dans le '''traitement, l'intégration et l'analyse de données''' de la recherche fondamentale et clinique en neurosciences.
+Les activités du Data Analysis Core exploitent les équipements de calcul haute performance gérés par le département IT, dont une plateforme Bio-IT Illumina DRAGEN, des serveurs de base de données, un stockage haute performance, un cluster de 800 cœurs et des serveurs d'application. En collaboration avec les chercheurs, les plateformes et les services de soutien à la recherche de l'institut, le Data Analysis Core facility optimise l'institut pour le cloud computing à haut débit, le stockage, le traitement et le partage des données, afin de permettre à ses chercheurs de répondre à leurs questions.
 Elle est organisé en quatre divisions :
-* La division d''''Analyse omique''' spécialisée dans l’analyse des données de séquençage de nouvelle génération (NGS), y compris la génomique (panel de gènes, séquençage de l’exome entier et du génome entier), la transcriptomique (ARN-seq en vrac, ARN non codant, petit ARN, variants d’épissage), l’ARN-seq unicellulaire, la transcriptomique spatiale, l’épigénétique (méthylation, ATAC-seq, ChIP-seq) et les technologies long-reads (ONT). Des pipelines automatisés sont développés pour la reproductibilité et l’extensibilité et mis en œuvre sur des serveurs spécialisés à haute performance. Des interfaces utilisateur graphiques sont développées pour explorer les données transcriptomiques provenant d’expériences d’ARN-seq en vrac et unicellulaires (QuBy), et les variants identifiés dans le cadre de ses études de recherche (DejaVu).
+* La '''division bioinformatique''' développe, exécute des pipelines et fournit des interfaces pour traiter et visualiser les données de séquençage de nouvelle génération (NGS), y compris la génomique (panel de gènes, séquençage de l'exome entier et du génome entier), la transcriptomique (analyses de l'ARN-seq en vrac et de l'ARN-seq dans une seule cellule), l'épigénomique (accessibilité de la chromatine ATAC-seq) et la ChIP-seq (liaison des protéines).
-* La division d''''Analyse d’images''' aide les chercheurs à analyser les images provenant de toutes les technologies d’imagerie en étroite collaboration avec les plateformes QUANT, CENIR et Histomics, y compris la photonique/électromicroscopie et la neuro-imagerie. La division fournit une assistance dans le cadre de projets de segmentation et de classification basées sur l’IA et développe des outils et des analyses pour les analyses morphologiques et les statistiques descriptives.
+* '''La division biostatistique''' fournit un soutien expert en matière d'analyse statistique pour tout type de données biologiques. Elle fonctionne comme un service d'assistance réactif qui fournit un soutien en matière d'analyse statistique aux chercheurs tout au long de leurs projets de recherche. Elle anticipe et répond aux besoins émergents de l'institut en concevant des méthodes statistiques avancées pour traiter l'analyse intégrée de données multidimensionnelles et multimodales, y compris les données omiques, électrophysiologiques, d'imagerie cellulaire, de neuro-imagerie et cliniques.t des analyses pour les analyses morphologiques et les statistiques descriptives.
-* La division'''Statistiques et méthodologie''' offre un soutien expert en matière d’analyse statistique et fournit un soutien méthodologique pour toute partie d’un projet de recherche, des analyses de puissance à la modélisation statistique, en passant par la visualisation et l’interprétation. La division répond aux besoins actuels et anticipe les développements futurs en développant de nouvelles méthodes statistiques pour traiter l’analyse intégrative des données multidimensionnelles et multimodales collectées et étudiées à l’institut.
-* La division '''Gouvernance des données et science ouverte''' met en œuvre la vision de l’institut qui consiste à maximiser l’impact de sa recherche en fournissant des outils et des conseils aux chercheurs pour exploiter le potentiel de leur collection de données. La division contribue à la mise en œuvre de la politique de gestion des données de l’institut en collaboration avec le comité technique et réglementaire (CART) et aide à la création et à la maintenance des plans de gestion des données des chercheurs. La division développe et fournit un support technique pour les bases de données relationnelles avec des interfaces web sécurisées, soutenues par un modèle de données partagé, qui couvre l’éventail des données collectées et recherchées à l’institut.
+* '''La division de gestion des données''' offre un soutien opérationnel aux chercheurs dans la gestion des exigences croissantes en matière de trouvabilité, d'accès, d'interopérabilité et de réutilisation de leurs données (FAIR) en fournissant des bases de données et des interfaces web sécurisées selon des modèles de données partagés. La division met en œuvre la vision de l'institut qui consiste à maximiser l'impact de sa recherche en exploitant le potentiel transversal de son entrepôt de données. La division joue également un rôle central dans la mise en œuvre de la politique de gestion des données de l'institut, en développant des plans de gestion des données en collaboration avec les responsables juridiques, de la protection des données et de l'intégrité, ainsi qu'avec le bureau de l'innovation.
 |Discipline=Sciences & Technologies, Vie & Santé
 |SousDisciplineSciences&Technologies=PE6 Sciences informatiques et informatique
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 |Thematique=Plateforme de bioinformatique
 |Communaute=Communauté scientifique dans le domaine des neurosciences
+|Beneficiaire=Chercheurs et cliniciens
 |Relation=IFB, NeurATRIS
 |StatutPage=Page en construction
 }}