ARTbio

  ARTbio

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms	Bioinformatics analyses platform
URL	https://www.artbio.fr
Contact	artbio@listes.upmc.fr
Localisation	Paris
Structure d'appartenance	IBPS, IFB
Tutelles	CNRS, Sorbonne Université

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Stockage

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Leaflet

ARTbio est une plateforme de service s’appuyant sur l’outil Galaxy, une plateforme ouverte et collaborative qui intègre un ensemble de logiciels d’analyses de données. Il permet aux chercheurs qui ont peu de connaissances en bioinformatique de les acquérir et de mener ainsi eux-mêmes leurs analyses. L’objectif est d’amener les chercheurs à réaliser leurs propres analyses, en rendant accessibles les outils dont ils ont besoin, en les aidant à choisir la meilleure stratégie et à identifier les paramètres les plus adaptés à leurs analyses.

Cet objectif est abordé à travers 3 axes:

• Services (services d'analyse ou de projets collaboratifs, services web en ligne)
• Enseignement (accompagnement, journées de formation, séminaires, documentation)
• Développement (outils, workflows, environnements d'analyse, stockage, etc)

L’équipe d’ARTbio développe actuellement un logiciel visant à analyser la présence de nouveaux virus à partir des expériences de séquençages d’ARN. Elle développe également un outil de virtualisation, qui permet à tout utilisateur d’exécuter ses propres codes sans quitter l’environnement Galaxy, ainsi que le logiciel "Galaxy-Kick-Start", qui permet de déployer rapidement des serveurs Galaxy personnalisés et adaptés à chaque projet d'analyse.

Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé

PE6 Sciences informatiques et informatique LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique
• Génomique
• Logiciel
• Analyse à grande échelle
• Séquençage

Type de données :Données computationnelles

Communauté d'utilisateurs : Communautés académique et privée Usagers et bénéficiaires :Biologistes, Médécins

Conditions d'usage : Afin de soumettre un projet, il est possible de contacter ARTbio par téléphone, par mail à l’adresse artbio@listes.upmc.fr ou par l’intermédiaire du formulaire de contact disponible sur le site internet de la plateforme.

Un rendez-vous sera organisé pour discuter du projet et vérifier que la plateforme est en mesure de répondre à la demande. Dans ce cas, un contrat sera établi pour présenter le cahier des charges et le plan d’analyse envisagé.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :IBiSA (http://www.ibisa.net/plateformes/)

Conditions générales d'utilisation :

ARTbio est en lien avec les services et structures

Inserm, France Génomique

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
IBPS	ARTbio
IFB	W4M GenoToul Bioinfo Bilille PACA BioInfo PRABI Lyon-Gerland AuBI CBiB iCONICS MicroScope RPBS BiGR P3M ABiMS ATGC MBI-DS4H GenOuest BiGEst South Green Orphanet PlantBioInfoPF Migale ARTbio DAC FAIR-Checker PRABI-AMSB CUBIC Hub de Bioinformatique et Biostatistique de l'Institut Pasteur

Le GIS Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie a pour vocation de structurer et de financer les infrastructures de recherche en sciences de la vie, en mutualisant leurs moyens.