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*Le développement de méthodes et outils originaux pour l’analyse des données moléculaires dans les domaines de l’annotation des génomes et des transcriptomes, de la phylogénie, du génotypage par séquençage,… | *Le développement de méthodes et outils originaux pour l’analyse des données moléculaires dans les domaines de l’annotation des génomes et des transcriptomes, de la phylogénie, du génotypage par séquençage,… | ||
*Le développement de hubs par espèce végétale (Banana genome hub, Coffee genome hub,..)où sont regroupées et rendues interopérables les applications utiles pour l’étude des génomes. | *Le développement de hubs par espèce végétale (Banana genome hub, Coffee genome hub,..) où sont regroupées et rendues interopérables les applications utiles pour l’étude des génomes. | ||
*des formations spécialisées en bioinformatique (analyse des séquences biologiques, Galaxy) et informatique (logiciel R, Perl, Linux) pour les biologistes et les étudiants. | *des formations spécialisées en bioinformatique (analyse des séquences biologiques, Galaxy) et informatique (logiciel R, Perl, Linux) pour les biologistes et les étudiants. | ||
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Dernière version du 19 février 2025 à 12:06
| Type de service | Plateforme de calcul |
|---|---|
| Statut | En production |
| Autres noms | Plateforme South Green de bioinformatique, SGBP |
| URL | https://www.southgreen.fr |
| Contact | admin.bioinfo@cirad.fr |
| Localisation | Montpellier |
| Structure d'appartenance | AGAP, IFB |
| Tutelles | Cirad, IRD, INRAE, Alliance Biodiversity international-CIAT, Institut Agro |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
Leaflet | © OpenStreetMap contributors
La plateforme South Green de bioinformatique est dédiée à la bioinformatique appliquée à la génétique et à la génomique des plantes tropicales et méditerranéennes d'intérêt agronomique. C’est un réseau de bioinformaticiens qui propose des méthodes innovantes et des ressources de calcul et de stockage des données.
La plateforme assure :
- Le développement de méthodes et outils originaux pour l’analyse des données moléculaires dans les domaines de l’annotation des génomes et des transcriptomes, de la phylogénie, du génotypage par séquençage,…
- Le développement de hubs par espèce végétale (Banana genome hub, Coffee genome hub,..) où sont regroupées et rendues interopérables les applications utiles pour l’étude des génomes.
- des formations spécialisées en bioinformatique (analyse des séquences biologiques, Galaxy) et informatique (logiciel R, Perl, Linux) pour les biologistes et les étudiants.
Domaines scientifiques :Vie & Santé
LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de bioinformatique
Type de données :
Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :
Conditions d'usage : Être partenaire d'un projet en lien avec les plantes méditerranéenes et tropicales.
Conditions tarifaires : Accès gratuit à la puissance de calcul, chaque utilisateur bénéficie de 150 Go de stockage gratuit pour son /home, au-delà, tout espace de stockage ouvert pour un projet est facturé. L’espace /work est gratuit mais avec une contention dans le temps.
Certification/Label :ISO 9001 : 2008 (?)
Conditions générales d'utilisation :