South Green

South Green

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms	Plateforme South Green de bioinformatique, SGBP
URL	https://www.southgreen.fr/
Contact	admin.bioinfo@cirad.fr
Localisation	Montpellier
Structure d'appartenance	Agap, IFB
Tutelles	Cirad, IRD, Inrae, SupAgro, Alliance Biodiversity international-CIAT

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Stockage

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La plateforme South Green de bioinformatique est dédiée à la bioinformatique appliquée à la génétique et à la génomique des plantes tropicales et méditerranéennes d'intérêt agronomique. C’est un réseau de bioinformaticiens qui propose des méthodes innovantes et des ressources de calcul et de stockage des données.

La plateforme assure :

• Le développement de méthodes et outils originaux pour l’analyse des données moléculaires dans les domaines de l’annotation des génomes et des transcriptomes, de la phylogénie, du génotypage par séquençage,…
• Le développement de hubs par espèce végétale (Banana genome hub, Coffee genome hub,..)où sont regroupées et rendues interopérables les applications utiles pour l’étude des génomes.
• des formations spécialisées en bioinformatique (analyse des séquences biologiques, Galaxy) et informatique (logiciel R, Perl, Linux) pour les biologistes et les étudiants.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes« Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes » n’est pas dans la liste (LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes, LS3 Biologie cellulaire, du développement et régénérative, LS4 Physiologie de la santé, de la maladie et du vieillissement, LS5 Neurosciences et troubles du système nerveux, LS6 Immunité, infection et immunothérapie, LS7 Prévention, diagnostic et traitement des maladies humaines, LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution, LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes, LS1 Molécules de la vie : Mécanismes biologiques, structures et fonctions) des valeurs autorisées pour la propriété « Est sous discipline de Vie & Santé ». Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage : Être partenaire d'un projet en lien avec les plantes méditerranéenes et tropicales.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
AGAP	South Green
IFB	W4M GenoToul Bioinfo Bilille PACA BioInfo PRABI Lyon-Gerland AuBI CBiB iCONICS MicroScope Pasteur HUB RPBS BiGR P3M ABiMS ATGC MBI-DS4H GenOuest BiGEst South Green Orphanet PlantBioInfoPF Migale VirHostNet ARTbio DAC FAIR-Checker