BiGR
| Type de service | Plateforme de calcul |
|---|---|
| Statut | En production |
| Autres noms | IGR Bioinfo, Plateforme de Bioinformatique de l'institut Gustave Roussy |
| URL | https://www.gustaveroussy.fr/fr/plateforme-de-bioinformatique-activites |
| Contact | pf-bioinfo@gustaveroussy.fr |
| Localisation | Villejuif |
| Structure d'appartenance | IFB |
| Tutelles | Institut Gustave Roussy, CNRS-INSB, Inserm, université Paris-Sud |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
La plateforme BiGR est organisée autour de 3 grands domaines : la gestion des données (structuration des données provenant des robots), le développement d'outils (applications web, bases de données, pipelines) et le soutien aux projets de recherche dans un contexte oncogénomique. Elle dispose d'un ensemble de pipelines conventionnels pour analyser les données WES, WGS, ChIP-Seq, RNA-Seq, TGS, microarray oncoscan/cytoscan.
La plateforme a également pour mission d'accompagner la stratégie de développement de l’institut en lien avec les services existants (Service de Biostatistique et d’Epidémiologie, Plate-forme de Biologie Intégrée) et avec les bioinformaticiens travaillant au sein des équipes de recherche de Gustave Roussy. Elle se développe par ailleurs sur le plan national, en s’inscrivant dans le réseau RéNaBi, via la plateforme APLIBIO, et par le biais de partenariats avec l’université Paris-Sud.
Domaines scientifiques :Vie & Santé
Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes« Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes » n’est pas dans la liste (LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes, LS3 Biologie cellulaire, du développement et régénérative, LS4 Physiologie de la santé, de la maladie et du vieillissement, LS5 Neurosciences et troubles du système nerveux, LS6 Immunité, infection et immunothérapie, LS7 Prévention, diagnostic et traitement des maladies humaines, LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution, LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes, LS1 Molécules de la vie : Mécanismes biologiques, structures et fonctions) des valeurs autorisées pour la propriété « Est sous discipline de Vie & Santé ». Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de bioinformatique
Type de données :
Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :Biologistes, bioinformaticiens pour des besoins ponctuels ou des projets plus conséquents à long terme
Conditions d'usage : Serveur Galaxy : Demande de compte auprès de la plate-forme. Ouvert à toute équipe exterieure à Gustave Roussy sur demande (adresse IP). Cluster de calcul : accessible exclusivement aux bioinformaticiens du site GR.
Conditions tarifaires :
Certification/Label :
Conditions générales d'utilisation :
BiGR est en lien avec les services et structures