« MicroScope » : différence entre les versions
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Version du 11 mai 2023 à 07:16
| Type de service | Plateforme de calcul |
|---|---|
| Statut | En production |
| Autres noms | Microbial Genome Annotation & Analysis Platform, MaGe |
| URL | https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/home/index.php |
| Contact | mage@genoscope.cns.fr |
| Localisation | Evry |
| Structure d'appartenance | Génomique Métabolique, IFB |
| Tutelles | CEA, CNRS, Université Paris-Saclay |
| Identifiants | |
| re3data | R31NJMGW |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
Plateforme web d'annotation et d'analyses comparatives de génomes procaryotes développée par l'équipe LABGeM, laboratoire Analyses Bio-informatique pour la Génomique et le Métabolisme du CEA/Genoscope. Cette infrastructure informatique intègre des données (génomes, annotations automatiques et expertes, résultats d'analyses et données expérimentales), et des interfaces graphiques Web permettant d'explorer ces données et d'utiliser les outils méthodologiques régulièrement intégrés à la plateforme.
MicroScope combine des outils et des interfaces graphiques pour analyser les génomes dans un contexte comparatif et métabolique. Cette plateforme fournit des données provenant de milliers de projets sur le génome ainsi que des expériences post-génomiques permettant aux utilisateurs d'améliorer la compréhension des fonctions des gènes. Des annotations d'experts sont continuellement rassemblées dans la base de données MicroScope, ce qui contribue à l'amélioration de la qualité des annotations du génome microbien. MicroScope peut être utilisé comme une ressource communautaire pour l'analyse comparative et l'annotation des génomes accessibles au public, mais aussi comme une ressource privée avec des droits d'accès limités aux données génomiques.
Domaines scientifiques :Vie & Santé
LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de bioinformatique
- Génome
- Métagénome
- RNA-seq et évolution
Type de données :
Communauté d'utilisateurs : Communauté de la recherche scientifique publique et privée, française, européenne et internationale Usagers et bénéficiaires :Chercheur, enseignant-chercheur
Conditions d'usage : Formulaire de demande d'accès sur le site, il est très recommandé de suivre les sessions de formations proposées
Conditions tarifaires : Accès gratuit pour le monde académique, devis disponible sur demande pour les non académiques
Certification/Label :ISO 9001:2015 (http://qualite.ibisa.net/certificats/ERQ LABGeM ISO9001 2015 FR.pdf)
IBiSA (https://www.ibisa.net/plateformes/)
NFX 50-900 (http://qualite.ibisa.net/certificats/ERQ LABGeM NFX50-900 2016 FR.pdf)
ELIXIR Data Resources (https://elixir-europe.org/services/tag/data-resources?page=2)
Conditions générales d'utilisation : https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/about/microscopecharter.php
MicroScope est en lien avec les services et structures
Portée internationale de MicroScope
ELIXIR (https://elixir-europe.org/)