AuBI

  AuBI

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms	Auvergne BioInformatique
URL	https://mesocentre.uca.fr/projets-associes/plateforme-aubi/plateforme-aubi-70146.kjsp
Contact	support.dsi@uca.fr, aubi@uca.fr
Localisation	Clermont-Ferrand
Structure d'appartenance	IFB
Tutelles	Université Clermont Auvergne, CNRS, INRAE
Identifiant dans un autre catalogue	? (DOI : 10.18145 HAL : 1076817)

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Conservation

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La plateforme Auvergne BioInformatique, AuBI, rassemble les ressources bioinformatiques du site auvergnat, et s'appuie sur les ressources en calcul et en stockage du Mésocentre Clermont-Auvergne pour promouvoir l'accès aux installations informatiques pour l'analyse des données, le stockage, la formation en bio-informatique et l'hébergement de services web pour la recherche. Des compétences importantes sont développées pour soutenir des projets scientifiques dans le domaine de l'analyse de séquences à grande échelle en génomique (assemblage, annotation, analyse de variantes, DNAseq, ...), transcriptomique (RNAseq, ChiPseq, ...) et variations épigénomiques (BSseq), métagénomique, métatranscriptomique, métabolomique, dynamique moléculaire mais aussi statistique et imagerie. Elle est associée à l'Institut Français de Bioinformatique ainsi qu'à la plateforme France Génomique .

Le Mésocentre Clermont Auvergne fournit un accès à des banques de données biologiques publiques. Leurs mises à jours sont gérées par BioMAJ. Les données brutes proviennent de sites distants (NCBI, flybase, ensembl, ...) et sont indexées automatiquement en local pour être utilisées ensuite par les différents outils sur le cluster de calcul HPC2 ou via le serveur web Galaxy.

La liste des banques de données disponibles et les informations afférentes sont accessibles grâce à l'interface Biomaj Watcher.

Deux services web sont proposés par AuBI :

• Galaxy, pour y conduire des analyses de transcriptomique, génomique, métagénomique
• OMERO, pour le stockage d'images et des métadonnées associées

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique
• Biologie fondamentale
• Microbiologie
• Agronomie
• Environnement
• Santé
• Epidémiologie

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

AuBI est en lien avec les services et structures

France Génomique, Mésocentre Clermont Auvergne, CNRS Biologie, CNRS Écologie & Environnement

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
IFB	W4M GenoToul Bioinfo Bilille PACA BioInfo PRABI Lyon-Gerland AuBI CBiB iCONICS MicroScope Pasteur HUB RPBS BiGR P3M ABiMS ATGC MBI-DS4H GenOuest BiGEst South Green Orphanet PlantBioInfoPF Migale ARTbio DAC FAIR-Checker PRABI-AMSB
Université Clermont Auvergne	AuBI G.O.T.O.DO UCA Université Clermont Auvergne : Science ouverte Université Clermont Auvergne : Formations CEBA Cloud Environnemental Mésocentre Clermont-Auvergne Data Université Clermont Auvergne

Centre National de la Recherche Scientifique

Digital Object Identifier

Ensemble structuré d’informations décrivant, expliquant et localisant une ressource physique ou numérique