ATGC

  ATGC

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms
URL	http://www.atgc-montpellier.fr/
Contact	vincent.lefort@lirmm.fr atgc-hts@lirmm.fr
Localisation	Montpellier
Structure d'appartenance	IFB
Tutelles

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Chargement de la carte...

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ATGC, plateforme de bioinformatique de Montpellier a la triple vocation de diffuser les outils bioinformatiques développés au sein de la communauté montpelliéraine, de favoriser les collaborations entre partenaires informaticiens et biologistes, et d’apporter une aide à ces chercheurs en mettant en place des services bioinformatiques en lien direct avec leurs travaux.

Expertise :

• Analyse qualitative du transcriptome par RNA-seq ou Digital Gene Expression (SAGE)
• Assemblage de transcriptome de novo (RNA-seq)
• Correction hybride de reads PacBio (Pacific BioSciences) pour DNA-seq ou RNA-seq
• Analyse génomique : recherche de mutations, insertion délétions, réarrangements
• Mapping de reads génomiques ou transcriptomiques

Domaines scientifiques :Vie & Santé

Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage : Les outils sont accessibles en ligne gratuitement. Ils peuvent être téléchargés et/ou exécutés sur les clusters du LIRMM.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :IBiSA (?)

RENABI (?)

Cancéropôle Grand Sud Ouest (?)

Conditions générales d'utilisation :

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
IFB	W4M GenoToul Bioinfo Bilille PACA BioInfo PRABI Lyon-Gerland AuBI CBiB iCONICS MicroScope RPBS BiGR P3M ABiMS ATGC MBI-DS4H GenOuest BiGEst South Green Orphanet PlantBioInfoPF Migale DAC FAIR-Checker PRABI-AMSB CUBIC Hub de Bioinformatique et Biostatistique de l'Institut Pasteur InforBio
LIRMM	ATGC LoRDEC DORIST AgroPortal IndustryPortal LIRMM GitLab

Le GIS Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie a pour vocation de structurer et de financer les infrastructures de recherche en sciences de la vie, en mutualisant leurs moyens.