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« InforBio » : différence entre les versions

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InforBio (voir la source)

Version du 28 juillet 2025 à 15:15

502 octets enlevés ,  28 juillet
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{{Infobox Service
{{Infobox Service
|Logo=Jd0fTL6e 400x400.jpg
|Logo=Logo InforBio.png
|NomService=ARTbio
|NomService=ARTbio
|TypeService=Plateforme de calcul
|TypeService=Plateforme de calcul
|StatutService=En production
|StatutService=En production
|NomAlternatifRéduit=Bioinformatics analyses platform
|NomDéveloppé=Plateforme de bio-informatique InforBio
|NomAlternatif=Bioinformatics analyses platform
|UrlService=https://www.france-genomique.org/plateformes-et-equipements/plateforme-de-bio-informatique-artbio/, https://www.artbio.fr
|UrlService=https://www.artbio.fr
|ContactMel=inforbio@sorbonne-universite.fr
|ContactMel=artbio@listes.upmc.fr
|Localisation=Paris
|Localisation=Paris
|StructureAppartenance=IBPS, IFB
|StructureAppartenance=IBPS, IFB
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|PhaseCycleVie=Analyse, Documentation, Stockage
|PhaseCycleVie=Analyse, Documentation, Stockage
|International=Non
|International=Non
|NomAlternatif=Bioinformatics analyses platform
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}}
{{Coordonnées GPS
{{Coordonnées GPS
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}}
{{Service
{{Service
|Description='''ARTbio''' est une plateforme de service s’appuyant sur l’outil '''Galaxy''', une plateforme ouverte et collaborative qui intègre un ensemble de '''logiciels d’analyses de données'''. Il permet aux chercheurs qui ont peu de connaissances en bioinformatique de les acquérir et de mener ainsi eux-mêmes leurs analyses. L’objectif est d’amener les chercheurs à réaliser leurs propres analyses, en rendant accessibles les outils dont ils ont besoin, en les aidant à choisir la meilleure stratégie et à identifier les paramètres les plus adaptés à leurs analyses.  
|Description='''InforBio''' est une plateforme pour aider les chercheurs à '''analyser des données biologiques et médicales''' grâce à des outils et des méthodes bioinformatiques de pointe.  


Cet objectif est abordé à travers 3 axes:  
La plateforme repose sur trois piliers :  
* '''Services''' (services d'analyse ou de projets collaboratifs, services web en ligne)  
* '''l'analyse de données''' (services d'analyse, projets collaboratifs)
* '''Enseignement''' (accompagnement, journées de formation, séminaires, documentation)
* '''le transfert de compétences analytiques''' (formation, clinique d'analyse et de données)
* '''Développement''' (outils, workflows, environnements d'analyse, stockage, etc)
* '''le développement d'outils''' (création d'outils, de workflows, d'environnements d'analyse, de solutions de stockage)




L’équipe d’ARTbio développe actuellement un logiciel visant à analyser la présence de nouveaux virus à partir des expériences de séquençages d’ARN. Elle développe également un outil de virtualisation, qui permet à tout utilisateur d’exécuter ses propres codes sans quitter l’environnement Galaxy, ainsi que le logiciel "Galaxy-Kick-Start", qui permet de déployer rapidement des serveurs Galaxy personnalisés et adaptés à chaque projet d'analyse.
InforBio héberge des services de stockage d'une capacité de 1 Po et des services web : les serveurs Mississippi Galaxy, Rstudio, Jupyterhub, Galaxy.
 
 
InforBio développe des outils :
* [https://artbio.github.io/Metavisitor-manual/ Metavisitor] : ensemble d'outils Galaxy pour la détection de virus dans les données de séquençage à grande profondeur
* [https://github.com/ARTbio/GalaxyKickStart GalaxyKlickStart] : playbook Ansible pour le déploiement automatisé des serveurs Galaxy  
* un [https://github.com/ARTbio/tools-artbio/ dépôt] et un [https://toolshed.g2.bx.psu.edu/ toolshed]
|Discipline=Sciences & Technologies, Vie & Santé
|Discipline=Sciences & Technologies, Vie & Santé
|SousDisciplineSciences&Technologies=PE6 Sciences informatiques et informatique
|SousDisciplineSciences&Technologies=PE6 Sciences informatiques et informatique
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|Communaute=Communautés académique et privée
|Communaute=Communautés académique et privée
|Beneficiaire=Biologistes, Médécins
|Beneficiaire=Biologistes, Médécins
|ConditionUsage=Afin de soumettre un projet, il est possible de contacter ARTbio par téléphone, par mail à l’adresse artbio@listes.upmc.fr ou par l’intermédiaire du formulaire de contact disponible sur le site internet de la plateforme.
|ConditionUsage=La plateforme est ouverte à tous les chercheurs et équipes travaillant en biologie ou en médecine.
 
Un rendez-vous sera organisé pour discuter du projet et vérifier que la plateforme est en mesure de répondre à la demande. Dans ce cas, un contrat sera établi pour présenter le cahier des charges et le plan d’analyse envisagé.
|Certification=IBiSA; http://www.ibisa.net/plateformes/
|Certification=IBiSA; http://www.ibisa.net/plateformes/
|Relation=Inserm, France Génomique
|Relation=Inserm, France Génomique
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