MicroScope

MicroScope

Type de service	Entrepôt de données
	Caractéristiques de l'entrepôt Type d’entrepôt Type de restriction Hébergement des données Identifiant pérenne Type d'identifiant fourni Type d'identifiant auteur utilisé Formats de fichiers acceptés Schéma de métadonnées Licence des jeux de données Conditions d'accès aux données Modération / Curation Volumétrie maximale définie Politique de conservation des données Interopérabilité machine Versioning
Statut	En production
Autres noms	Microbial Genome Annotation & Analysis Platform, MaGe
URL	https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/home/index.php
Contact	mage@genoscope.cns.fr
Localisation	Evry
Structure d'appartenance	IFB
Tutelles	CEA, CNRS-INSB, Université Paris-Saclay
Identifiants
re3data	R31NJMGW

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Chargement de la carte...

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La plateforme MicroScope (MaGe) est une infrastructure informatique dédiée à l’annotation et l’analyse comparative de génomes ou méta-génomes de microorganismes.

Plateforme web d'annotation et d'analyses comparatives de génomes procaryotes développée par l'équipe LABGeM, laboratoire Analyses Bio-informatique pour la Génomique et le Métabolisme du CEA/Genoscope. Cette infrastructure informatique intègre des données (génomes, annotations automatiques et expertes, résultats d'analyses et données expérimentales), et des interfaces graphiques Web permettant d'explorer ces données et d'utiliser les outils méthodologiques régulièrement intégrés à la plateforme.

MicroScope combine des outils et des interfaces graphiques pour analyser les génomes dans un contexte comparatif et métabolique. Cette plateforme fournit des données provenant de milliers de projets sur le génome ainsi que des expériences post-génomiques permettant aux utilisateurs d'améliorer la compréhension des fonctions des gènes. Des annotations d'experts sont continuellement rassemblées dans la base de données MicroScope, ce qui contribue à l'amélioration de la qualité des annotations du génome microbien. MicroScope peut être utilisé comme une ressource communautaire pour l'analyse comparative et l'annotation des génomes accessibles au public, mais aussi comme une ressource privée avec des droits d'accès limités aux données génomiques.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique
• Génome
• Métagénome
• RNA-seq et évolution

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :ISO 9001:2015 (http://qualite.ibisa.net/certificats/ERQ LABGeM ISO9001 2015 FR.pdf)

IBiSA (https://www.ibisa.net/plateformes/)

NFX 50-900 (http://qualite.ibisa.net/certificats/ERQ LABGeM NFX50-900 2016 FR.pdf)

ELIXIR Data Resources (https://elixir-europe.org/services/tag/data-resources?page=2)

Conditions générales d'utilisation :

MicroScope est en lien avec les services et structures

France Génomique

Portée internationale de MicroScope

ELIXIR (https://elixir-europe.org/)

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
Génomique Métabolique	MicroScope PPanGGOLiN
IFB	W4M GenoToul Bioinfo Bilille PACA BioInfo PRABI Lyon-Gerland AuBI CBiB iCONICS MicroScope Pasteur HUB RPBS BiGR P3M ABiMS ATGC MBI-DS4H GenOuest BiGEst South Green Orphanet PlantBioInfoPF Migale VirHostNet ARTbio DAC FAIR-Checker

code unique assigné à un objet de façon permanente (DOI, Handle…).

Ensemble structuré d’informations décrivant, expliquant et localisant une ressource physique ou numérique

autorisation par laquelle l'auteur d’une œuvre de l’esprit concède certains des droits que lui offre le droit d'auteur quant à l'utilisation, à la modification, à la rediffusion et à la réutilisation de l'œuvre.

la curation de données consiste à trier, organiser et mettre en forme un ensemble de données, de manière à le rendre exploitable.

capable de communiquer et d’opérer avec d’autres systèmes d’information.

Centre National de la Recherche Scientifique

Système de management intégrant un système de management de la qualité ISO 9001:2015 concernant les exigences pour les plateformes technologiques de recherche en sciences du vivant.