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|Description=La '''plateforme Auvergne BioInformatique''', AuBI, rassemble les ressources bioinformatiques du site auvergnat, et s'appuie sur les ressources en calcul et en stockage du Mésocentre Clermont-Auvergne pour promouvoir '''l'accès aux installations informatiques pour l'analyse des données, le stockage, la formation en bio-informatique et l'hébergement de services web pour la recherche'''. Des compétences importantes sont développées pour soutenir des projets scientifiques dans le domaine de l'analyse de séquences à grande échelle en génomique (assemblage, annotation, analyse de variantes, DNAseq, ...), transcriptomique (RNAseq, ChiPseq, ...) et variations épigénomiques (BSseq), métagénomique, métatranscriptomique, métabolomique, dynamique moléculaire mais aussi statistique et imagerie. Elle est associée à l'[https://www.france-bioinformatique.fr/ Institut Français de Bioinformatique] ainsi qu'à la [https://www.france-genomique.org/ plateforme France Génomique] . | |Description=La '''plateforme Auvergne BioInformatique''', AuBI, rassemble les ressources bioinformatiques du site auvergnat, et s'appuie sur les ressources en calcul et en stockage du Mésocentre Clermont-Auvergne pour promouvoir '''l'accès aux installations informatiques pour l'analyse des données, le stockage, la formation en bio-informatique et l'hébergement de services web pour la recherche'''. Des compétences importantes sont développées pour soutenir des projets scientifiques dans le domaine de l'analyse de séquences à grande échelle en génomique (assemblage, annotation, analyse de variantes, DNAseq, ...), transcriptomique (RNAseq, ChiPseq, ...) et variations épigénomiques (BSseq), métagénomique, métatranscriptomique, métabolomique, dynamique moléculaire mais aussi statistique et imagerie. Elle est associée à l'[https://www.france-bioinformatique.fr/ Institut Français de Bioinformatique] ainsi qu'à la [https://www.france-genomique.org/ plateforme France Génomique] . | ||
Le Mésocentre Clermont Auvergne fournit un accès à des banques de données biologiques publiques. Leurs mises à jours sont gérées par [https://biomaj.genouest.org/ BioMAJ]. Les données brutes proviennent de sites distants (NCBI, flybase, ensembl, ...) et sont indexées automatiquement en local pour être utilisées ensuite par les différents outils sur le cluster de calcul HPC2 ou via le serveur web Galaxy. | Le Mésocentre Clermont-Auvergne fournit un accès à des banques de données biologiques publiques. Leurs mises à jours sont gérées par [https://biomaj.genouest.org/ BioMAJ]. Les données brutes proviennent de sites distants (NCBI, flybase, ensembl, ...) et sont indexées automatiquement en local pour être utilisées ensuite par les différents outils sur le cluster de calcul HPC2 ou via le serveur web Galaxy. | ||
La liste des banques de données disponibles et les informations afférentes sont accessibles grâce à l'interface [https://biodatabanks.mesocentre.uca.fr/app/#/bank/ Biomaj Watcher]. | La liste des banques de données disponibles et les informations afférentes sont accessibles grâce à l'interface [https://biodatabanks.mesocentre.uca.fr/app/#/bank/ Biomaj Watcher]. | ||
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Deux services web sont proposés au sein d'AuBI : | Deux services web sont proposés au sein d'AuBI : | ||
* '''Galaxy''', pour y conduire des analyses de transcriptomique, génomique, métagénomique | * '''Galaxy''', pour y conduire des analyses de transcriptomique, génomique, métagénomique | ||
* '''OMERO''', pour le stockage d'images et des métadonnées associées | * '''[[OMERO]]''', pour le stockage d'images et des métadonnées associées | ||
|Discipline=Vie & Santé | |Discipline=Vie & Santé | ||
|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | |SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | ||
|Thematique=Plateforme de bioinformatique, Biologie fondamentale, Microbiologie, Agronomie, Environnement, Santé, Epidémiologie | |Thematique=Plateforme de bioinformatique, Biologie fondamentale, Microbiologie, Agronomie, Environnement, Santé, Epidémiologie | ||
|Communaute=Unités de recherche de l'Université Clermont Auvergne | |||
|Beneficiaire=Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Doctorants | |||
|ModeleEconomique=Gratuit pour les usagers UCA & associés | |ModeleEconomique=Gratuit pour les usagers UCA & associés | ||
|Relation=France Génomique, Mésocentre Clermont Auvergne, CNRS Biologie, CNRS Écologie & Environnement | |Relation=France Génomique, Mésocentre Clermont-Auvergne, CNRS Biologie, CNRS Écologie & Environnement | ||
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[[Catégorie:Catalogue CNRS Biologie]] | [[Catégorie:Catalogue CNRS Biologie]] | ||
Dernière version du 15 mai 2024 à 09:56
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|---|---|
| Type de service | Plateforme de calcul |
| Statut | En production |
| Autres noms | Auvergne BioInformatique |
| URL | https://mesocentre.uca.fr/projets-associes/plateforme-aubi/plateforme-aubi-70146.kjsp |
| Contact | support.dsi@uca.fr, aubi@uca.fr |
| Localisation | Clermont-Ferrand |
| Structure d'appartenance | IFB, Université Clermont Auvergne |
| Tutelles | Université Clermont Auvergne, CNRS, INRAE |
| Identifiant dans un autre catalogue | https://doi.org/10.18145/AuBI (DOI), https://aurehal.archives-ouvertes.fr/structure/read/id/1076817 (HAL) |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
La plateforme Auvergne BioInformatique, AuBI, rassemble les ressources bioinformatiques du site auvergnat, et s'appuie sur les ressources en calcul et en stockage du Mésocentre Clermont-Auvergne pour promouvoir l'accès aux installations informatiques pour l'analyse des données, le stockage, la formation en bio-informatique et l'hébergement de services web pour la recherche. Des compétences importantes sont développées pour soutenir des projets scientifiques dans le domaine de l'analyse de séquences à grande échelle en génomique (assemblage, annotation, analyse de variantes, DNAseq, ...), transcriptomique (RNAseq, ChiPseq, ...) et variations épigénomiques (BSseq), métagénomique, métatranscriptomique, métabolomique, dynamique moléculaire mais aussi statistique et imagerie. Elle est associée à l'Institut Français de Bioinformatique ainsi qu'à la plateforme France Génomique .
Le Mésocentre Clermont-Auvergne fournit un accès à des banques de données biologiques publiques. Leurs mises à jours sont gérées par BioMAJ. Les données brutes proviennent de sites distants (NCBI, flybase, ensembl, ...) et sont indexées automatiquement en local pour être utilisées ensuite par les différents outils sur le cluster de calcul HPC2 ou via le serveur web Galaxy.
La liste des banques de données disponibles et les informations afférentes sont accessibles grâce à l'interface Biomaj Watcher.
Deux services web sont proposés au sein d'AuBI :
- Galaxy, pour y conduire des analyses de transcriptomique, génomique, métagénomique
- OMERO, pour le stockage d'images et des métadonnées associées
Domaines scientifiques :Vie & Santé
LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de bioinformatique
- Biologie fondamentale
- Microbiologie
- Agronomie
- Environnement
- Santé
- Epidémiologie
Type de données :
Communauté d'utilisateurs : Unités de recherche de l'Université Clermont Auvergne Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Doctorants
Conditions d'usage :
Conditions tarifaires : Gratuit pour les usagers UCA & associés
Certification/Label :
Conditions générales d'utilisation :
AuBI est en lien avec les services et structures
France Génomique, Mésocentre Clermont-Auvergne, CNRS Biologie, CNRS Écologie & Environnement