South Green

  South Green

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Nom développé	Plateforme South Green de bioinformatique
Autres noms	SGBP
URL	https://www.southgreen.fr
Contact	admin.bioinfo@cirad.fr
Localisation	Montpellier
Structure d'appartenance	AGAP, IFB
Tutelles	Cirad, IRD, INRAE, Alliance Biodiversity international-CIAT, Institut Agro

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Stockage

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La plateforme South Green de bioinformatique est dédiée à la bioinformatique appliquée à la génétique et à la génomique des plantes tropicales et méditerranéennes d'intérêt agronomique. C’est un réseau de bioinformaticiens qui propose des méthodes innovantes et des ressources de calcul et de stockage des données.

La plateforme assure :

• Le développement de méthodes et outils originaux pour l’analyse des données moléculaires dans les domaines de l’annotation des génomes et des transcriptomes, de la phylogénie, du génotypage par séquençage,…
• Le développement de hubs par espèce végétale (Banana genome hub, Coffee genome hub,..) où sont regroupées et rendues interopérables les applications utiles pour l’étude des génomes.
• des formations spécialisées en bioinformatique (analyse des séquences biologiques, Galaxy) et informatique (logiciel R, Perl, Linux) pour les biologistes et les étudiants.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage : Être partenaire d'un projet en lien avec les plantes méditerranéenes et tropicales.

Conditions tarifaires : Accès gratuit à la puissance de calcul, chaque utilisateur bénéficie de 150 Go de stockage gratuit pour son /home, au-delà, tout espace de stockage ouvert pour un projet est facturé. L’espace /work est gratuit mais avec une contention dans le temps.

Certification/Label :ISO 9001:2008 (?)

Conditions générales d'utilisation :

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
AGAP	South Green MGX
IFB	W4M GenoToul Bioinfo Bilille PACA BioInfo PRABI Lyon-Gerland AuBI CBiB iCONICS MicroScope RPBS BiGR P3M ABiMS ATGC MBI-DS4H GenOuest BiGEst South Green Orphanet PlantBioInfoPF Migale DAC FAIR-Checker PRABI-AMSB CUBIC Hub de Bioinformatique et Biostatistique de l'Institut Pasteur InforBio

2015 Systèmes de management de la qualité