ATGC

  ATGC

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Nom développé	Plateforme de bio-informatique de Montpellier
Autres noms	ATGC BioInformatique
URL	http://www.atgc-montpellier.fr/
Contact	vincent.lefort@lirmm.fr, atgc-hts@lirmm.fr
Localisation	Montpellier
Structure d'appartenance	IFB, LIRMM
Tutelles	CNRS, IRD

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

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ATGC, plateforme de bioinformatique de Montpellier fournit des services de génomique évolutive, comparative et fonctionnelle. Elle met en avant les développements méthodologiques réalisés par l'équipe Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB) du LIRMM. Ces développements sont diffusés à la communauté scientifique sous forme de services en libre accès sur le site web de la plateforme. La plupart des outils peuvent être utilisés directement en ligne, via une interface web dédiée à partir de laquelle chaque utilisateur peut charger ses propres données. Ces interfaces ont été conçues pour faciliter la présentation des outils, l'analyse et l'interprétation des résultats.

Expertise :

• Analyse qualitative du transcriptome par RNA-seq ou Digital Gene Expression (SAGE)
• Assemblage de transcriptome de novo (RNA-seq)
• Correction hybride de reads PacBio (Pacific BioSciences) pour DNA-seq ou RNA-seq
• Analyse génomique : recherche de mutations, insertion délétions, réarrangements
• Mapping de reads génomiques ou transcriptomiques

Plateforme CNRS Sciences informatiques qui est un site d'implantation de l'Institut Francais de Bioinformatique

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique

Type de données :Données génomiques

Périmètre de communauté : ESR, thématique, public, privé, national, international

Communauté d'utilisateurs : Communautés scientifiques de recherche en biologie publiques et privées

Usagers et bénéficiaires :Chercheurs (public et privé)

Conditions d'usage : Les outils sont accessibles en ligne gratuitement. Ils peuvent être téléchargés et/ou exécutés sur les clusters du LIRMM.

Pour mettre en place un projet, il faut contacter l'équipe à l'adresse suivante : atgc-hts@lirmm.fr.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :IBiSA (http://www.ibisa.net/plateformes/)

Conditions générales d'utilisation :

ATGC est en lien avec les services et structures

France Génomique, CNRS Sciences informatiques

Portée internationale de ATGC

ELIXIR (https://elixir-europe.org/)

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
IFB	W4M GenoToul Bioinfo Bilille PACA BioInfo PRABI Lyon-Gerland AuBI CBiB MicroScope RPBS BiGR P3M ABiMS ATGC MBI-DS4H GenOuest BiGEst South Green Orphanet URGI Migale DAC FAIR-Checker PRABI-AMSB CUBIC Hub de Bioinformatique et Biostatistique de l'Institut Pasteur InforBio Madbot
LIRMM	ATGC LoRDEC DORIST AgroPortal IndustryPortal LIRMM GitLab

Centre National de la Recherche Scientifique

Enseignement Supérieur et Recherche

Le GIS Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie a pour vocation de structurer et de financer les infrastructures de recherche en sciences de la vie, en mutualisant leurs moyens.