ATGC
| Type de service | Plateforme de calcul |
|---|---|
| Statut | En production |
| Autres noms | Plateforme de bio-informatique de Montpellier, ATGC BioInformatique |
| URL | http://www.atgc-montpellier.fr/ |
| Contact | vincent.lefort@lirmm.fr
atgc-hts@lirmm.fr |
| Localisation | Montpellier |
| Structure d'appartenance | IFB |
| Tutelles | |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
ATGC, plateforme de bioinformatique de Montpellier a la triple vocation de diffuser les outils bioinformatiques développés au sein de la communauté montpelliéraine, de favoriser les collaborations entre partenaires informaticiens et biologistes, et d’apporter une aide à ces chercheurs en mettant en place des services bioinformatiques en lien direct avec leurs travaux.
Expertise :
- Analyse qualitative du transcriptome par RNA-seq ou Digital Gene Expression (SAGE)
- Assemblage de transcriptome de novo (RNA-seq)
- Correction hybride de reads PacBio (Pacific BioSciences) pour DNA-seq ou RNA-seq
- Analyse génomique : recherche de mutations, insertion délétions, réarrangements
- Mapping de reads génomiques ou transcriptomiques
Domaines scientifiques :Vie & Santé
Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de bioinformatique
Type de données :
Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :
Conditions d'usage : Les outils sont accessibles en ligne gratuitement. Ils peuvent être téléchargés et/ou exécutés sur les clusters du LIRMM.
Conditions tarifaires :
Certification/Label :IBiSA (?)
RENABI (?)
Cancéropôle Grand Sud Ouest (?)
Conditions générales d'utilisation :