BiGR

  BiGR

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms	IGR Bioinfo, Plateforme de Bioinformatique de l'institut Gustave Roussy
URL	https://www.gustaveroussy.fr/fr/plateforme-de-bioinformatique-activites
Contact	pf-bioinfo@gustaveroussy.fr
Localisation	Villejuif
Structure d'appartenance	IFB
Tutelles	Institut Gustave Roussy, CNRS-INSB, Inserm, université Paris-Sud

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Chargement de la carte...

{"format":"leaflet","minzoom":false,"maxzoom":false,"limit":50,"offset":0,"link":"all","sort":[""],"order":[],"headers":"show","mainlabel":"","intro":"","outro":"","searchlabel":"... autres r\u00e9sultats","default":"\u0026#32;","import-annotation":false,"width":"280px","height":"280px","centre":false,"title":"","label":"","icon":"","lines":[],"polygons":[],"circles":[],"rectangles":[],"copycoords":true,"static":false,"zoom":false,"defzoom":14,"layers":["OpenStreetMap"],"image layers":[],"overlays":[],"resizable":false,"fullscreen":false,"scrollwheelzoom":true,"cluster":true,"clustermaxzoom":20,"clusterzoomonclick":true,"clustermaxradius":20,"clusterspiderfy":true,"geojson":"","clicktarget":"","showtitle":true,"hidenamespace":true,"template":"","userparam":"","activeicon":"","pagelabel":false,"ajaxcoordproperty":"","ajaxquery":"","locations":[{"text":"\u003Cb\u003E\u003Ca href=\"/index.php/BiGR\" title=\"BiGR\"\u003EBiGR\u003C/a\u003E\u003C/b\u003E","title":"BiGR","link":"","lat":48.79356,"lon":2.34895,"icon":""}],"imageLayers":[]}

La plateforme de bioinformatique de Gustave Roussy propose différents services, allant de l’analyse de données de génomique au montage de projets en bioinformatique.

La plateforme BiGR est organisée autour de 3 grands domaines : la gestion des données (structuration des données provenant des robots), le développement d'outils (applications web, bases de données, pipelines) et le soutien aux projets de recherche dans un contexte oncogénomique. Elle dispose d'un ensemble de pipelines conventionnels pour analyser les données WES, WGS, ChIP-Seq, RNA-Seq, TGS, microarray oncoscan/cytoscan.

La plateforme a également pour mission d'accompagner la stratégie de développement de l’institut en lien avec les services existants (Service de Biostatistique et d’Epidémiologie, Plate-forme de Biologie Intégrée) et avec les bioinformaticiens travaillant au sein des équipes de recherche de Gustave Roussy. Elle se développe par ailleurs sur le plan national, en s’inscrivant dans le réseau RéNaBi, via la plateforme APLIBIO, et par le biais de partenariats avec l’université Paris-Sud.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :Biologistes, bioinformaticiens pour des besoins ponctuels ou des projets plus conséquents à long terme

Conditions d'usage : Serveur Galaxy : Demande de compte auprès de la plate-forme. Ouvert à toute équipe exterieure à Gustave Roussy sur demande (adresse IP). Cluster de calcul : accessible exclusivement aux bioinformaticiens du site GR.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

BiGR est en lien avec les services et structures

France Génomique

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
IFB	W4M GenoToul Bioinfo Bilille PACA BioInfo PRABI Lyon-Gerland AuBI CBiB iCONICS MicroScope Pasteur HUB RPBS BiGR P3M ABiMS ATGC MBI-DS4H GenOuest BiGEst South Green Orphanet PlantBioInfoPF Migale ARTbio DAC FAIR-Checker PRABI-AMSB

Centre National de la Recherche Scientifique