ABiMS

  ABiMS

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Nom développé	Analysis and Bioinformatics for Marine Science
Autres noms	Plateforme ABiMS
URL	https://abims.sb-roscoff.fr
Contact	support.abims@sb-roscoff.fr
Localisation	Roscoff
Structure d'appartenance	IFB, SBR, OSU STAMAR
Tutelles	CNRS, Sorbonne Université

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Stockage

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La plateforme ABiMS, Analysis and Bioinformatics for Marine Science, met à disposition une infrastructure dédiée au calcul scientifique: ressources matérielles (calcul et stockage) et environnement de workflows (outils, portail,...) . ABiMS est partie intégrante de la Station Biologique de Roscoffet est rattachée au Service Informatique et Bioinformatique. Elle est intégrée à l’Institut Français de Bio-informatique (IFB) et à l’axe bio-informatique de Biogenouest. Les thématiques abordées par la plateforme concernent l’étude et l’analyse des données issues du monde marin (algues, poissons, cyanobactéries, picoplancton...), et sont en lien direct avec les 2 axes de recherche de la Station Biologique que sont la biologie et l'écologie. ABiMS interagit avec les équipes de recherche dans le cadre de collaborations scientifiques formalisées, ou sous la forme de prestations.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique

Type de données :Données marines

Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique académique et privée Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-chercheurs, Doctorants, Biologistes

Conditions d'usage : Il est possible de faire une demande de collaboration pour un projet à cette adresse : https://abims.sb-roscoff.fr/projects/project-request.

Il est nécessaire de se créer un compte à cette adresse : https://my.sb-roscoff.fr/manager2/register.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :ISO 9001:2015 (https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/paq abims 2025-1.0.pdf)

IBiSA (http://www.ibisa.net/plateformes/)

Conditions générales d'utilisation : https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/ABiMS Term-of-Usage.pdf

ABiMS est en lien avec les services et structures

EMBRC France, France Génomique, Biogenouest

Portée internationale de ABiMS

EMBRC ERIC (http://www.embrc.eu/)

ELIXIR (https://elixir-europe.org/)

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
IFB	W4M GenoToul Bioinfo Bilille PACA BioInfo PRABI Lyon-Gerland AuBI CBiB iCONICS MicroScope RPBS BiGR P3M ABiMS ATGC MBI-DS4H GenOuest BiGEst South Green Orphanet PlantBioInfoPF Migale DAC FAIR-Checker PRABI-AMSB CUBIC Hub de Bioinformatique et Biostatistique de l'Institut Pasteur InforBio
OSU STAMAR	EcoTaxa MICA Plateforme GENOMER ABiMS PBM
SBR	ABiMS SulfAtlas GitLab Station Biologique de Roscoff Plateforme GENOMER

2015 Systèmes de management de la qualité

Le GIS Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie a pour vocation de structurer et de financer les infrastructures de recherche en sciences de la vie, en mutualisant leurs moyens.