MGX

  MGX

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms	Montpellier GenomiX
URL	https://www.mgx.cnrs.fr
Contact	mgx@mgx.cnrs.fr
Localisation	Montpellier
Structure d'appartenance	IGF, France Génomique
Tutelles	Inserm, Université de Montpellier

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Collecte

Analyse

Documentation

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MGX-Montpellier GenomiX propose les services suivants :

• Séquençage haut débit
• Bio-statistiques et bio-informatique

Les applications incluent notamment le séquençage de novo ou le re-séquençage de génomes, l’étude du transcriptome de nombreuses espèces animales, végétales et procaryotes, mais également les techniques d’étude de la structure et de la dynamique chromatinienne (ChIP-seq, 4C, Hi-C…) et des modifications épigénétiques (méthylation de l’ADN). Il développe des approches de génomique sur cellules uniques.

Elle offre également un service complet pour l’analyse des données issues du séquençage nouvelle génération. Elle peut réaliser la contextualisation fonctionnelle des données.

La plateforme développe également des protocoles à façon pour répondre à des besoins spécifiques et participe à la formation de ses utilisateurs, tant pour la construction des banques que pour l’analyse des données.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique
• NGS
• Séquençage
• Transcriptomique
• RNA-Seq
• Single cell RNA-Seq
• small RNA-Seq
• micro-ARN
• Chromatine
• ChIP-Seq
• Epigénétique
• Méthylation de l’ADN
• Génotypage
• Variants
• PCR quantitative
• PCR digitale
• Statistiques

Type de données :Données génomiques, Données de séquençage

Communauté d'utilisateurs : Communautés scientifiques académiques et médicales et laboratoires privés dans le domaine de la génomique. Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Médecins

Conditions d'usage : Après une première prise de contact par téléphone ou par mail à l’adresse mgx@mgx.cnrs.fr, une réunion, en présentiel ou à distance, sera organisée afin que les demandeurs puissent présenter la thématique et les objectifs de votre projet aux personnels de la plateforme. Après validation de la faisabilité technique du projet, une proposition chiffrée sera soumise aux utilisateurs, ainsi qu’une fiche de prestation détaillant les prérequis attendus pour les échantillons. Les expériences seront lancées après réception et vérification des échantillons. Un compte rendu sera remis en fin de projet. Si besoin, la plateforme pourra également déposer les résultats dans des bases de données ad hoc et rédiger la partie Matériels et méthodes en vue d’une publication.

Conditions tarifaires : Après validation de la faisabilité technique du projet, une proposition chiffrée sera soumise aux utilisateurs

Certification/Label :ISO 9001:2015 (https://qualite.ibisa.net/certificats/certificat mgx fr.pdf)

IBiSA (https://www.ibisa.net/trouver-plateforme/)

NFX 50-900:2016 (https://qualite.ibisa.net/certificats/certificat-mgx-nfx.pdf)

Conditions générales d'utilisation :

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
AGAP	South Green MGX
France Génomique	GeT LIGAN-PM GenomiqueENS TGML MGX GenomEast GENOMAX UCA Genomix PSI2BC Biomics ICGex
IGF	MGX
IRMB	PPC MGX
ISEM	MGX

2015

Systèmes de management de la qualité

Le GIS Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie a pour vocation de structurer et de financer les infrastructures de recherche en sciences de la vie, en mutualisant leurs moyens.

Système de management intégrant un système de management de la qualité ISO 9001:2015 concernant les exigences pour les plateformes technologiques de recherche en sciences du vivant