MGX

  MGX

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms	Montpellier GenomiX
URL	https://www.mgx.cnrs.fr
Contact	mgx@mgx.cnrs.fr
Localisation	Montpellier
Structure d'appartenance	IGF, France Génomique
Tutelles	Inserm, Université de Montpellier

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Collecte

Analyse

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MGX-Montpellier GenomiX propose les services suivants :

• Séquençage haut débit
• Bio-statistiques et bio-informatique

Les applications incluent notamment le séquençage de novo ou le re-séquençage de génomes, l’étude du transcriptome de nombreuses espèces animales, végétales et procaryotes, mais également les techniques d’étude de la structure et de la dynamique chromatinienne (ChIP-seq, 4C, Hi-C…) et des modifications épigénétiques (méthylation de l’ADN). Il développe des approches de génomique sur cellules uniques.

Elle offre également un service complet pour l’analyse des données issues du séquençage nouvelle génération : identification de gènes ou transcrits différentiellement exprimés, cytosines différentiellement méthylées, régions enrichies dans les données de ChIP-seq, variants statistiquement significatifs… Elle peut réaliser la contextualisation fonctionnelle des données.

La plateforme développe également des protocoles à façon pour répondre à des besoins spécifiques et participe à la formation de ses utilisateurs, tant pour la construction des banques que pour l’analyse des données

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique
• NGS
• Séquençage
• Transcriptomique
• RNA-Seq
• Single cell RNA-Seq
• small RNA-Seq
• micro-ARN
• Chromatine
• ChIP-Seq
• Epigénétique
• Méthylation de l’ADN
• Génotypage
• Variants
• PCR quantitative
• PCR digitale
• Statistiques

Type de données :Données génomiques, Données de séquençage

Communauté d'utilisateurs : Communautés scientifiques académiques et médicales et laboratoires privés dans le domaine de la génomique. Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Médecins

Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :ISO 9001:2015 (https://qualite.ibisa.net/certificats/certificat mgx fr.pdf)

IBiSA (https://www.ibisa.net/trouver-plateforme/)

NFX 50-900:2016 (https://qualite.ibisa.net/certificats/certificat-mgx-nfx.pdf)

Conditions générales d'utilisation :

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
AGAP	South Green MGX
France Génomique	GeT LIGAN-PM GenomiqueENS TGML MGX GenomEast GENOMAX UCA Genomix PSI2BC Biomics ICGex
IGF	MGX
IRMB	PPC MGX
ISEM	MGX

2015

Systèmes de management de la qualité

Le GIS Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie a pour vocation de structurer et de financer les infrastructures de recherche en sciences de la vie, en mutualisant leurs moyens.

Système de management intégrant un système de management de la qualité ISO 9001:2015 concernant les exigences pour les plateformes technologiques de recherche en sciences du vivant