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S
La plateforme '''Saclay-IA est une plateforme de calcul dédiée à l'intelligence artificielle'''. Elle comprend deux machines complémentaires : Lab-IA et Factory-IA.
La machine Lab-IA est destinée aux laboratoires de recherche du site paris-Saclay afin de permettre de développer de nouvelles architectures et de nouveaux algorithmes d’apprentissage, ainsi que d’évaluer leurs performances sur les architectures matérielles GPU. Cet ensemble de nœuds est contrôlé par des machines de service qui offrent des passerelles sécurisées avec l’extérieur : partages de données entre partenaires d’un projet de recherche, réalisations de tests d’intégration d’algorithmes. Un espace de stockage temporaire d’environ 300 TO est mis à disposition pour permettre le traitement de gros volumes de données (images, vidéos, données de capteurs, etc.).
La machine Lab-IA est hébergée à l’Institut du développement et des ressources en informatique scientifique (IDRIS-CNRS). +
T
La plateforme '''TGML''' propose son expertise pour l'analyse de différents types de projets liés au '''séquençage à haut débit'''. Elle offre une large palette d’outils expérimentaux et bioinformatiques pour l’étude du '''transcriptome et de la génomique fonctionnelle'''. Ses ingénieurs assurent le traitement et l’analyse de puces à ADN, la construction de librairies, le séquençage et les analyses de données (primaires et secondaires).
Les services proposés sont :
* '''Biologie moléculaire'''
# Transcriptomique : RNA-seq sur cellule unique (avec ou sans cell hashing), mRNA-seq en masse (polyA, total) et puces à ADN (DGE, miRNA, CGH)
# Génomique : Re-séquençage ciblé, exome complet, SNV, petits / grands IndDels
# Épigénomique : ChIP-seq, FAIRE-seq / ATAC-seq, MNnase-seq, 3C-seq, 4C-seq
* '''Bioinformatique''' :
# Metaworkflow : Flux de travail de routine pour le traitement des données selon le principe FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) pour la génération de données
# OLOGRAM (OverLap Of Genomic Regions Analysis using Monte Carlo) : réalise des statistiques de chevauchement entre des ensembles de régions génomiques décrites dans des BED ou des GTF
# PyGTFtk (Python GTF tool kit) : un paquetage Python destiné à faciliter la manipulation des fichiers GTF/GFF2.0 (Gene Transfer Format) +
La plateforme '''TITAN''' est un bâtiment de 2158 m². Située sur le site de Sévenans de l’UTBM, elle est dédiée à la '''recherche fondamentale et aux applications technologiques en projection thermique, fabrication additive, élaboration de poudre et caractérisation des matériaux'''.
L’un des volets de la plateforme TITAN dispose de plusieurs plateaux dédiés à la recherche fondamentale et aux applications technologiques :
* '''Impression 3D et 4D'''
* '''Chaîne numérique intégrée'''
* '''Vibrations et impacts'''
* '''Composites actifs'''
* '''Procédés de fabrication innovants'''
* '''Caractérisation Physico-chimique'''
Le but est de conduire, en étroite collaboration, des projets de recherche, innovants et créatifs dont l’objectif final, outre les contributions aux avancées de la recherche fondamentale, est de porter les résultats au plus près des acteurs industriels des secteurs concernés.
Ces actions sont rendues possibles par la '''qualité et la haute technicité des matériels disponibles sur ces plates-formes'''. La plateforme Titan fait partie plus globalement des plateformes technologiques MIFHySTO (avec FEMTO-ST et UTINAM) qui visent à '''développer, améliorer et hybrider des procédés de microfabrication mécanique pour la réalisation de composants ou de détails submillimétriques avec une précision micrométrique'''.
La plateforme est certifiée ISO 9001:2015 continuellement depuis 2009. +
Y
La plateforme '''YALES2''' est un outil ayant pour objectif de '''résoudre la combustion en deux phases''', de l'atomisation primaire à la prédiction des polluants sur des maillages massifs et complexes.
Ce logiciel est capable de traiter efficacement des maillages non structurés de plusieurs milliards d'éléments, permettant ainsi '''la simulation numérique directe de la combustion en laboratoire'''. +
E
La plateforme EDNA est spécialisée dans l'approche metabarcoding pour identifier les communautés microbiennes, animales et végétales en utilisant des échantillons environnementaux (sol, eau, fèces etc.). Habituellement, le metabarcode d'ADN est conçu selon la question scientifique, et cible l'ADN multi-copie (ADN de chloroplaste, ADN mitochondrial, ADN ribosomal nucléaire). La plateforme eDNA peut offrir un support pour :
*la conception des expériences selon la question scientifique, les contraintes techniques et la stratégie pour assurer la qualité des données;
*extraction d'ADN à grande échelle;
*amplification d'ADN à grande échelle;
*la sous-traitance du séquençage avec une entreprise qui fournit un service de haute qualité lors du séquençage d'amplicons;
*l'analyse des séquences brutes jusqu'à la production d'un tableau de cotingence qui sera ultérieurement analysé par l'écologiste;
*la discussion sur l'interprétation scientifique en fonction des pièges potentiels de l'approche metabarcoding. +
H
La plateforme HISTIM est ouverte aux équipes de l’institut Cochin mais aussi aux équipes extérieures, institutionnelles ou privées. Elle propose :
*Un service de prestations techniques d'anatomie et pathologie, animale et humaine. Elle prend en charge vos échantillons à n’importe quelle étape du processus histologique selon votre demande : imprégnation et inclusion des tissus en paraffine, aide à la préparation des tissus congelés, coupe au microtome ou cryostat, coloration standard (HE, HES) ou spécifique (Masson, Pearls, PAS, etc…), immunomarquage avec révélation visible ou fluorescente, simple ou double marquage.
*Un service de formation aux équipements nécessaires à l’histologie : microtome, cryostat, microdissecteur laser, microscope à fluorescence et scanner de lames. Formation aux techniques d’immunomarquage
La plateforme HISTIM est en réseau avec la plateforme « Morphologie et Histologie » du PARCC (responsable: Corinne Lesaffre). Les plateformes ne sont devenues qu'une seule et même plateforme avec 2 pôles. Cette plateforme unique a été labellisée Université ex-Paris Descartes. Ce rapprochement permet une mise en commun des compétences, des expertises et un partage des équipements et des prestations qui deviennent accessibles, au même tarif, à toutes les équipes provenant d'une entité Université Paris Cité.
Depuis 2010, les plateformes de l'Institut Cochin, avec l'aide de Yousra Lottin, Ingénieure qualiticienne, se sont engagées dans une démarche qualité. En 2012, elles ont obtenu leur certification à la norme ISO 9001 : version 2008. Cette certification est renouvelée chaque année après audit et en 2018, les plateformes ont été certifiées norme Iso9001: Version 2015. La plateforme HISTIM a en outre été labellisée IBISA en 2022. +
P
La plateforme Imageries du Vivant de l’Institut Cochin offre un service d’imagerie in vivo du petit animal. Le site de Cochin dispose d’outils d’échographie du petit animal, (utilisant des appareils d’imagerie ultrasonore haute résolution) et d’imagerie de luminescence (fluorescence et/ou bioluminescence corps entier in vivo).
Prestations :
La plateforme prend en charge les différentes phases du projets d'imagerie in vivo : conseil pour le design expérimental, acquisition et analyse des images et fourniture des résultats. Elle dispose d'équipements permettant d’accueillir les animaux pour la durée de l’étude.
La plateforme fait partie de la Plateforme Imageries du Vivant (PIV) de l'Université Paris Cité, qui regroupe au niveau universitaire toutes les modalités d’imagerie pré-clinique (µIRM, µCT, µTEP, iRPE, …) ainsi que quelques modalités de recherche en imagerie clinique. +
M
La plateforme MBI-DS4H (Modelling Bio molecules and their Interactions, Data Science for Health) répond aux besoins en calcul haute performance sur des sujets relatifs à l’exploration, l’analyse et la fouille de données biologiques et biomédicales.
Plateforme de recherche en bioinformatique structurale au Centre de Recherche Inria Nancy Grand-Est et au Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), MBI-DS4H met à disposition des équipes de recherche une infrastructure technique composée de plusieurs serveurs, ainsi que le support technique de deux ingénieurs du SISR.
MBI-DS4H propose également l’hébergement et le partage de ressources sur ses serveurs dans le cadre de projets de recherches collaboratifs.
Plateforme CNRS Sciences informatiques qui est un site d'implantation de l'Institut Francais de Bioinformatique +
La plateforme MouseT’IC de l'Institut Cochin propose son expertise et ses services pour :
*La '''génération de modèles murins génétiquement modifiés''' : génération de souris génétiquement modifiées, outil indispensable pour l’analyse de la fonction de gènes, pour le développement de modèles de pathologies ou pour la production de protéines recombinantes. la plateforme est spécialisée dans la génération de ces modèles pour établir des modèles Knock-In ou Knock-Out, constitutifs ou conditionnels.
*La '''redérivation des lignées (décontamination)''' : La PF MouseT’IC est en charge de toutes les redérivations nécessaires aux nouvelles introductions dans les animaleries centrales de l’Institut Cochin.
*La '''cryoconservation des lignées''' : L’archivage offre de nombreux avantages. La dérive génétique, associée aux mutations aléatoires à chaque génération, est évitée. Il simplifie l’import (par re-dérivation) et l’export (forme congelée) de lignées. Il permet aussi d’éviter les coûts des lignées conservées à l’état respirant bien que non-utilisées. Enfin, c’est une véritable sauvegarde des lignées qui permet une relance rapide de celles-ci en cas de besoin.
La plateforme propose la congélation d’embryons ou de sperme, avec ou sans contrôle qualité, et propose le stockage des échantillons qui reste la propriété stricte des utilisateurs. +
P
La plateforme Proteom'IC propose des '''analyses protéomiques par spectrométrie de masse''' depuis l'extraction des protéines jusqu'aux analyses statistiques des données obtenues ainsi que des analyses fonctionnelles multi-omics.
Elle réalise des analyses pour des équipes de recherche fondamentale mais aussi pour des équipes de recherche biomédicale ou clinique du fait de sa localisation au sein d’une université orientée santé et de sa proximité avec des centres hospitaliers. +
La plateforme Ruche est issue d’un projet porté par les centres de calcul de CentraleSupélec et de l’École Normale Supérieure Paris-Saclay, rejoint par l’Université Paris-Saclay et hébergée sur le site de l’IDRIS du CNRS. La plateforme Fusion/Ruche est articulée autour d’un calculateur HPC dénommé Ruche.
La plateforme Ruche permet les utilisations suivantes :
* Développement de codes parallèles CPU et GPU (MPI, OpenMP, OpenACC, CUDA, Kokkos)
* Test et préparation des codes avant le passage sur un plus gros supercalculateur
* Simulations physiques de taille modérée
* Visualisation (Python, Paraview)
* Validation et intégration continue
* Outil de calcul pour les formations. +
R
La plateforme Référentiels Biblissima est une plateforme collaborative de gestion et publication des données d'autorité de Biblissima. Sa réalisation s’inscrit dans le cadre du programme [[Biblissima+]], l’Observatoire des cultures écrites, de l’argile à l’imprimé.
Ces référentiels d’autorité sont constitués à partir des données collectées et traitées dans le cadre de Biblissima+.
Ils constituent l’épine dorsale du [[portail Biblissima]] et du prototype [https://iiif.biblissima.fr/collections/ IIIF Collections of Manuscripts and Rare Books].
Leur création est le fruit d’un travail d’identification, de désambiguïsation, d’harmonisation et d’alignement d’entités nommées issues d’un large éventail de sources de données (bibliothèques numériques, catalogues et bases de données spécialisées portant sur les manuscrits et imprimés anciens). Cet effort est mené depuis les débuts de Biblissima+ en 2013.
La publication des référentiels d’autorité Biblissima s’inscrit dans une '''démarche d’ouverture et de réutilisation des données'''. Ainsi cette plateforme met à disposition des données d’autorité sous une forme structurée selon les principes du Linked Open Data et accessible par des programmes informatiques grâce à des '''services web''' (ou API Web). +
T
La plateforme Transcriptomique et Génomique Appliquée (TAG) met à la disposition de la communauté scientifique des applications basées sur les technologies de séquençage haut-débit et de microarray:
- DNA-seq (WGS, amplicon seq, Tn-seq),
- RNA-seq (classique RNA-seq, differential RNA-seq),
- Métagénomique ciblée.
Pour cela, la plateforme TAG est équipée d’un séquenceur à haut débit PGM Ion Torrent (Life Technologies) et a accès à des MiSeq et NextSeq (Illumina), d’un système d’isolation et de préparation de librairie au départ de cellule unique (C1 Single Cell Fluidigm) et des solutions intégrées pour travailler les microarrays Agilent Technologies (SureScan) et Illumina (iScan).
De plus, des petits équipements permettent la quantification et qualification des acides nucléiques (BioAnalyzer, Nanodrop, Thermocycleurs, …).
Ces services de production de données peuvent se faire sous la forme d’une collaboration ou d’une prestation.
Dans le cadre de ce service, une équipe pluridisciplinaire (biologiste, bio-informaticien, bio-statisticien) peut intervenir depuis la mise en place du projet jusqu’à l’analyse des données.
Durant toute la durée de vie du projet, la plateforme assure la sauvegarde des données produites. +
X
La plateforme [[PREMISS]] propose une forge logicielle, autour d'un site web dédié, elle regroupe un ensemble de services permettant de développer des projets informatiques de façon collaborative, avec de nombreux outils qui facilitent la gestion de projet et améliorent leur visibilité. La raison d'être de la forge est la '''pérennisation des projets recensés à XLIM''' et au-delà.
Pour chaque projet créé sur la forge, les outils suivants sont disponibles :
*Une page de présentation ;
*Une page d'affichage des statistiques d'activité ;
*Des forums généraux ou thématiques ;
*Un gestionnaire de bogues ;
*Une feuille de route et des listes de tâches ;
*Des listes de diffusion ;
*Des documents attachés (texte, multimédia ...) ;
*Des sondages sur les orientations du projet ;
*Des annonces de diffusion ;
*Un gestionnaire de code source (git, mercurial ou svn) ;
*Une page de téléchargement (binaires, etc) ;
*Un gestionnaire de documentation collaboratif de type Wiki (Mediawiki).
L'accès à chacun de ces outils est fonction des droits accordés par l'administrateur du projet. La gestion est à la fois fine et rigoureuse et permet de gérer de façon stricte la confidentialité des informations et leur diffusion selon le statut et la maturité du projet.
La plateforme PREMISS propose parallèlement d'apporter son assistance à l'utilisation de la forge, au portage du code sur différentes plateformes et à la création ou l'amélioration des interfaces homme-machine. +
G
La plateforme [https://guides.data.gouv.fr/ '''guides.data.gouv.fr'''] propose une série de '''ressources pratiques, pédagogiques et contributives''' pour accompagner la réalisation de '''projets relatifs aux données''', '''algorithmes''' et '''codes sources'''. Ces guides, édités par Etalab, couvrent des thématiques juridiques, techniques ou encore organisationnelles et sont présentés selon trois points d'entrée :
*L'ouverture et la circulation des données
*La transparence des algorithmes publics
*L'ouverture des codes sources de logiciels +
La plateforme bioinformatique GenoToul met à disposition des ressources (calcul haute performance, stockage, banques de données, logiciels) et des compétences pour accompagner les programmes de biologie et de bioinformatique aux plans régional, national et international.
*Calcul (cluster de 5000 coeurs)
*Stockage de données en vue de leur valorisation
*Accès aux principales banques de données internationales indexées
*Accès à un catalogue de plus de 200 logiciels bioinformatiques
*Hébergement de site web / Machine virtuelle
*Formation
*Expertise
*Traitement de données +
C
La plateforme d'archivage du CINES a vocation à '''archiver les données''' et les documents numériques produits par la communauté française de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Elle propose des solutions d''''archivage numérique payantes''', sur le moyen et le long terme, et offre à ses utilisateurs une '''expertise''' dans les domaines informatique et archivistique. La '''sécurité''' et l''''intégrité des données''' sont garanties par un ensemble de procédures telles que l'attribution de '''métadonnées''', le choix de '''formats de fichiers pérennes''', la réplication des données et un environnement informatique protégé. +
B
La plateforme de bioinformatique conseille, propose et développe des services en bioinformatique à destination des équipes de recherches. Ses domaines couvrent plus particulièrement l’analyse de données de séquençage haut débit.
'''Missions:'''
* Analyse de données biologiques
* Mise en place des ressources de calcul en bioinformatique
* Formation à destination de biologistes ou bioinformaticiens (Accès aux formations).
'''Expertises'''
'''Analyse de données de séquençage haut débit'''
La plateforme possède des compétences en analyses de données NGS, plus particulièrement Illumina et Nanopore. Elles couvrent différentes thématiques, entre autres :
* l’assemblage de génomes
* la détection de variants
* l’étude du transcriptome (RNA-seq et smallRNA-seq)
* la métagénomique 16S
* les interactions protéines/adn-arn (ChIP-seq, ….)
* la méthylation
La plateforme travaille en synergie avec la plateforme AEG pour une prise globale des projets de la définition du plan expérimental à l’exploitation des résultats. +
La plateforme de bioinformatique de Gustave Roussy propose différents services, allant de l’analyse de données de génomique au montage de projets en bioinformatique.
La plateforme BiGR est organisée autour de 3 grands domaines : la gestion des données (structuration des données provenant des robots), le développement d'outils (applications web, bases de données, pipelines) et le soutien aux projets de recherche dans un contexte oncogénomique. Elle dispose d'un ensemble de pipelines conventionnels pour analyser les données WES, WGS, ChIP-Seq, RNA-Seq, TGS, microarray oncoscan/cytoscan.
La plateforme a également pour mission d'accompagner la stratégie de développement de l’institut en lien avec les services existants (Service de Biostatistique et d’Epidémiologie, Plate-forme de Biologie Intégrée) et avec les bioinformaticiens travaillant au sein des équipes de recherche de Gustave Roussy. Elle se développe par ailleurs sur le plan national, en s’inscrivant dans le réseau RéNaBi, via la plateforme APLIBIO, et par le biais de partenariats avec l’université Paris-Sud. +
P
La plateforme de calcul A2S est dédiée à l’exploitation de '''séries temporelles d’images''' issues de '''la constellation Sentinel''' dédiée à '''l’observation de la Terre''' (imagerie satellitaire optique et radar : Sentinel 1 et Sentinel 2). L’objectif est de détecter '''des changements de classes d'occupation du sol et de surfaces en eau'''.
Les ressources de la plateforme A2S associent :
*des capacités de calcul et de stockage insérées au [[Pôle HPC Unistra|Mésocentre de l’Université de Strasbourg]] ;
*des logiciels dédiés (modules de gestion des processus de traitement parallélisés, modules d’ingestion et de mise en forme des données, modules thématiques spécialisés dans l’extraction d’information à partir de séries temporelles d’images) ;
*des ingénieurs spécialisés (calcul massif, conception logicielle) et l’expertise des chercheurs des laboratoires ([http://icube.unistra.fr/ ICube], [https://eost.unistra.fr/recherche/ipgs/ IPGS], [https://live.unistra.fr/ LIVE]).
La plateforme A2S permet le traitement en temps court de '''séries temporelles massives de données image''' en mode continu (flux) comme en mode traitement d’archives sur de grandes surfaces d’intérêt couvrant au minimum un territoire national.
La mise en place des '''chaines de traitement en temps réel''' permet de répondre aux 4 axes du projet A²S (Alsace Aval Sentinelle):
*Axe Urbanisation : inventaire cartographique systématique des surfaces artificialisées et des formes urbaines ;
*Axe Déformation / Mouvement du sol ;
*Axe Surfaces en eau : caractérisation des ressources en eau ;
*Axe Détection de changements : inventaire cartographique systématique des changements.
Les applications attendues concernent le suivi des '''glissements de terrains''', d’'''affaissement minier''', d’'''exploitation géothermique''', l’'''artificialisation des sols''', la '''gestion de l’eau''' et du '''risque d’inondations'''.
Le développement de la plateforme se poursuit autour de deux axes :
* la construction et opération de nouveaux produits (données, modèles, processus, services) avec d’autres partenaires ;
* l’intégration comme infrastructure associée aux pôles de données et services de l’IR [[Système Terre]] sur les thématiques qui relèvent des surfaces continentales et de la Terre solide.