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P
La '''plateforme Universitaire de Données Grenoble Alpes (PUD-GA)''' est une plateforme de soutien aux '''recherches quantitatives en sciences humaines et sociales'''. Elle vise à favoriser l’utilisation des grandes enquêtes, base de données, indicateurs et autres données traitées de manière quantitative en sciences humaines et sociales par les chercheurs, enseignants-chercheurs, doctorants et étudiants.
C'est une composante de l'IR* '''[[PROGEDO]]''', dédiée à la production et à la gestion des données en SHS. Soutenue par l’Université de Grenoble Alpes, elle est intégrée à la Maison des Sciences de l’Homme Alpes.
La '''PUD-GA''' propose un appui méthodologique à multiples facettes :
* '''Aide à la conception de plans de gestion de données ou Data Management Plan (DMP)'''
* Conseils pour la '''mise en conformité RGPD des projets de recherche'''
* '''Formations aux méthodes et outils de collecte, traitement et analyse de données'''
* Accompagnement pour accéder aux statistiques et données d’enquêtes publiques adaptées au contexte particulier des travaux
* '''Solutions pour la sauvegarde et le stockage des données'''
* Accès à la [https://intragere.univ-grenoble-alpes.fr/Tadddam/ plateforme de retranscription Tadddam] pour les chercheurs de l'UGA +
V
La '''plateforme VISIO''' est spécialisée dans la '''caractérisation des matériaux''' sous atmosphère contrôlé à l’aide de techniques '''spectroscopiques''' (IR, Raman, UV) dans l’objectif de comprendre à l'échelle moléculaire comment ils fonctionnent (domaines : catalyse, dépollution de l’air et énergie).
Elle dispose d’outils avancés pour évaluer les propriétés superficielles des matériaux (acidité, basicité, redox, composition atomique, dispersion métallique, confinement, ...) via l’adsorption contrôlée de molécules sondes (mode in situ) et pour étudier les matériaux en fonctionnement dans des conditions proches du procédé réel. Le but est d’atteindre les mécanismes réactionnels mis en jeu via une meilleure connaissance des sites actifs, des espèces intermédiaires et spectatrices (mode operando). Le développement de ses propres outils d’analyse adaptés est une activité importante de la plateforme. La commercialisation de certains outils est réalisée sous le label VISIO-TECHNICS.
Elle est '''labellisée''' par l'[https://www.inc.cnrs.fr/fr/plateformes-labellisees Institut national de chimie (CNRS Chimie)]. +
M
La '''plateforme bioinformatique Migale''' est une équipe de l'unité de recherche INRAE MaIAGE (Mathématiques appliquées et informatique, du génome à l'environnement).
Depuis 2003, elle fournit quatre types de services à la communauté des sciences de la vie :
* Une '''infrastructure ouverte dédiée à l'analyse des données des sciences de la vie''' (750 To, 2000 CPU équivalents)
* La diffusion de l'expertise en bio-informatique (session annuelle de formation "Bio-informatique par la pratique")
* La conception et le '''développement d'applications bioinformatiques''' (navigateur de génome, bases de données)
* L''''analyse de données en génomique, métagénomique et métatranscriptomique'''. +
I
La '''plateforme d'imagerie biomédicale IBIO''' a pour mission de mettre à la disposition de la communauté scientifique, académique et industrielle les équipements, récents, en imagerie biomédicale dans le domaine de l’'''IRM pré-clinique et clinique et de la Tomographie par Émission de Positons'''.
Elle s'appuie et travaille en étroite collaboration avec les unités et équipes de recherche du site. Grâce à cette interaction forte, les utilisateurs de la plateforme bénéficient de l'expertise et des dernières avancées technologiques et méthodologiques misent en place par les équipes de recherche. La formation des utilisateurs à l'utilisation des équipements et aussi à la découverte des nouvelles technologies est également réalisée par la plateforme. +
P
La '''plateforme d'imagerie du CRBS "PIC-STRA"''' a pour but de soutenir les équipes de recherche académiques et privées dans leurs projets en imagerie.
Elle '''met à disposition de ses utilisateurs plusieurs systèmes d’imagerie''' (stéréomicroscope, champ large, confocal) permettant l’observation multi-échelle, du petit animal entier aux détails subcellulaires. Elle fournit différentes solutions pour l’observation d’échantillons fixés et vivants (vidéomicroscopie) et est équipée pour '''le traitement et l’analyse d’images''' (IMARIS, Fiji/ImageJ, ICY, iLastik).
'''Expertises principales en imagerie'''
* stéréomicroscopie, macroscopie
* microscopie à champ large, lumière transmise et fluorescence
* microscopie confocale à balayage par point mono et multi-photonique
* microscopie confocale rapide à disque rotatif (spinning-disk)
* F-techniques (FRAP, FRET, FLIM)
'''Ressources logicielles / bases de données'''
* Logiciel Imaris de Bitplane
* Freewares conventionnels (ImageJ/FIji, ICY, Cell profiler)
* Freewares/librairies basés sur le machine/deep learning (Cellpose, Stardist, Yolo, QuPath, Ilastik) +
L
La '''plateforme de Résonance Paramagnétique Électronique''' ('''RPE''') du '''LASIRe''', '''Laboratoire Avancé de Spectroscopie pour les Intéractions la Réactivité et l'Environnement''', est composée :
* Spectromètre RPE bande X en mode continu
* Spectromètre RPE bande X bande Q, multifréquences, modes impulsionnel et continu
* Spectromètre RPE bande X en mode continu/impulsionnel.
Le LASIRe propose les expertises et les services suivants :
* Caractérisation structurale et dynamique de matériaux par RPE en bandes X et Q en ondes continue et impulsionnelle et imagerie ;
* Technique in operando pour la catalyse et le stockage de l’énergie ;
* Domaines d'expertises : catalyse, stockage de l’énergie, biologie, chimie des matériaux, chimie moléculaire, biologie structurale, géochimie, cosmochimie, matériaux du patrimoine, architectures bioinspirées, QuBits.
La plateforme de RPE du LASIRe fait partie de l’infrastructure de recherche Infranalytics. +
Z
La '''plateforme de Zootechnie de l’Université de Bourgogne Europe''' a pour mission d’assurer l’hébergement et l’élevage d’animaux d’expériences, l’accueil d’expérimentations animales et le partenariat avec des établissements extérieurs.
Elle est agréée pour accueillir des rats, des lagomorphes, des souris, des cobayes et des gerbilles. Elle met également tous les ans en place des formations pour la formation continue des personnels ayant une habilitation à l'expérimentation animale.
La plateforme a reçu les agréments suivants :
* [https://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/fr/comite-national-de-reflexion-ethique-sur-l-experimentation-animale-cnreea-51275 Agrément de la Direction Départementale de la Protection des Populations]
* [https://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/fr/comite-national-de-reflexion-ethique-sur-l-experimentation-animale-cnreea-51275 Agrément du MESR pour le Comité d’éthique] +
F
La '''plateforme de l'unité LE BEL''' se spécialise dans la '''caractérisation des matériaux''' à l'aide de diverses techniques. Elle utilise la résonance magnétique nucléaire (RMN), la spectrométrie de masse, la radiocristallographie, ainsi que des mesures physiques et optiques. De plus, elle offre des analyses de la mécanique des matériaux et également des supports informatiques.<br>
L’unité met à disposition une '''plateforme d’analyse''' pour la chimie de haut niveau. Regroupés au sein de la plateforme d’analyse pour la chimie '''ANASTRALYSE''' (labélisée CORTECS), 16 ingénieurs et techniciens animent les services en lien avec les nombreuses techniques de caractérisation proposées (RMN, DRX, spectrométrie de masse, microanalyse, spectroscopies optiques). Cette plateforme est ouverte à tous les partenaires académiques et industriels dans les domaines de la chimie, de la biochimie, de la pharmacie et des matériaux.<br>
Elle est '''labellisée''' par l'[https://www.inc.cnrs.fr/fr/plateformes-labellisees Institut national de chimie (CNRS Chimie)]. +
I
La '''plateforme de l’Institut de chimie de Toulouse''' possède des équipements spécialisé dans la '''caractérisation''' et la '''purification''' des '''composés polymères'''. Elle se spécialise dans l’hétérochimie, l’étude des métaux, les nano-objets, et la catalyse énergétique. En outre, elle contribue à la chimie pour le vivant et à la chimie supramoléculaire.<br>
Elle est '''labellisée''' par l'[https://www.inc.cnrs.fr/fr/plateformes-labellisees Institut national de chimie (CNRS Chimie)]. +
L
La '''plateforme de micro et nano technologies du LAAS-CNRS''' est une des 5 plateformes nationales du réseau [[RENATECH]]. Dans le cadre de celui-ci, elle fait également partie du '''PEPR d’accélération pour l’électronique''' au côté des plateformes IEMN, Femto-ST, LTM et C2N.
Elle offre un accès à ses 200 équipements qui permettent l’'''élaboration, la mise en forme, le traitement de matériaux pour le prototypage de micro et nano composants''' dans des domaines technologiques très variés. +
P
La '''plateforme de microscopie électronique''' est spécialisée dans l’'''analyse ultrastructurale des molécules biologiques, des cellules et des tissus, depuis la recherche fondamentale à la recherche appliquée'''. Les domaines d’expertise couvrent la description et la caractérisation des tissus normaux et pathologiques, et l’identification et la localisation de protéines. Less techniques sont complémentaires de la microscopie optique traditionnelle et permettent un pouvoir séparateur de l’ordre du nanomètre.
Ce qui est particulièrement important en microscopie électronique, les membres de la plateforme réalisent d'office l'aide à l'analyse, à l'interprétation et à la présentation des résultats et des images. +
F
La '''plateforme de microscopie électronique''' (MET), rattachée à la Fédération de chimie et matériaux de Paris-Centre, se spécialise dans la préparation, l'analyse et l'interprétation de '''nanomatériaux'''. Elle travaille sur divers types de matériaux, y compris les métaux, les oxydes, les polymères et les matériaux hybrides organiques ou inorganiques.<br>
Elle est [https://www.inc.cnrs.fr/fr/plateformes-labellisees labellisée par l'Institut national de chimie] (CNRS Chimie). +
N
La '''plateforme de neuroimagerie fonctionnelle et neuromodulation''' s’inscrit dans un partenariat entre le CHU de Besançon et l'université Marie et Louis Pasteur. Elle a pour but d'accueillir les projets qui incluent une exploration non invasive du fonctionnement du cerveau humain.
Les services et technologies proposés sont répartis en 4 axes :
* '''Neuroimagerie EEG et EEG haute résolution'''
* '''IRM cérébrale multimodale et NIRS'''
* '''Neuromodulation tDCS et rTMS'''
* '''Mesures physiologiques''' (réponse électrodermale, oculométrie, ECG…)
La plateforme est ouverte à tous chercheurs académiques ainsi qu'aux entreprises du secteur privé. Les ingénieurs et techniciens de la plateforme accompagnent les projets depuis la mise en place du protocole jusqu'à la production d'articles scientifiques.
La plateforme est engagée dans une '''démarche s'appuyant sur le référentiel ISO 9001'''. +
G
La '''plateforme de services génomiques Gentyane''', '''Génotypage et Séquençage à Haut Débit''', assure une mission de R&D et de service pour la communauté scientifique et des partenaires socio-économiques d’une large gamme d’application de '''génotypage sur puce à haut débit''', et de '''séquençage Longs Fragments à haut débit'''.
La plate-forme GENTYANE est rattachée à INRAE (Centre de Auvergne Rhône Alpes) et plus particulièrement au Département Biologie et Amélioration des Plantes (BAP). Gentyane a été labélisée Infrastructure Scientifique Collective INRAE en 2019. En 2020, associée aux plateformes GeT de Toulouse, PGTB de Bordeaux et EPGV d'Evry, nous constituons l'Infrastructure Genomics INRAE. Gentyane est labellisée IBISA depuis 2009 et membre du noyau central du PIA France Génomique en 2020. La plateforme est certifiée ISO 9001: 2015 depuis 2012 et NF-X 50 900 depuis 2014. Elle est intégrée à l’UMR INRAE-Université Clermont Auvergne(UCA) 1095 « Génétique, Diversité et Écophysiologie des Céréales (GDEC) » et membre du réseau de plateforme UCA Partner. Elle a été créée à partir de financements obtenus de la DSPPV INRA, du Conseil Régional Auvergne Rhône Alpes, du GIS IBISA et de fonds Européens FEDER.
Elle a pour objectifs scientifiques :
#d’appuyer les recherches conduites dans les différentes équipes de l’UMR GDEC;
#de réaliser des prestations de génotypage et séquençage pour le compte d’autres équipes INRAE ou d’autres organismes publics et privés;
#d’assurer une veille technologique permettant de mettre en place de nouveaux outils répondant mieux, plus rapidement et à un coût moindre aux attentes des utilisateurs.
Si la plate-forme n’a pas d’activité de recherche propre, hormis pour des développements technologiques, elle s’implique de façon active aux programmes auxquels elle contribue en agissant en tant qu’interlocuteur principal pour les choix des marqueurs et des techniques les mieux adaptés aux finalités des projets.
L'équipe est composée d'ingénieurs et de techniciens, experts en génotypage et séquençage. Nous disposons d'un bâtiment récent (2006) disposant de toutes les sécurités, électrique, incendie et contrôle d'accès.
A
La '''plateforme des données de la recherche AGORHA''' donne un accès unifié aux '''bases de données''' produites par l’'''INHA et ses partenaires'''. Ces données sont issues de programmes de recherche scientifique en '''histoire de l’art et archéologie'''. La plateforme se développe continuellement, témoignant de la diversité des problématiques de ces disciplines.
Les données produites sont organisées dans des '''notices''' décrivant des œuvres, des personnes et organismes, des '''références bibliographiques et d’archives''', des '''collections''' et des '''événements'''. Ces notices sont enrichies collaborativement. L’éditorialisation (articles scientifiques, parcours thématiques, visualisations de données…) facilite la navigation pour tous les publics, amateurs ou spécialistes.
Le périmètre des données exposées dans AGORHA suit les contours des programmes de recherche mis en œuvre par l’INHA et ses partenaires. La vocation d’AGORHA n’est pas d’atteindre l’exhaustivité des connaissances en histoire de l’art et archéologie mais d’être une plateforme de données de référence conforme aux standards numériques d’ouverture et de partage de la science. +
P
La '''plateforme drones et télédétection''' décline son activité en deux étapes :
* '''Acquisition de données''' qui consiste à préparer et à réaliser la mission de terrain afin d’acquérir les données en suivant un protocole défini.
* '''Traitement et analyse des données''' au laboratoire qui consiste à '''produire principalement une orthomosaïque et un modèle numérique de surface''' (MNS) à partir des photos acquises sur le terrain. Les logiciels utilisés sont ceux fournis avec le drone pour la préparation et la réalisation de la mission, Photoscan est ensuite utilisé, par défaut, pour la partie traitement des données.
Actuellement, seul un protocole d’acquisition et de traitement de données est proposé par la plateforme pour produire un MNS sur des plages de sables avec une précision de 10 cm. Sur ce modèle, d’autres protocoles et méthodologies pourront être développés pour suivre d’autres phénomènes sur d’autres types de substrats.
La plateforme est actuellement équipée de '''plusieurs drones aériens''' (eBee X RTK, eBee, Matrice 300 RTK, un Mavic 3 T et deux Mavic pro) et d''''un drone marin appelé [https://pameli.recherche.univ-lr.fr/equipe/linstrumentation-embarquee/ PAMELI]''' (Plateforme Autonome Multicapteurs pour l'Exploration du LIttoral). +
D
La '''plateforme d’informatique biomédicale Data Analysis Core (DAC)''' fournit à l'Institut du Cerveau de Paris un soutien structurel et donne accès à des solutions logicielles et à une expertise méthodologique pour une variété de processus de gestion et d'analyse de données biomédicales. Cela comprend la '''définition et la mise en œuvre de bonnes pratiques dans les processus de curation, de normalisation, d'annotation et de structuration des données spécifiques au domaine'''. L'objectif est d'atteindre des normes de qualité élevées en matière de cohérence, de fiabilité, de valeur et d'interopérabilité des données.
Les activités du Data Analysis Core exploitent les '''équipements de calcul haute performance''' gérés par le département IT, dont une plateforme Bio-IT Illumina DRAGEN, des serveurs de base de données, un stockage haute performance, un cluster de 800 cœurs et des serveurs d'application.
Elle est organisée en quatre divisions :
* La '''division Bioinformatique''' développe, exécute des pipelines et fournit des interfaces pour traiter et visualiser les données de séquençage de nouvelle génération (NGS), y compris la génomique (panel de gènes, séquençage de l'exome entier et du génome entier), la transcriptomique (analyses de l'ARN-seq en vrac et de l'ARN-seq dans une seule cellule), l'épigénomique (accessibilité de la chromatine ATAC-seq) et la ChIP-seq (liaison des protéines).
* '''La division Biostatistique''' fournit un soutien expert en matière d'analyse statistique pour tout type de données biologiques. Elle fonctionne comme un service d'assistance réactif qui fournit un soutien en matière d'analyse statistique aux chercheurs tout au long de leurs projets de recherche. Elle anticipe et répond aux besoins émergents de l'institut en concevant des méthodes statistiques avancées pour traiter l'analyse intégrée de données multidimensionnelles et multimodales.
* '''La division Analyse d'images''' aide les chercheurs à analyser les images provenant de toutes les technologies d’imagerie en étroite collaboration avec les plateformes QUANT, CENIR et Histomics. La division fournit une assistance dans le cadre de projets de segmentation et de classification basées sur l’IA et développe des outils et des analyses pour les analyses morphologiques et les statistiques descriptives.
* '''La division Gestion des données''' offre un soutien opérationnel aux chercheurs dans la gestion des exigences croissantes en matière de trouvabilité, d'accès, d'interopérabilité et de réutilisation de leurs données (FAIR) en fournissant des bases de données et des interfaces web sécurisées selon des modèles de données partagés.
C
La '''plateforme expérimentale Cognition, Comportements et Usages (CCU)''' est dédiée à la recherche sur le comportement humain à travers la '''collecte de données comportementales, physiologiques ou psychologiques''', sur participants sains ou présentant des pathologies, et dans des environnements simulés réalistes ou immersifs.
Elle comporte 9 plateaux spécialisés dans un type de données et apporte un élément différent dans l’observation du comportement des participants.
* Babylab Toulouse : recherches sur le développement, les capacités sensori-motrices, cognitives et communicatives des enfants
* CLOE : plateforme de mesures comportementales liées à la perception de productions langagières
* PACOMP : système d’acquisition de données physiologiques
* ImNum : Composante portative d’acquisition d’images numériques
* OCULOMÉTRIE : systèmes d’analyse de mouvements oculaires
* PETRA : recherche sur la perception du son
* ROB : étude de l’interaction Homme-Robot
* SIMULAUTO : simulateur de conduite automobile
* TAB : étude des réponses comportementales au niveau des apprentissages scolaires et au niveau des processus cognitifs liée au vieillissement
Elle propose aussi une série d’équipements mobiles pouvant être couplés les uns aux autres ou bien être utilisés sur le terrain. +
P
La '''plateforme géomatique de l’EHESS''' (PG) vise à faciliter la circulation et la valorisation de l’information géographique acquise et produite à l’[[EHESS]] ainsi que les savoir-faire spécifiques et les réflexions développés à l'EHESS autour de l'information spatialisée.
La plateforme géomatique est un outil transversal et interdisciplinaire. Elle s’appuie sur plusieurs ingénieurs qui l'animent et la dirigent. Elle produit des données historiques spatialisées permettant d’observer les évolutions des territoires sur la longue durée. La plateforme propose aussi le développement d’outils géomatiques ainsi qu’une réflexion sur la production de l’information cartographique.
La plateforme géomatique, dispose de moyens humains et matériels, de ressources, d’outils de stockages, de services et d'un site internet.
Elle répond à des besoins grandissants dans l’accompagnement de projets de recherches en géomatique et humanités numériques dans le développement d’outils informatiques ou encore dans la formation continue ou ponctuelle des étudiants et chercheurs. +
I
La '''plateforme iGenSeq''' est une plateforme technologique ayant pour objectif de fournir à ses utilisateurs des '''outils et services pour l’analyse des acides nucléiques'''.
Elle est spécialisée dans les prestations de '''séquençage à haut débit''' et a évolué pour répondre aux projets de pointe en génomique. La plateforme propose les prestations suivantes :
* Réalisation de génomes (toutes espèces) et d’exomes (humains et souris)
* Methyl-Seq, ChIP-Seq, ATAC-Seq, CLIP-Seq, Cut&Tag-Seq à partir d’acides nucléiques purifiés
* RNA-Seq (3’, low input, FFPE, mRNA, ribodepletion) et small RNA-Seq
* Analyse sur cellule unique (single cell)
* PCR en temps réel (qPCR) à haut débit et PCR digitale en gouttelettes
* Identitovigilance pour la sécurisation des données des patients
* Accompagnement sur le design de projets
* Mise à disposition des équipements +