MGX
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|---|---|
| Type de service | Plateforme de calcul |
| Statut | En production |
| Autres noms | Montpellier GenomiX |
| URL | https://www.mgx.cnrs.fr |
| Contact | mgx@mgx.cnrs.fr |
| Localisation | Montpellier |
| Structure d'appartenance | IGF, France Génomique |
| Tutelles | Inserm, Université de Montpellier |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
- Séquençage haut débit
- Bio-statistiques et bio-informatique
Les applications incluent notamment le séquençage de novo ou le re-séquençage de génomes, l’étude du transcriptome de nombreuses espèces animales, végétales et procaryotes, mais également les techniques d’étude de la structure et de la dynamique chromatinienne (ChIP-seq, 4C, Hi-C…) et des modifications épigénétiques (méthylation de l’ADN). Il développe des approches de génomique sur cellules uniques.
Elle offre également un service complet pour l’analyse des données issues du séquençage nouvelle génération : identification de gènes ou transcrits différentiellement exprimés, cytosines différentiellement méthylées, régions enrichies dans les données de ChIP-seq, variants statistiquement significatifs… Elle peut réaliser la contextualisation fonctionnelle des données.
La plateforme développe également des protocoles à façon pour répondre à des besoins spécifiques et participe à la formation de ses utilisateurs, tant pour la construction des banques que pour l’analyse des données
Domaines scientifiques :Vie & Santé
LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de bioinformatique
- NGS
- Séquençage
- Transcriptomique
- RNA-Seq
- Single cell RNA-Seq
- small RNA-Seq
- micro-ARN
- Chromatine
- ChIP-Seq
- Epigénétique
- Méthylation de l’ADN
- Génotypage
- Variants
- PCR quantitative
- PCR digitale
- Statistiques
Type de données :Données génomiques, Données de séquençage
Communauté d'utilisateurs : Communautés scientifiques académiques et médicales et laboratoires privés dans le domaine de la génomique. Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Médecins
Conditions d'usage :
Conditions tarifaires :
Certification/Label :ISO 9001:2015 (https://qualite.ibisa.net/certificats/certificat mgx fr.pdf)
IBiSA (https://www.ibisa.net/trouver-plateforme/)
NFX 50-900:2016 (https://qualite.ibisa.net/certificats/certificat-mgx-nfx.pdf)
Conditions générales d'utilisation :
| Structure | Services proposés |
|---|---|
| AGAP | South Green MGX |
| France Génomique | GeT LIGAN-PM GenomiqueENS TGML MGX GenomEast GENOMAX UCA Genomix PSI2BC Biomics ICGex |
| IGF | MGX |
| IRMB | PPC MGX |
| ISEM | MGX |