EcogenO

  EcogenO

Type de service	Plateforme d'acquisition
Statut	En production
Nom développé	Plateforme d'Éco-Génomique Ecogeno
Autres noms
URL	https://ecogeno.univ-rennes1.fr
Contact	ecogeno@listes.univ-rennes1.fr
Localisation	Rennes
Structure d'appartenance	AnaEE-France, OSERen
Tutelles	Université de Rennes, CNRS

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Planification

Collecte

Analyse

Documentation

Stockage

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La plateforme EcogenO, spécialisée dans la génomique environnementale, permet de réaliser des projets de production d’amplicons à grande échelle et leur analyse par séquençage, des projets de RNASeq ou encore DNASeq.

Dotée de séquenceurs NGS de 2ème génération (Miseq d'Illumina et DNBSEQ-G400 de MGI) et d'un grand nombre d'équipements satellites nécessaires à la préparation des échantillons, la plate-forme EcogenO propose la réalisation et l’accompagnement de projets de séquençage, de la préparation des librairies jusqu’à l’analyse primaire bio-informatique des données.

Un équipement de PCR quantitative et de génotypage très haut débit, (Smartchip system, Takara), offre à la communauté scientifique une capacité de conduite de projet pour des analyses fonctionnelles (qPCR et RT-qPCR) et de génotypage SNP.

Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution; LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de Génomique environnementale

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Politiques : Politique de données

Conditions d'usage : Formulaire pour soumettre un projet

Conditions tarifaires :

Certification/Label :IBiSA (https://www.ibisa.net/plateformes/)

Conditions générales d'utilisation :

EcogenO est en lien avec les services et structures

France Génomique

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
AnaEE-France	SETE Station des Nouragues Ecotron Ile de France Ecotron Européen de Montpellier PLANAQUA EcogenO AnaEE-France Metadata Catalog AnaEE-France entrepôt Jardin du Lautaret EDNA O3HP Puéchabon PEARL XPO OLA SI OLA
OSERen	OSURIS H+ AGRHYS EcogenO

Le GIS Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie a pour vocation de structurer et de financer les infrastructures de recherche en sciences de la vie, en mutualisant leurs moyens.