« PPanGGOLiN » : différence entre les versions

PPanGGOLiN
Type de service	Outils de gestion des données
Statut	En production
Nom développé	Depicting microbial species diversity via a Partitioned PanGenome Graph Of Linked Neighbors
URL	https://ppanggolin.readthedocs.io/en/latest/
Contact	acalteau@genoscope.cns.fr
Localisation	Evry
Structure d'appartenance	Génomique Métabolique
Tutelles	CNRS, Université Paris-Saclay, CEA

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Dernière version du 6 mai 2026 à 11:40

PPanGGOLiN est un logiciel de bioinformatique dédié à l'analyse de pangénomes developpé par le LABGeM. Il permet de créer, manipuler et analyser des pangénomes procaryotes en utilisant des dizaines voire des milliers de génomes d'une même espèce. Il permet ainsi d'étudier l'évolution ou l'écologie des microbes, ouvrant la voie à des découvertes importantes pour la santé humaine, l'agriculture, l'alimentation ou l'environnement.

Le laboratoire LABGeM a également intégré l'outil dans sa plateforme de service, MicroScope, mis à disposition des microbiologistes et qui comprend plus de 6600 utilisateurs à travers le monde.

Une nouvelle version (2.0) du logiciel a été déployée en janvier 2024 avec de nouvelles fonctionnalités incluant la possibilité d'associer des métadonnées aux pangénomes , une structure de données améliorée pour le stockage des pangénomes, et une toute nouvelle documentation.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes Thématique et/ou mots clés :

Logiciel
Pangénomique
Génomique comparative

Type de données :

Périmètre de communauté : ESR, thématique, national

Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique en génomique

Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-chercheurs, Doctorants, Ingénieurs, Techniciens

Conditions d'usage : Le code source, en langage python, est disponible sur GitHub : https://ppanggolin.readthedocs.io/en/latest/user/install.html#installing-from-source-code-github

Conditions tarifaires : Gratuit

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

PPanGGOLiN est en lien avec les services et structures

MicroScope

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
Génomique Métabolique	MicroScope PPanGGOLiN

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 |StatutService=En production
 |NomDéveloppé=Depicting microbial species diversity via a Partitioned PanGenome Graph Of Linked Neighbors
-|NomAlternatif=Depicting microbial species diversity via a Partitioned PanGenome Graph Of Linked Neighbors
 |UrlService=https://ppanggolin.readthedocs.io/en/latest/
 |ContactMel=acalteau@genoscope.cns.fr
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 |PhaseCycleVie=Analyse, Documentation
 |International=Non
+|NomAlternatif=Depicting microbial species diversity via a Partitioned PanGenome Graph Of Linked Neighbors
 }}
 {{Coordonnées GPS
@@ Ligne 26 : / Ligne 26 : @@
 |SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes
 |Thematique=Logiciel, Pangénomique, Génomique comparative
+|PerimetreCommunaute=ESR, thématique, national
 |Communaute=Communauté scientifique en génomique
 |Beneficiaire=Chercheurs, Enseignants-chercheurs, Doctorants, Ingénieurs, Techniciens