GnpIS

  GnpIS

Type de service	Entrepôt de données
	Caractéristiques de l'entrepôt Type d’entrepôt Disciplinaire Type de restriction Soumis à la création d'un compte Hébergement des données France Identifiant pérenne ✓ Identifiants fournis DOI Identifiants utilisés Formats de fichiers acceptés Schéma de métadonnées ISA-Tab Licence des jeux de données Creative Commons Conditions d'accès aux données Ouvert, Embargo, Restreint Modération / Curation Une curation manuelle est effectuée pour certaines données, telles que les génomes. Elles sont également annotées sur le plan fonctionnel. Volumétrie maximale définie Politique de conservation des données Interopérabilité machine API REST Versioning ✓
Statut	En production
Nom développé	Genetic and Genomic Information System
Autres noms
URL	https://urgi.versailles.inra.fr/gnpis, https://urgi.versailles.inra.fr/Data
Contact	urgi-contact at versailles.inra.fr
Localisation	Versailles
Structure d'appartenance	URGI, PlantBioInfoPF
Tutelles	INRAE
Identifiants
re3data	10.17616/R3RF6C
Identifiant dans un autre catalogue	https://doi.org/10.25504/FAIRsharing.dw22y3 (FAIRsharing)

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Documentation

Conservation

Exposition

Réutilisation

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GnpIS est un système d’information modulaire interopérable, multi-espèces (plantes et champignons), permettant le stockage et la mise à disposition de données de génomique et de génétique : annotations de génome, cartographie physiques et génétiques (marqueurs, QTL), polymorphismes de séquence issues de reséquençage et de génotypage, génétique d’association entre marqueurs et caractères phénotypiques (GWAS), phénotypage lié à l’environnement (GxE), ressources génétiques (données patrimoniales INRAE venant pour certaines d’entre elles des centres de ressources biologiques).

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes Thématique et/ou mots clés :

• Analyse de données de séquençage NGS
• Analyse de séquences
• Cartographie
• Génomique comparative

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage : L’accès aux données peut être public (par défaut avec une licence CC-BY 4.0) ou données en accès authentifié dans le cadre de projets en collaboration avec la plateforme avant publication.. La durée de conservation des données est déterminée dans les accords consortium ou dans le formulaire de demande d’intégration de données . Les données considérées comme patrimoniales pour l’Institut (ressources génétiques, données phénotypiques) sont conservées de façon permanente.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :ELIXIR Data Resources (https://elixir-europe.org/services/tag/data-resources?page=1)

CoSO (https://www.ouvrirlascience.fr/selectionner-un-entrepot-thematique-de-confiance-pour-le-depot-de-donnees-methodologie-et-analyse-de-loffre-existante/)

Conditions générales d'utilisation : https://urgi.versailles.inrae.fr/Platform/General-Terms-of-Use/Conditions-Generales-d-Utilisation

GnpIS est en lien avec les services et structures

PlantBioInfoPF

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
PlantBioInfoPF	GnpIS WheatIS
URGI	PlantBioInfoPF GnpIS WheatIS

code unique assigné à un objet de façon permanente (DOI, Handle…).

Digital Object Identifier

Ensemble structuré d’informations décrivant, expliquant et localisant une ressource physique ou numérique

autorisation par laquelle l'auteur d’une œuvre de l’esprit concède certains des droits que lui offre le droit d'auteur quant à l'utilisation, à la modification, à la rediffusion et à la réutilisation de l'œuvre.

période d’exploitation exclusive du jeu de données.

la curation de données consiste à trier, organiser et mettre en forme un ensemble de données, de manière à le rendre exploitable.

la curation de données consiste à trier, organiser et mettre en forme un ensemble de données, de manière à le rendre exploitable.

capable de communiquer et d’opérer avec d’autres systèmes d’information.

capable de communiquer et d’opérer avec d’autres systèmes d’information.

Comité pour la science ouverte