EcogenO

EcogenO

Type de service	Plateforme d'acquisition
Statut	En production
Autres noms	Plateforme Génomique Ecogeno
URL	https://ecogeno.univ-rennes1.fr/
Contact	genomics@univ-rennes1.fr
Localisation	Rennes
Structure d'appartenance	OSUR, AnaEE-France Natura
Tutelles	Université de Rennes, CNRS

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Collecte

Analyse

Documentation

Stockage

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La plateforme EcogenO, spécialisée dans la génomique environnementale, permet de réaliser des projets de production d’amplicons à grande échelle et leur analyse par séquençage, des projets de RNASeq, ChipSeq ou encore DNASeq....

Dotée de séquenceurs NGS de 2ème génération (Illumina) et d'un grand nombre d'équipements satellites nécessaires à la préparation des échantillons, la plate-forme EcogenO propose la réalisation et l’accompagnement de projets de séquençage, de la préparation des librairies jusqu’à l’analyse primaire bio-informatique des données.

Un équipement de PCR quantitative et de génotypage très haut débit, (Smartchip system, Takara), offre à la communauté scientifique une capacité de conduite de projet pour des analyses fonctionnelles (qPCR et RT-qPCR, dPCR) et du génotypage SNP.

EcogenO dispose d’une grande capacité de stockage et d’analyses des données NGS permettant de développer des analyses bio-informatiques, spécifiques à un projet ou une application sur un mode collaboratif.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique
• Génomique environnementale

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage : Formulaire pour soumettre un projet

Conditions tarifaires :

Certification/Label :IBISA (https://www.ibisa.net/trouver-plateforme/)

ISO 9001-NFX 50-900 (?)

Conditions générales d'utilisation :

EcogenO est en lien avec les services et structures

France Génomique

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
AnaEE-France	SETE Station des Nouragues Ecotron Ile de France Ecotron Européen de Montpellier PLANAQUA EcogenO AnaEE-France Metadata Catalog AnaEE-France entrepôt Jardin du Lautaret EDNA O3HP Puéchabon
OSUR	OSURIS H+ AGRHYS EcogenO

Centre National de la Recherche Scientifique

Système de management intégrant un système de management de la qualité ISO 9001:2015 concernant les exigences pour les plateformes technologiques de recherche en sciences du vivant.