PPanGGOLiN

  PPanGGOLiN

Type de service	Outils de gestion des données
Statut	En production
Autres noms	Depicting microbial species diversity via a Partitioned PanGenome Graph Of Linked Neighbors
URL	https://ppanggolin.readthedocs.io/en/latest/
Contact	acalteau@genoscope.cns.fr
Localisation	Evry
Structure d'appartenance	Génomique Métabolique
Tutelles	CNRS, Université Paris-Saclay, CEA

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

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PPanGGOLiN est un logiciel de bioinformatique dédié à l'analyse de pangénomes. Il permet de créer, manipuler et analyser des pangénomes procaryotes en utilisant des dizaines voire des milliers de génomes d'une même espèce. Il permet ainsi d'étudier l'évolution ou l'écologie des microbes, ouvrant la voie à des découvertes importantes pour la santé humaine, l'agriculture, l'alimentation ou l'environnement.

Le code source du logiciel PPanGGOLiN, en langage Python, a ainsi considérablement évolué depuis sa création avec notamment l'ajout de nouvelles méthodes d'analyses de régions de plasticité génomique.

Le laboratoire LABGeM a également intégré l'outil dans sa plateforme de service, MicroScope, mis à disposition des microbiologistes et qui comprend plus de 6600 utilisateurs à travers le monde.

Une nouvelle version (2.0) du logiciel a été déployée en janvier 2024 avec de nouvelles fonctionnalités incluant la possibilité d'associer des métadonnées aux pangénomes , une structure de données améliorée pour le stockage des pangénomes, et une toute nouvelle documentation.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes Thématique et/ou mots clés :

• Logiciel
• Pangénomique
• Génomique comparative

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage : Le code source est disponible sur GitHub : https://ppanggolin.readthedocs.io/en/latest/user/install.html#installing-from-source-code-github

Conditions tarifaires : Gratuit

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

PPanGGOLiN est en lien avec les services et structures

MicroScope

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
Génomique Métabolique	MicroScope PPanGGOLiN

Centre National de la Recherche Scientifique

Ensemble structuré d’informations décrivant, expliquant et localisant une ressource physique ou numérique