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La plateforme '''BIO2M (Bio-Informatique e … La plateforme '''BIO2M (Bio-Informatique et Bio-Marqueurs)''' est engagée dans la conception de nouveaux logiciels de traitement rapide des données NGS à grande échelle. Elle propose une expertise des méthodes d’'''analyse des données de séquençage haut-débit''' (NGS). Son champ d’application est la recherche de '''biomarqueurs en santé humaine'''.</br>Elle est composée de spécialistes de l'algorithme textuel qui se concentrent sur la conception de nouveaux outils et de nouvelles structures pour l''''analyse de l'ARN-Seq'''. </br></br>La plateforme propose les services suivants :</br>* '''NGS'''</br># Conception et design de projets de séquençage haut-débit</br># Conception de pipelines</br>* '''Analyse des données DNA-Seq'''</br># Recherche de mutations : CracTools, Hisat2/Freebayes</br>* '''Analyse des données RNA-Seq''' </br># Vérification de la qualité des données : FastqC, Kmertool</br># Alignement sur génome de référence : CRAC, STAR, Hisat2</br># Analyses d’expression différentielle avec approche par k-mers : DE-kupl, CountTags</br># Analyse d’expression différentielle de gènes : Kallisto, SLEUTH, DE-SEq2, EdgeR</br># Recherche d’ARN et gènes de fusion : ChimCT</br># Reconstruction de transcrits incluant les ARN non codants : Stringtie</br></br>Des formations sont également proposées :</br>* Formations courtes pour les biologistes et les bio-informaticiens (3-4 jours).</br>* Analyse de données NGS et leur exploitation : initiation aux analyses primaires de données NGS, outils d’analyse différentielle, initiation GNU/linux et R pour les biologistes.ation GNU/linux et R pour les biologistes. +
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