GenomEast

  GenomEast

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms	Plateforme de séquençage de Strasbourg GenomEast
URL	https://www.igbmc.fr/en/plateforms-and-services/platforms/genomeast
Contact	thibault@igbmc.fr
Localisation	Illkirch
Structure d'appartenance	IGBMC, France Génomique
Tutelles	Inserm, CNRS, Université de Strasbourg

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Planification

Analyse

Documentation

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La plateforme GenomEast propose une large gamme de services pour étudier les génomes, leur expression et leur régulation, depuis le contrôle qualité du matériel de départ jusqu’à l’analyse des données.

Il met en place un support personnalisé aux porteurs de projets pour l’analyse de leurs données (RNA-seq, single cell RNA-seq et ATAC-seq, small RNA-seq, ChIP-seq, Cut&Run, Cut&Tag, ATAC-seq, MEDIP-seq, DNA-seq), allant de l’analyse primaire à un large éventail d’analyses secondaires, à travers une collaboration avec les porteurs de projets. Des pipelines dédiés à l’analyse primaire ainsi qu’à l’analyse des données ont été développées, en utilisant des outils publiques ou développés par la plateforme.

Des formations en analyse de données de séquençage haut débit sont régulièrement organisées.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique
• Séquençage à haut débit
• RNA-Seq
• ChIP-Seq
• Small RNA-Seq
• Exome-Seq
• Transcriptome
• Génome
• Epigénétique
• Bioinformatique
• Cellule unique
• Omiques spatiales
• Illumina
• 10x Genomics
• NanoString

Type de données :Données génomiques

Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique, nationale et internationale, publique et privée Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Doctorants (public ou privé)

Conditions d'usage : La soumission de projets s’effectue sur une interface web dédiée de la plateforme GenomEast, après ouverture d’un compte utilisateur. Il convient de joindre à chaque demande un résumé de la question scientifique posée, une description détaillée des échantillons biologiques à traiter (contrôles, répliquats...), ainsi que les coordonnées complètes du responsable du laboratoire qui finance le projet et du correspondant technique. Ces informations permettront à la plateforme de déterminer si elle est techniquement en mesure de réaliser le projet, de suggérer des modifications dans le plan expérimental et d'évaluer le coût des opérations.

Conditions tarifaires : Un devis est envoyé pour chaque demande de projet

Certification/Label :IBiSA (https://www.ibisa.net/trouver-plateforme/)

ISO 9001:2015 (https://qualite.ibisa.net/certificats/certificat Genomeast ISO FR.pdf)

NFX 50-900:2016 (https://qualite.ibisa.net/certificats/certificat Genomeast NFX FR.pdf)

Conditions générales d'utilisation :

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
France Génomique	GeT LIGAN-PM GenomiqueENS TGML MGX GenomEast GENOMAX UCA Genomix PSI2BC Biomics ICGex
IGBMC	BAliBASE GenomEast

Centre National de la Recherche Scientifique

Le GIS Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie a pour vocation de structurer et de financer les infrastructures de recherche en sciences de la vie, en mutualisant leurs moyens.

2015

Systèmes de management de la qualité

Système de management intégrant un système de management de la qualité ISO 9001:2015 concernant les exigences pour les plateformes technologiques de recherche en sciences du vivant