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« GnpIS » : différence entre les versions

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|ContactMel=urgi-contact at versailles.inra.fr
|ContactMel=urgi-contact at versailles.inra.fr
|Localisation=Versailles
|Localisation=Versailles
|StructureAppartenance=URGI, PlantBioInfoPF
|StructureAppartenance=URGI
|Tutelle=INRAE
|Tutelle=INRAE
|IDre3data=10.17616/R3RF6C
|IDre3data=10.17616/R3RF6C
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|Thematique=Analyse de données de séquençage NGS, Analyse de séquences,  
|Thematique=Analyse de données de séquençage NGS, Analyse de séquences,  
Cartographie, Génomique comparative
Cartographie, Génomique comparative
|PerimetreCommunaute=ESR, national
|ConditionUsage=L’accès aux données peut être public (par défaut avec une licence CC-BY 4.0) ou données en accès authentifié dans  le  cadre  de  projets  en  collaboration  avec  la  plateforme avant publication.. La durée de conservation des données est déterminée dans les accords consortium ou dans le formulaire de demande d’intégration de données . Les données considérées comme patrimoniales pour l’Institut (ressources génétiques, données phénotypiques) sont conservées de façon permanente.
|ConditionUsage=L’accès aux données peut être public (par défaut avec une licence CC-BY 4.0) ou données en accès authentifié dans  le  cadre  de  projets  en  collaboration  avec  la  plateforme avant publication.. La durée de conservation des données est déterminée dans les accords consortium ou dans le formulaire de demande d’intégration de données . Les données considérées comme patrimoniales pour l’Institut (ressources génétiques, données phénotypiques) sont conservées de façon permanente.
|Certification=ELIXIR Data Resources;https://elixir-europe.org/services/tag/data-resources?page=1, CoSO;https://www.ouvrirlascience.fr/selectionner-un-entrepot-thematique-de-confiance-pour-le-depot-de-donnees-methodologie-et-analyse-de-loffre-existante/
|Certification=ELIXIR Data Resources;https://elixir-europe.org/services/tag/data-resources?page=1, CoSO;https://www.ouvrirlascience.fr/selectionner-un-entrepot-thematique-de-confiance-pour-le-depot-de-donnees-methodologie-et-analyse-de-loffre-existante/
|Cgu=https://urgi.versailles.inrae.fr/Platform/General-Terms-of-Use/Conditions-Generales-d-Utilisation
|Cgu=https://urgi.versailles.inrae.fr/Platform/General-Terms-of-Use/Conditions-Generales-d-Utilisation
|Relation=PlantBioInfoPF
}}
}}

Dernière version du 22 avril 2026 à 12:07

  GnpIS
Type de service Entrepôt de données
Caractéristiques de l'entrepôt
Type d’entrepôt Disciplinaire
Type de restriction Soumis à la création d'un compte
Hébergement des données France
Identifiant pérenne ✓
Identifiants fournis DOI
Identifiants utilisés
Formats de fichiers acceptés
Schéma de métadonnées ISA-Tab
Licence des jeux de données Creative Commons
Conditions d'accès aux données Ouvert, Embargo, Restreint
Modération / Curation Une curation manuelle est effectuée pour certaines données, telles que les génomes. Elles sont également annotées sur le plan fonctionnel.
Volumétrie maximale définie
Politique de conservation des données
Interopérabilité machine API REST
Versioning ✓
Statut En production
Nom développé Genetic and Genomic Information System
URL https://urgi.versailles.inra.fr/gnpis, https://urgi.versailles.inra.fr/Data
Contact urgi-contact at versailles.inra.fr
Localisation Versailles
Structure d'appartenance URGI
Tutelles INRAE
Identifiants
re3data 10.17616/R3RF6C
Identifiant dans un autre catalogue https://doi.org/10.25504/FAIRsharing.dw22y3 (FAIRsharing)


Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Documentation
Conservation
Exposition
Réutilisation


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GnpIS est un système d’information modulaire interopérable, multi-espèces (plantes et champignons), permettant le stockage et la mise à disposition de données de génomique et de génétique : annotations de génome, cartographie physiques et génétiques (marqueurs, QTL), polymorphismes de séquence issues de reséquençage et de génotypage, génétique d’association entre marqueurs et caractères phénotypiques (GWAS), phénotypage lié à l’environnement (GxE), ressources génétiques (données patrimoniales INRAE venant pour certaines d’entre elles des centres de ressources biologiques).


Domaines scientifiques :Vie & Santé


LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes Thématique et/ou mots clés :

  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Analyse de séquences
  • Cartographie
  • Génomique comparative

Type de données :

Périmètre de communauté : ESR, national


Usagers et bénéficiaires :


Conditions d'usage : L’accès aux données peut être public (par défaut avec une licence CC-BY 4.0) ou données en accès authentifié dans le cadre de projets en collaboration avec la plateforme avant publication.. La durée de conservation des données est déterminée dans les accords consortium ou dans le formulaire de demande d’intégration de données . Les données considérées comme patrimoniales pour l’Institut (ressources génétiques, données phénotypiques) sont conservées de façon permanente.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :ELIXIR Data Resources (https://elixir-europe.org/services/tag/data-resources?page=1)

CoSO (https://www.ouvrirlascience.fr/selectionner-un-entrepot-thematique-de-confiance-pour-le-depot-de-donnees-methodologie-et-analyse-de-loffre-existante/)

Conditions générales d'utilisation : https://urgi.versailles.inrae.fr/Platform/General-Terms-of-Use/Conditions-Generales-d-Utilisation



Services proposés par la structure d'appartenance
StructureServices proposés
URGIURGI
GnpIS
WheatIS


code unique assigné à un objet de façon permanente (DOI, Handle…).

Digital Object Identifier

Ensemble structuré d’informations décrivant, expliquant et localisant une ressource physique ou numérique

autorisation par laquelle l'auteur d’une œuvre de l’esprit concède certains des droits que lui offre le droit d'auteur quant à l'utilisation, à la modification, à la rediffusion et à la réutilisation de l'œuvre.

période d’exploitation exclusive du jeu de données.

la curation de données consiste à trier, organiser et mettre en forme un ensemble de données, de manière à le rendre exploitable.

la curation de données consiste à trier, organiser et mettre en forme un ensemble de données, de manière à le rendre exploitable.

capable de communiquer et d’opérer avec d’autres systèmes d’information.

capable de communiquer et d’opérer avec d’autres systèmes d’information.

Enseignement Supérieur et Recherche

Comité pour la science ouverte

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