« GenomEast » : différence entre les versions
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|Tutelle=Inserm, CNRS, Université de Strasbourg | |Tutelle=Inserm, CNRS, Université de Strasbourg | ||
|PhaseCycleVie=Planification, Analyse, Documentation | |PhaseCycleVie=Planification, Collecte, Analyse, Documentation | ||
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Dernière version du 18 décembre 2024 à 09:30
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|---|---|
| Type de service | Plateforme d'acquisition |
| Statut | En production |
| Autres noms | Plateforme GenomEast |
| URL | http://genomeast.igbmc.fr/ |
| Contact | thibault@igbmc.fr |
| Localisation | Illkirch |
| Structure d'appartenance | IGBMC, France Génomique |
| Tutelles | Inserm, CNRS, Université de Strasbourg |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
Il met en place un support personnalisé aux porteurs de projets pour l’analyse de leurs données (RNA-seq, single cell RNA-seq et ATAC-seq, small RNA-seq, ChIP-seq, Cut&Run, Cut&Tag, ATAC-seq, MEDIP-seq, DNA-seq), allant de l’analyse primaire à un large éventail d’analyses secondaires, à travers une collaboration avec les porteurs de projets. Des pipelines dédiés à l’analyse primaire ainsi qu’à l’analyse des données ont été développées, en utilisant des outils publiques ou développés par la plateforme.
Des formations en analyse de données de séquençage haut débit sont régulièrement organisées.
Domaines scientifiques :Vie & Santé
LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de bioinformatique
- Séquençage à haut débit
- RNA-Seq
- ChIP-Seq
- Small RNA-Seq
- Exome-Seq
- Transcriptome
- Génome
- Epigénétique
- Bioinformatique
- Cellule unique
- Omiques spatiales
- Illumina
- 10x Genomics
- NanoString
Type de données :Données génomiques
Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique, nationale et internationale, publique et privée Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Doctorants (public ou privé)
Politiques : Politique de données
Conditions d'usage : La soumission de projets s’effectue sur une interface web dédiée de la plateforme GenomEast, après ouverture d’un compte utilisateur. Il convient de joindre à chaque demande un résumé de la question scientifique posée, une description détaillée des échantillons biologiques à traiter (contrôles, répliquats...), ainsi que les coordonnées complètes du responsable du laboratoire qui finance le projet et du correspondant technique. Ces informations permettront à la plateforme de déterminer si elle est techniquement en mesure de réaliser le projet, de suggérer des modifications dans le plan expérimental et d'évaluer le coût des opérations.
Conditions tarifaires : Un devis est envoyé pour chaque demande de projet
Certification/Label :IBiSA (https://www.ibisa.net/trouver-plateforme/)
ISO 9001:2015 (https://qualite.ibisa.net/certificats/certificat Genomeast ISO FR.pdf)
NFX 50-900:2016 (https://qualite.ibisa.net/certificats/certificat Genomeast NFX FR.pdf)
Conditions générales d'utilisation : https://seafile.igbmc.fr/f/ce0536ba92e044289b3e/
| Structure | Services proposés |
|---|---|
| France Génomique | GeT LIGAN-PM GenomiqueENS TGML MGX GenomEast GENOMAX UCA Genomix PSI2BC Biomics ICGex |
| IGBMC | BAliBASE GenomEast |