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Entrepôts de confiance / Entrepôts ouverts à l'autodépôt proposés par le CoSO
Sur cette page, vous pourrez retrouver la liste des entrepôts thématiques de confiance proposés par le Collège des Données de la recherche du Comité pour la science ouverte.
Vous trouverez dans cette liste des entrepôts non portés par des structures françaises.
Le partage des données issues des activités de recherche implique de les mettre à disposition dans des entrepôts reconnus par les communautés scientifiques, thématiques, institutionnels ou généralistes.
Pour faciliter le travail des équipes de recherche, le collège des Données de la recherche propose une méthode d’identification des entrepôts thématiques de confiance, ainsi qu’une première liste d’entrepôts découlant de la grille de critères d’analyse retenus à découvrir ci-dessous.
Cette liste est évolutive et a vocation à être progressivement complétée par le collège des Données de la Recherche. Elle n’est par ailleurs pas exhaustive : ainsi, ne pas figurer dans la liste n’implique pas que l’entrepôt concerné n’est pas de confiance.
Vous avez la possibilité de sélectionner les entrées qui vous intéressent en appliquant des filtres :
ArkeoGIS, Partage et utilisation de données spatialisées sur le passé,
Hébergement des données : France
Domaine scientifique : Sciences Humaines & Sociales Thématique/Mots clés : Archéologie, Histoire, Géographie, Système d'Information Géographique, Métadonnées, Dublin Core, Identifiant pérenne, Handle
Données acceptées : Bases de données archéologiques, Bases de données géographiques, données géoréférencées mutidisciplinaires
- Porté par : MISHA, RnMSH
- Communauté d'utilisateurs : Professionnels de l'archéologie français et étrangers
- Accès aux données : Embargo, Restreint
- Curation : ArkeoGIS contrôle les formats d’import et la conformité des métadonnées descriptives via le protocole mis en place : https://arkeogis.org/manuel/importation.
- Conditions d'usage : Pour déposer ou consulter des données : faire une demande de création de compte (voir formulaire en ligne).
Banque de données du CDSP, Collection CDSP
Hébergement des données : France
Domaine scientifique : Sciences Humaines & Sociales
Données acceptées : Données d'enquêtes
- Porté par : CDSP
- Communauté d'utilisateurs : Communauté de recherche en SHS
- Accès aux données : Ouvert, Embargo
- Curation : Le dépôt est très encadré et se fait avec l'aide d'ingénieurs du CDSP qui gèrent la curation. Voir : https://cdsp.sciences-po.fr/fr/deposer-des-donnees
- Conditions d'usage : Le CDSP accepte des données d’enquêtes en sciences sociales accompagnées d'une documentation suffisamment riche pour en permettre la réutilisation. Le dépôt se fait à l'aide d'un formulaire https://cdsp.sciences-po.fr/fr/deposer-des-donnees/
CDS, IR CDS, Centre de Données astronomiques de Strasbourg, Strasbourg astronomical Data Center
Hébergement des données : France
Domaine scientifique : Sciences & Technologies Thématique/Mots clés : Métadonnées, FITS, Visualisation, Interopérabilité, Astronomie et Astrophysique
Données acceptées : Données d'observation, Catalogues (ou tables) astronomiques, Objets astronomiques, Relevés images du ciel, Images, Texte structuré
- Porté par : ObAS
- Communauté d'utilisateurs : Communauté de recherche internationale en astronomie.
- Accès aux données : Ouvert
- Curation : Des procédures sont mises en place au CDS pour vérifier la compatibilité entre les fichiers de données et leurs description. Curation automatisée et manuelle assurée par les professionnels du CDS
- Conditions d'usage : Dépôt de données : ce sont les documentalistes du CDS qui alimentent les différentes bases de données.
CND3D, Conservatoire National des Données 3D
Hébergement des données : France
Domaine scientifique : Sciences Humaines & Sociales Thématique/Mots clés : Restitution, Modèles, Réalité Virtuelle, Archéologie, Plate forme 3D, Sauvegarde 3D, Web sémantique, Données FAIR, Dépôt, Archivage
Données acceptées : Modélisations, restitutions 3D d'artefacts, de monuments et sites
- Porté par : Archeovision
- Communauté d'utilisateurs : Communauté de l'enseignement supérieur et de la recherche en Humanités Numériques (Sciences Humaines et sociales)
- Accès aux données : Ouvert, Fermé
- Curation : Les métadonnées doivent être conformes au schéma déposé par le Consortium 3D SHS. Le contrôle de la qualité des métadonnées est assuré par utilisation obligatoire d'aLTAG3D. Échanges entre le CND3D et les déposants au cours du processus.
- Conditions d'usage : La consultation est en accès libre. Pour déposer des données il est nécessaire de demander la création d'un compte
COD, Crystallography Open Database
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Sciences & Technologies Thématique/Mots clés : Cristallographie
Données acceptées : Structures cristallines
- Porté par : VU IBT
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale en cristallographie
- Accès aux données : Ouvert, Embargo
- Curation : Les jeux de données sont modérés de manière automatisée (via checkCIF) et humaine.
CSD, Cambridge Structural Database
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Sciences & Technologies Thématique/Mots clés : Cristallographie
Données acceptées : Structures cristallines
- Porté par : CCDC
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale en cristallographie
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint
- Curation : Un logiciel de curation vérifie les informations dans certains champs CIF et toutes les entrées sont curées manuellement.
Chemotion, Repository for molecules and research data
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Sciences & Technologies Thématique/Mots clés : Chimie organique, Chimie moléculaire
Données acceptées : Réactions chimiques, Données analytiques, Protocoles, Conditions d’expérimentation
- Porté par : KIT
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale en chimie
- Accès aux données : Ouvert, Embargo
- Curation : Une équipe de 10 reviewers assure la modération "manuelle" des données. Il y a aussi une modération automatique pour certaines données spectrales.
CoCoON, Collections de Corpus Oraux Numériques - anciennement Centre de Ressources pour la Description de l'Oral (CRDO) - Groupe Gestion documentaire et réservoir de données
Hébergement des données : France
Domaine scientifique : Sciences Humaines & Sociales Thématique/Mots clés : Linguistique, Métadonnées, Dublin Core, Identifiants pérennes, Handle, ARK, Web de données, RDF
Données acceptées : Ressources orales : enregistrements sonores (audio ou vidéo),accompagnés éventuellement d'annotations, métadonnées descriptives
- Porté par : LLL, LACITO
- Communauté d'utilisateurs : Communauté de recherche en sciences humaines et sociales de l'Enseignement Supérieur Recherche en France quelles que soient leurs disciplines (Linguistique, Anthropologie, Ethnomusicologie, Histoire...)
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint
- Curation : Une première étape de modération consiste à vérifier que le déposant fait bien partie de la communauté. La publication de toute donnée passe par une phase de contrôle où un administrateur de la plateforme va vérifier la bonne formation des données et métadonnées, le degré de complétude et de précision de la description, normalisera si besoin la forme des données et métadonnées et enrichira la description par l'alignement sur des référentiels. Enfin pour les données publiées, toute modification des données ou métadonnées passent également par ce même type de contrôle. Dans tous les cas (publication ou modification) un échange pourra intervenir pour demander des compléments d'information.
- Conditions d'usage : Dépôt de données : tout contributeur doit, au préalable, demander la création d'un compte utilisateur en écrivant à l'adresse cocoon_web@huma-num.fr.
Consultation des données : elle est libre et gratuite ; toutefois, certaines ressources jugées sensibles ne sont rendues accessibles qu'après une période d'embargo prédéfinie.
DANDI, The DANDI Archive, Distributed Archives for Neurophysiology Data Integration
Hébergement des données : Hors UE
Domaine scientifique : Vie & Santé Thématique/Mots clés : Neurophysiologie cellulaire, Optophysiologie, Electrophysiologie
Données acceptées : Données neurophysiologiques, Images d'immunomarquage
- Porté par : NIH, CON, McGovern Institute
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale en neurobiologie. C'est un entrepôt de référence pour la communauté en éléctrophysiologie
- Accès aux données : Ouvert, Embargo
- Curation : La modération est automatique et elle s'effectue à deux niveaux pour les spécifications du format NWB et les métadonnées de base
- Conditions d'usage : Le projet DANDI est organisé autour de plusieurs dépôts GitHub : https://github.com/dandi/dandi-archive
DANS : Data Station Archeology, Data Station Archaeology
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Sciences Humaines & Sociales Thématique/Mots clés : Archéologie
Données acceptées : Journaux de terrain, Rapports, Listes, Inventaires, Bases de données, Données statistiques, Photographies, Documents graphiques, Audio, Vidéo, SIG, Rendus 3D, RDF
- Porté par : DANS
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique néerlandaise utilisant des données en archéologie et institutions étrangères lorsqu'il existe un lien évident avec la recherche archéologique néerlandaise.
- Accès aux données : Ouvert, Embargo
- Curation : La modération est effectuée manuellement de manière à vérifier la lisibilité des fichiers et des formats, ainsi que des métadonnées. DANS se réserve le droit de demander des modifications ou de rejeter un jeu de données s'il n'est pas conforme aux conditions d'utilisation.
Data.InDoRES, Inventaire des Données de la Recherche en Environnement et Sociétés
Hébergement des données : France
Domaine scientifique : Vie & Santé Thématique/Mots clés : Environnement, Biodiversité, Biogéographie, Dataverse, DOI, Écologie
Données acceptées : Données environnementales, écologiques et géographiques
- Porté par : BBEES
- Communauté d'utilisateurs : Communauté de recherche en écologie et environnement
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint, Fermé
- Curation : La modération est opérée soit par l'équipe data.InDoRES soit par le référent local du réseau OpenDoRES de l'unité de recherche quand il existe. La complétude des métadonnées ainsi que la compréhension des contenus sont vérifiés par le modérateur. Le contenu scientifique est quant à lui laissé à la responsabilité du déposant.
Didomena, Didόmena, Entrepôt de données de la recherche de l'EHESS
Hébergement des données : France
Domaine scientifique : Sciences Humaines & Sociales Thématique/Mots clés : Sciences sociales, DOI, Ethnologie et sociologie comparative, Sciences de l'Antiquité, Ethnomusicologie, Histoire ancienne et médiévale, Sciences politiques, Géographie, Urbanisme, Environnement, Lettres classiques, Technologies IIIF, Interopérabilité
Données acceptées : Données de recherche issues de projets scientifiques en Sciences Humaines et Sociales. Texte, Son, Film, Données d'enquêtes, Données audiovisuelles, Images fixes, Entretiens, Données quantitatives, Sources et données patrimoniales
- Porté par : EHESS
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique de l’École des Hautes Études en Sciences Sociales
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint
- Curation : Pas de curation systématique, seulement pour les gros volumes. Possibilité de se faire accompagner en amont du dépôt par le Pôle Numérique Recherche (EHESS)
- Conditions d'usage : Utilisateurs : accès libre ou accès restreint. Déposants : membres statutaires et associés, doctorants et post-doctorants des unités de recherche dont l'EHESS est co-tutelle ainsi qu'à leurs invités
ELAR, Endangered Languages Archive
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Sciences Humaines & Sociales Thématique/Mots clés : Linguistique
Données acceptées : Enregistrements sonores, Métadonnées descriptives
- Porté par : BBAW
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique travaillant sur les langues en danger
- Accès aux données : Ouvert, Embargo
- Curation : Une vérification des métadonnées est effectuée et une demande de corrections est faite si nécessaire. La conformité du jeu de données à la politique d'ELAR est également vérifiée lors du dépôt.
ENA, European Nucleotide Archive, Archive européenne des nucléotides
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Vie & Santé Thématique/Mots clés : Biologie moléculaire, Génomique
Données acceptées : Séquences nucléotidiques, Données brutes, Annotations
- Porté par : EMBL-EBI
- Communauté d'utilisateurs : Communauté de recherche en sciences de la vie
- Accès aux données : Ouvert, Embargo
- Curation : Les métadonnées sont modérées automatiquement via une checklist, à laquelle s'ajoute une vérification manuelle selon les cas. Il y a une prise de contact en direct avec les contributeurs dans certains cas.
EaSy Data, Earth System Data Repository, Entrepôt des données de longue traîne du système terre et de l'environnement
Hébergement des données : France
Domaine scientifique : Sciences & Technologies Thématique/Mots clés : Système Terre et environnement
Données acceptées : Données de longue traîne, Données "orphelines" du système terre et de l'environnement
- Porté par : DATA TERRA
- Communauté d'utilisateurs : Communautés scientifiques françaises et internationales des domaines Système Terre et Environnement
- Accès aux données : Ouvert, Embargo
- Curation : Une organisation interne a été mise en place avec des modérateurs experts thématiques des pôles de données pour assurer la modération/curation des jeux de données et des référents des pôles de données et des ateliers de la donnée pour permettre une amélioration des pratiques.
- Conditions d'usage : Dépôt de données : pour déposer un jeu de données, l'utilisateur doit au préalable se créer un compte personnel. Le dépôt peut se faire en français ou en anglais.
G-Node, German Neuroinformatics Node
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Vie & Santé Thématique/Mots clés : Neurophysiologie, Électrophysiologie, Spike sorting, Neuroimagerie humaine et animale, Neurobiologie cellulaire
Données acceptées : Données expérimentales
- Porté par : BMBF
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale en neurosciences
- Accès aux données : Ouvert
- Curation : L'entrepôt effectue une modération automatique et manuelle.
GBIF France IPT, Global Biodiversity Information Facility France Integrated Publishing Toolkit
Hébergement des données : France
Domaine scientifique : Vie & Santé Thématique/Mots clés : Biodiversité, Données primaires
Données acceptées : Données d'occurences de taxons, Listes taxonomiques, Données d'échantillonnage
- Porté par : GBIF France
- Communauté d'utilisateurs : Communautés de recherche sur la biodiversité, entreprises privées
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint, Fermé
- Curation : Le GBIF fournit une modération à 2 niveaux :
- Conditions d'usage : Le fournisseur de données doit être enregistré auprès du GBIF et ajoutée à l'IPT local. Le fournisseur de données qui connecte son information au GBIF rend ses données plus visibles, en les intégrant dans la communauté mondiale de l’information sur la biodiversité, cependant, ces données restent les siennes, et il conserve le contrôle sur son information.
1) au niveau de l'entité publiant les données (publisher), par exemple le laboratoire de recherche. Le GBIF s'assure que l'entité fournit des données dans le périmètre du GBIF. Ce contrôle est opéré une seule fois, lors de la création de l'entité déposante. 2) au moment du dépôt de données lui-même. Selon l'outil de dépôt, la modération diffère.
Avec l'utilisation de l'IPT (Integrated Publishing Toolkit, outil facultatif mais recommandé), une validation technique du contenu des données selon le standard Darwin core est automatiquement réalisée : vérification des identifiants, de l'absence de doublons et de la complétude des métadonnées obligatoires et basiques. Le site GBIF.org opère ensuite la réconciliation géographique/taxonomique et ajoute un "flag" des occurrences.Geovistory, Virtual Research Environment for Humanities and Social Sciences
Domaine scientifique : Sciences Humaines & Sociales Thématique/Mots clés : Histoire, Environnement virtuel de recherche
Données acceptées : Données historiques, textes, images
- Porté par : LARHRA
- Communauté d'utilisateurs : Communauté de recherche en histoire, communauté scientifique du LARHA, communauté swissuniversities, la plateforme est également ouverte aux projets externes, français et internationaux
- Conditions d'usage : Le code ainsi que toutes les données de Geovistory sont sous licence Creative Commons BY-SA 4.0 et peuvent être librement réutilisées.
HEPData, High Energy Physics Data Repository
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Sciences & Technologies Thématique/Mots clés : Physique des particules
Données acceptées : Données expérimentales en physique des particules, Données liées à des publications
- Porté par : IPPP
- Accès aux données : Ouvert, Embargo
- Curation : Chaque dépôt soumis est examiné par un reviewer et la soumission est strictement encadrée.
- Conditions d'usage : Les données sont en accès libre. Le dépôt est restreint aux utilisateurs enregistrés
IDR, Image Data Resource
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Vie & Santé Thématique/Mots clés : Bioimagerie
Données acceptées : Imagerie cellulaire et tissulaire humaine, animale et végétale
- Porté par : Dundee University
- Communauté d'utilisateurs : Communauté internationale en bioimagerie
- Accès aux données : Ouvert, Embargo
- Curation : Un délai de 3 semaines est nécéssaire entre la soumission et la publication pour effectuer une modération. Des échanges entre les modérateurs et les auteurs sont fréquents. https://idr.openmicroscopy.org/about/submission.html
IoChem-BD
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Sciences & Technologies Thématique/Mots clés : Chimie théorique
Données acceptées : Fichiers d'entrée ou de sortie de suites de programmes de modélisation moléculaire quantique ou classique
- Porté par : BSC
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale en chimie théorique
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint
- Curation : Un modération automatique est effectuée. En effet, le dépôt est obligatoirement constitué de fichiers d'entrée ou de sortie de suites de programmes standards, très utilisées par la communauté. Ils sont automatiquement ingérés et traduits par l'entrepôt.
IsoArcH, IsoArcH database
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Sciences Humaines & Sociales Thématique/Mots clés : Bioarchéologie, Études médico-légales, Archéologie
Données acceptées : Échantillons bioarchéologiques
- Porté par : IsoArcH Association
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale en archéologie
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint
- Curation : Deux personnes sont chargées de la modération. Une vérification systématique de la conformité des données vis-à-vis du modèle de la base de données est effectuée.
- Conditions d'usage : Les utilisateurs peuvent envoyer à l'équipe des jeux de données qu'ils souhaitent intégrer à IsoArcH. Dans ce cas, les utilisateurs sont invités à remplir le formulaire (https://isoarch.eu/contribute/) et à le renvoyer par courrier électronique à contact@isoarch.eu
LAUDATIO, Long-term Access and Usage of Deeply Annotated Information
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Sciences Humaines & Sociales Thématique/Mots clés : Histoire
Données acceptées : Corpus historiques transcrits et encodés en TEI
- Porté par : Inria, HU Berlin
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique utilisant des corpus historiques
- Accès aux données : Ouvert
- Curation : Une vérification des métadonnées est effectuée.
MassBank
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Sciences & Technologies Thématique/Mots clés : Chimie environnementale
Données acceptées : Données de spectrométrie de masse à haute résolution, Molécules d'intérêt environnemental, en métabolomique et en exposomique
- Porté par : MassBank Consortium
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale en spectrométrie de masse
- Accès aux données : Ouvert
- Curation : Un modération automatique est effectuée. En effet, un format spécifique est imposé pour le dépôt. La cohérence sémantique et des métadonnées est ensuite vérifiée à la soumission par un logiciel de validation.
- Conditions d'usage : Toutes les données sont archivées sur GitHub et Zenodo. Le code est également sur GitHub : https://github.com/MassBank. La bibliothèque MassBank peut être téléchargée sous différents formats tels que des enregistrements textuels, des fichiers de base de données (sql) et des fichiers MSP.
MorphoSource
Hébergement des données : Hors UE
Domaine scientifique : Sciences Humaines & Sociales, Vie & Santé Thématique/Mots clés : Morphologie, Archéologie, 3D
Données acceptées : Restitution 3D de vestiges biologiques, anthropologiques et d'artefacts
- Porté par : NSF, Duke University
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique et grand public utilisant des représentations 3D d'objets physiques
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint
- Curation : Morphosource dispose d'un procédure d'examen et de révision des dépôts, pilotée par l'administrateur. Les types de formats de données acceptés et d'exigences minimales pour les métadonnées sont encadrées afin de garantir que toutes les données sont interprétables et lisibles. Les fichiers font l’objet d’un contrôle automatisé en vue de détecter les erreurs et les formats des données fournies. Pour plus d’informations : https://duke.atlassian.net/wiki/spaces/MD/overview?homepageId=35422252
NOMAD, NOvel MAterials Discovery
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Sciences & Technologies Thématique/Mots clés : Science des matériaux computationnelle, Physique, Chimie quantique
Données acceptées : Données de structure électronique
- Porté par : HU Berlin, MPG
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale en science des matériaux
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint
- Curation : Lors du dépôt, le chercheur doit télécharger un fichier dans un format reconnu qui contient les métadonnées. A partir de ce fichier, un processus automatique permet d’extraire les métadonnées.
Nakala
Hébergement des données : France
Domaine scientifique : Sciences Humaines & Sociales Thématique/Mots clés : Métadonnées, Dublin Core, Identifiant pérenne, Citation, Entrepôt sécurisé, DOI
Données acceptées : Données de recherche issues de projets scientifiques en SHS : fichiers texte, son, image, vidéo. Nakala n’accepte pas de données de type administratif
- Porté par : Huma-Num
- Communauté d'utilisateurs : ESR français, Communautés de chercheurs et d'institutions travaillant dans le domaine des sciences humaines et sociales
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint, Fermé
- Curation : La modération générale est gérée par le contrôle des accès des déposants et la vérification automatique d'une série de métadonnées.
- Conditions d'usage : L’accès à NAKALA se fait via HumanID, l’aggréateur d’authentifications d’Huma-Num qui permet d’utiliser eduGAIN, ORCID, HAL, Google, Linkedin, Twitter pour s’authentifier et utiliser avec son compte universitaire l’ensemble des principaux services d’Huma-Num utilisant des interfaces Web.
Une modération humaine est réalisée sur demande, le jeu de données déposé ayant alors un label de qualité "Données publiques modérées."
https://documentation.huma-num.fr/nakala-qualite/NeMO Archive, The Neuroscience Multi-Omic Archive
Hébergement des données : Hors UE
Domaine scientifique : Vie & Santé Thématique/Mots clés : Neurobiologie, Génomique
Données acceptées : Données omiques pour toutes les espèces : épigénome, transcriptome, épigénomique, multimodale
- Porté par : NIH, UMB
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale en génomique
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint
- Curation : Une modération automatique est effectuée à partir du versement de fichiers tsv : https://nemoarchive.org/resources/data-submission#submitting-a-file-manifest
NeuroMorpho, NeuroMorpho.org
Hébergement des données : Hors UE
Domaine scientifique : Vie & Santé Thématique/Mots clés : Neurobiologie, Reconstruction neuronale pour toutes les espèces, Morphologie des neurones et de la glie
Données acceptées : Données de reconstruction neuronale
- Porté par : CN3
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale en neurosciences
- Accès aux données : Ouvert
- Curation : Un fichier de métadonnées fourni est à renseigner en complément des données envoyées. Les modérateurs font une vérification des données et complètent les annotations pour l'indexation dans leur base de données puis mettent en ligne le jeu de données.
NmrXiv
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Vie & Santé Thématique/Mots clés : Chimie, Spectres RMN
Données acceptées : Spectres RMN aux formats constructeurs et JCAMP-DX pour tous types d'échantillons, Données RMN
- Porté par : FSU
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale utilisant des spectres RMN
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint
- Curation : La modération est automatique. Le dépôt doit être obligatoirement constitué de spectres RMN dans des formats propriétaires (ceux des fabricants) ou ouverts.
- Conditions d'usage : Le code de l'entrepôt est public sur GitHub : https://github.com/NFDI4Chem/nmrxiv.
ORD, Open Reaction Database
Hébergement des données : Hors UE
Domaine scientifique : Sciences & Technologies Thématique/Mots clés : Chimie organique, Réaction chimique
Données acceptées : Réactions chimiques, Protocoles, Conditions d’expérimentation. Les résultats négatifs sont acceptés (réactions ayant échoué)
- Porté par : Open Reaction Database Organization
- Communauté d'utilisateurs : Communauté internationale en chimie organique utilisant des réactions chimiques
- Accès aux données : Ouvert
- Curation : Une modération automatique et manuelle est effectuée lors du dépôt
Open Context
Hébergement des données : Hors UE
Domaine scientifique : Sciences Humaines & Sociales Thématique/Mots clés : Archéologie
Données acceptées : Inventaires, Bases de données, Photographies, Documents graphiques, SIG
- Porté par : AAI
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale en archéologie
- Accès aux données : Ouvert, Embargo
- Curation : La modération très poussée portant aussi bien sur les métadonnées que sur la pertinence scientifique du jeu de données en vue de sa réutilisation (peer-reviewing) : https://opencontext.org/about/publishing
OpenNeuro
Hébergement des données : Hors UE
Domaine scientifique : Vie & Santé Thématique/Mots clés : NeuroImagerie
Données acceptées : Imagerie cérébrale (format BIDS, IRM, MEG, EEG, iEEG, TEP)
- Porté par : NSF, SU
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale en neuro-imagerie
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint
- Curation : Un contrôle automatique du jeu de données au format BIDS puis un contrôle des métadonnées associées sont effectués : https://docs.openneuro.org/user_guide.html#uploading-your-dataset
Ortolang, Outils et Ressources pour un Traitement Optimisé de la LANGue, Open Resources and TOols for LanGuage
Hébergement des données : France
Domaine scientifique : Sciences Humaines & Sociales Thématique/Mots clés : Linguistique, TAL, Langues de France
Données acceptées : Corpus linguistiques, Lexiques, Terminologies, Logiciels
- Porté par : ATILF
- Communauté d'utilisateurs : ESR français
- Accès aux données : Ouvert, Embargo
- Curation : Une modération manuelle des métadonnées et des formats de fichiers est effectuée (https://www.ortolang.fr/fr/deposer/)
- Conditions d'usage : Dépôt de données : tout utilisateur souhaitant déposer des données dans Ortolang doit au préalable créer un compte personnel.
Consultation des données : les notices descriptives de l'ensemble des données de l'entrepôt sont en libre consultation ; en revanche, seuls les fichiers de données, qui ont été mis en libre accès par leur déposant, sont librement accessibles.
PADC, Paris Astronomical Data Centre, Centre de données astronomique de Paris
Hébergement des données : France
Domaine scientifique : Sciences & Technologies Thématique/Mots clés : Planétologie, Astronomie et Astrophysique
Données acceptées : Données d'observation, données spatiales. Principalement des données du ciel en format fits, souvent images ou spectres, mais aussi simulations, données de labo, planétologie, radio, etc.
- Porté par : Obs. Paris
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique en astronomie astrohysique
- Accès aux données : Ouvert, Embargo
- Curation : Vérification de l'intérêt scientifique pour la mise à disposition ou préservation (hors ANO). Vérification technique des interfaces Observatoire Virtuel pour les services plus formels
PANGAEA, Data Publisher for Earth & Environmental Science
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Sciences & Technologies, Vie & Santé Thématique/Mots clés : Biologie, Ecologie, Chimie, Géologie, Géophysique, Météorologie, Océanographie
Données acceptées : Données des géosciences
- Porté par : MARUM, AWI
- Communauté d'utilisateurs : Communautés scientifiques françaises et internationales des domaines Système Terre et Environnement
- Accès aux données : Ouvert, Embargo
- Curation : La curation de base porte sur les métadonnées alors que la curation avancée va porter sur la conversion des données et l'enrichissement des données. La qualité des données est également vérifiée.
PRIDe, PRoteomics IDEntifications Database
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Vie & Santé Thématique/Mots clés : Biologie, Protéomique
Données acceptées : Données de spectrométrie de masse, Données brutes, Données protéomiques, Fichiers de listes de pics
- Porté par : EMBL-EBI, BBRSC
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale utilisant des données protéomiques
- Accès aux données : Restreint, Ouvert, Embargo
- Curation : La modération est automatique lors du téléchargement des fichiers, puis une validation est effectuée par des experts du protocole expérimental, des paramètres de spectrométrie de masse et de la complétude des données : https://www.ebi.ac.uk/pride/markdownpage/pridesubmissiontool#submission_details
PRIME-DE, PRIMatE Data Exchange
Hébergement des données : Hors UE
Domaine scientifique : Vie & Santé Thématique/Mots clés : Neurobiologie, Primate, Imagerie cérébrale
Données acceptées : Neuroimagerie des primates non humains
- Porté par : Child Mind Institute
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale utilisant de l'imagerie cérébrale de primates
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint
- Curation : Une modération automatique est effectuée pour vérifier l'obligation d'organisation du jeu de données selon le standard de nommage des fichiers et répertoires "BIDS" ; métadonnées techniques basiques, métriques de contrôle qualité des images.
Public-nEUro
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Vie & Santé Thématique/Mots clés : Neuro-imagerie
Données acceptées : Imagerie cérébrale (format BIDS, IRM, MEG, EEG, iEEG, TEP)
- Porté par : NRU
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale en neuro-imagerie
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint, Fermé
- Curation : Deux types de modération sont effectuées : Une modération automatique est effectuée pour respecter le standard international de nommage des répertoires et des fichiers (BIDS) et une modération manuelle par un Data Protection Officer pour ajouter quelques métadonnées générales.
- Conditions d'usage : Les données sont diffusées uniquement à la demande, après approbation des objectifs et vérification des identités des demandeurs.
QDR, Qualitative Data Repository
Hébergement des données : Hors UE
Domaine scientifique : Sciences Humaines & Sociales Thématique/Mots clés : Recherche qualitative et multi-méthode
Données acceptées : Enquêtes qualitatives en sciences sociales, médecine, droit
- Porté par : NSF, CQMI
- Communauté d'utilisateurs : Communauté internationale menant des enquêtes qualitatives en SHS
- Accès aux données : Embargo, Restreint, Fermé
- Curation : Une modération manuelle est effectuée pour chaque dépôt. Une documentation spécifique (data narrative) pour recontextualiser les données d'enquête collectées est mise en place.
- Conditions d'usage : Le processus d'anonymisation fait l'objet de directives : https://qdr.syr.edu/guidance/human-participants/deidentification, au-delà de la collecte du consentement décrite ici : https://qdr.syr.edu/guidance/human-participants/informed-consent
Quetelet PROGEDO Diffusion, Catalogue de données en sciences humaines et sociales pour la recherche, Réseau français des centres de données pour les sciences sociales
Hébergement des données : France
Domaine scientifique : Sciences Humaines & Sociales Thématique/Mots clés : Métadonnées, DDI
Données acceptées : Enquêtes qualitatives, Enquêtes quantitatives
- Porté par : PROGEDO
- Communauté d'utilisateurs : ADISP, CDSP, INED, CASD
- Accès aux données : Embargo, Restreint
- Curation : Le dépôt de données est encadré par une convention qui engage les utilisateurs à respecter la citation, l’anonymat et la diffusion des données
- Conditions d'usage : Tous les fichiers diffusés dans le cadre du portail Quételet-PROGEDO-Diffusion sont d’accès gratuit pour une utilisation dans une finalité de recherche. Les demandes de données se font directement en ligne sur le site du portail Quételet-PROGEDO-Diffusion. Les utilisateurs renseignent leur statut et sont invités à indiquer dans quel projet de recherche s’inscrit leur demande. Les demandes sont ensuite traitées directement par les fournisseurs de données.Pour lancer la procédure de dépôt contactez l’équipe de l’Adisp-Progedo. L'ADISP et le CDSP accompagnent les institutions et chercheurs qui souhaitent mettre à disposition leurs données et enquêtes
RCSB PDB, RCSB Protein Data Bank
Hébergement des données : Hors UE
Domaine scientifique : Vie & Santé Thématique/Mots clés : Biologie, Biophysique
Données acceptées : Structure 3D de molécules biologiques (protéines, ADN, ARN)
- Porté par : NSF, NLM
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale en biophysique
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint
- Curation : Quatre niveaux de validation sont mis en place : préparation, dépôt, annotation, publication. https://www.wwpdb.org/validation/FAQs
SEANOE, Sea Scientific Open Data Edition
Hébergement des données : France
Domaine scientifique : Sciences & Technologies, Vie & Santé Thématique/Mots clés : Sciences marines, Biologie, Océan et environnement, Système Terre et environnement
Données acceptées : Données marines. Données d'observation, Modèles. Données multi-source et multi-type (atmosphère, océanographie biologique, océanographie chimique, océanographie physique, géologie marine)
- Porté par : SISMER
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique française et étrangère
- Accès aux données : Ouvert, Embargo
- Curation : Les dépôts sont modérés par le Sismer qui vérifie l'adéquation avec le champ disciplinaire de l'entrepôt
- Conditions d'usage : Dépôt de données : pour déposer un jeu de données, l'utilisateur doit au préalable se créer un compte et disposer d'un Marine-ID.
Consultation des données et métadonnées : les fiches descriptives des données peuvent être consultées librement ; les jeux de données, quant à eux, peuvent être soit en accès libre, soit en accès restreint (sur demande ou sous embargo).
Sextant, Infrastructure de données géographiques marines et littorales, IDG marines et littorales
Hébergement des données : France
Domaine scientifique : Sciences & Technologies, Vie & Santé Thématique/Mots clés : Pêche, Aquaculture, Système Terre et environnement, Biodiversité, Océan et environnement, Littoral, Gestion intégrée des zones côtières, Environnement littoral et profond, Exploration et exploitation des fonds marins, Énergies renouvelables en mer
Données acceptées : Données géographiques, données d'imagerie, données physiques, données biologiques, usages et activités humaines, données réglementaires et administratives en mer
- Porté par : SISMER
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique et technique marine
- Accès aux données : Ouvert, Restreint
- Curation : Un ou plusieurs référents par catalogue pour la modération car les données déposées sont insérées dans des catalogues (qui correspondent à des projets, des labos, des organismes, etc.).
- Conditions d'usage : L'accès à la donnée est géré directement par le producteur de la donnée et selon trois niveaux d'accessibilité : 1) seule la métadonnée est accessible ; 2) la donnée est rendue visible via le Géoviewer ; 3) la donnée est rendue accessible au téléchargement. Ces 3 niveaux de diffusion de l'information peuvent être limités à un groupe restreint (par identification et mot de passe personnel) ou totalement libre et public.
ShareLoc.XYZ
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Vie & Santé Thématique/Mots clés : Microscopie super-résolutive
Données acceptées : Images SMLM en 2D ou 3D
- Porté par : Institut Pasteur
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale en microscopie de localisation à molécule unique
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint, Fermé
- Curation : La modération est réalisée par les membres de l'équipe Shareloc.XYZ.
StrendaDB, Standards for Reporting Enzymology Data Database
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Vie & Santé Thématique/Mots clés : Enzymologie
Données acceptées : Données expérimentales en enzymologie
- Porté par : Institut Beilstein
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint
- Curation : Une modération automatique est effectuée selon le modèle de métadonnées proposé par l'entrepôt.
SupraBank
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Sciences & Technologies Thématique/Mots clés : Interactions intermoléculaires, Hôte-invité, Protéine-ligand, Polymères, Adsorption, Chimie supramoléculaire
Données acceptées : Interactions intermoléculaires
- Porté par : KIT
- Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique en chimie supramoléculaire
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint
- Curation : La modération est assurée manuellement par l'équipe de SupraBank après un contrôle de conformité automatique
TRY, Plant Trait Database
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Vie & Santé Thématique/Mots clés : Biologie végétale, Plantes
Données acceptées : Données biologiques sur les caractéristiques des plantes
- Porté par : IDiv, Max Planck Institute for Biogeochemistry
- Communauté d'utilisateurs : Communautés scientifiques en biologie végétale
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint
- Curation : La modération est effectuée de manière automatique et manuelle. Chaque jeu de données est contrôlé par un expert "référent" qui vérifie le format des données ainsi que la crédibilité des informations relatives à la taxonomie, aux traits et aux unités. La vérification est plus poussée pour les données qui ne sont pas associées à une publication.
- Conditions d'usage : Le versement des données peut se faire via l'interface ou par email.
WDCC, WDC Climate, World Data Center of Climate
Hébergement des données : UE
Domaine scientifique : Sciences & Technologies Thématique/Mots clés : Climat, Système Terre et environnement, Modélisation climatique
Données acceptées : Données de simulation climatique
- Porté par : DKRZ
- Communauté d'utilisateurs : Communauté internationale en sciences du climat et du système terre et environnement
- Accès aux données : Ouvert, Embargo, Restreint
- Curation : Deux types de modération sont proposées par l'entrepôt. Tout d'abor n une modération humaine avec un contact direct entre le déposant et l'équipe DKRZ. Et une modération automatisée grâce à l'outil Metadata Tool MetaXa. Sans la présence de certains champs de métadonnées, les données ne seront pas publiées.
Comité pour la science ouverte
Ensemble structuré d’informations décrivant, expliquant et localisant une ressource physique ou numérique
code unique assigné à un objet de façon permanente (DOI, Handle…).
période d’exploitation exclusive du jeu de données.
la curation de données consiste à trier, organiser et mettre en forme un ensemble de données, de manière à le rendre exploitable.
Ensemble structuré d’informations décrivant, expliquant et localisant une ressource physique ou numérique
la curation de données consiste à trier, organiser et mettre en forme un ensemble de données, de manière à le rendre exploitable.
capable de communiquer et d’opérer avec d’autres systèmes d’information.
Aussi appelé web de données, il vise à faciliter l'exploitation des données structurées, pour donner du sens au contenu des pages Web, en permettant leur interprétation par des machines. Il ne s’agit pas d’un web à part, mais plutôt d’une extension ou d’une amélioration du Web courant où chaque donnée acquiert un sens défini, afin de créer un réseau d'informations structurées, disponibles en ligne et facilement réutilisables. L’ensemble repose sur des standards ouverts comme RDF et SPARQL.
Findable, Accessible, Interoperable, Reusable : principes appliqués aux données pour les rendre faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables.
Archival Resource Key, système d’identifiants pérennes créé et maintenu par la California Digital Library
Le Ressource Description Framework est un modèle de description des données. C’est le langage de base du Web sémantique.
période d’exploitation exclusive du jeu de données.
Digital Object Identifier
Enseignement Supérieur et Recherche
Data Documentation Initiative (est un standard de métadonnées)
Infrastructure de Données Géographiques ou encore Infrastructure d’information géographique. Organisation qui repose sur des accords de partage, une coordination entre ses membres et des systèmes informatiques qui intègrent un ensemble de services (catalogues, serveurs, logiciels, données, applications, pages web, ...) utilisés pour la gestion de l'information géographique (cartes, orthophotographies, images satellitaires…).